專利名稱：用于調(diào)節(jié)炎癥的氨酰tRNA合成酶的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明一般地涉及包含氨酰-tRNA合成酶多肽(包括其截短體、蛋白水解片段和/或變體)的組合物，以及使用這樣的組合物調(diào)節(jié)炎癥和其它細(xì)胞應(yīng)答的方法。
背景技術(shù)：
氨酰-tRNA合成酶(其催化tRNA分子的氨?；?是在翻譯過(guò)程中解碼遺傳信息所必需的。在高等真核生物中，氨酰-tRNA合成酶與其它多肽結(jié)合，以形成超分子多酶復(fù)合物。每種真核tRNA合成酶由核心酶(其與tRNA合成酶的原核副本密切相關(guān))和附著在核心酶的氨基端或羧基端末端上的一個(gè)或多個(gè)額外結(jié)構(gòu)域組成。例如，人酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)具有不是原核和低等真核YRS分子的一部分的羧基端結(jié)構(gòu)域。氨酰tRNA合成酶(諸如酪氨酰-tRNA合成酶、色氨酸-tRNA合成酶和其它合成酶)與哺乳動(dòng)物細(xì)胞中擴(kuò)展的功能(包括在信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中的活性以及其它)有關(guān)。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的實(shí)施方案源自下述意外的發(fā)現(xiàn)，即包含氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽(包括其截短片段、蛋白水解片段和變體)的組合物會(huì)調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答，并從而調(diào)節(jié)炎癥。這些AARS多肽因此可用于治療多種炎性疾病或病癥。因此，本發(fā)明的實(shí)施方案一般地涉及用于調(diào)節(jié)炎癥的組合物，所述組合物包含一種或多種分離的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽或其生物活性片段或變體，其中所述多肽會(huì)調(diào)節(jié)炎癥。在某些實(shí)施方案中，所述AARS多肽是酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)、色氨酰-tRNA合成酶(WRS)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)、甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)、組氨酰-tRNA合成酶(HisRS)、絲氨酰-tRNA合成酶、苯丙氨酰-tRNA合成酶、丙氨酰-tRNA合成酶、天冬酰胺酰-tRNA合成酶(AsnRS)、天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CysRS)、谷氨酰-tRNA合成酶、脯氨酰-tRNA合成酶(ProRS)、精氨酰-tRNA合成酶、異亮氨酰-tRNA合成酶、亮氨酰-tRNA合成酶、賴氨酰-tRNA合成酶、蘇氨酰-tRNA合成酶、甲硫氨酰-tRNA合成酶或纈氨酰-tRNA合成酶。
某些實(shí)施方案包括，AARS多肽的蛋白水解片段。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)在體外用蛋白酶溫育所述多肽，衍生出蛋白水解片段的序列。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)在細(xì)胞中重組表達(dá)AARS多肽，衍生出蛋白水解片段的序列，其中所述細(xì)胞包含一種或多種重組的或內(nèi)源的蛋白酶。在某些實(shí)施方案中，所述蛋白水解片段包含內(nèi)源性的、天然存在的人或小鼠AARS蛋白水解片段的序列。在某些實(shí)施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是YRS多肽。在某些實(shí)施方案中，所述YRS多肽在它的C-端處被截短。在某些實(shí)施方案中，所述YRS多肽包含SEQ ID N0:l、2、3、
6、8、10、12 或 14 的氨基酸序列，其中至少約 1-50、50-100、100-150、150-200 或約 200-250
個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。在某些實(shí)施方案中，所述YRS多肽在它的N-端處被截短。在某些實(shí)施方案中，所述 YRS多肽包含SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約1-50、50_100、50-100、100-150、150-200或約200-250個(gè)氨基酸殘基從其N-端被截掉。在某些實(shí)施方案中，所述YRS多肽包含與SEQ ID NO: 2所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列，其中在位置341處的丙氨酸沒(méi)有被酪氨酸置換。在某些實(shí)施方案中，所述YRS多肽包含與SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12或14所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實(shí)施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是GlyRS多肽。在某些實(shí)施方案中，所述GlyRS多肽是在SEQ ID NO: 16中所示的全長(zhǎng)人甘氨酰-tRNA合成酶序列的片段。在某些實(shí)施方案中，所述片段包含SEQ ID NO: 16的氨基酸殘基367-438或其活性變體。在某些實(shí)施方案中，所述GlyRS多肽包含與SEQ ID NO: 16所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實(shí)施方案中，所述GlyRS多肽包含SEQ ID NO: 16的氨基酸殘基 57-685、214-685、239-685、311-685、439-685、511-658、214-438、367-438、214-420、214-338、85-127、1-213、1-61、85-214、333-685、128-685、265-685、483-685 或25-56或其活性片段。在某些實(shí)施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是QRS多肽。在某些實(shí)施方案中，所述QRS多肽包含與SEQ ID NO: 25所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實(shí)施方案中，所述QRS多肽在它的C-端處被截短。在某些實(shí)施方案中，所述QRS多肽包含SEQ ID N0:25的氨基酸序列，其中至少約1-50、50-100、50-100、100-150、150-200、200-250、250-300、300-350、350-400、400-450、450-500 或約 500-550 個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。在某些實(shí)施方案中，所述QRS多肽包含SEQ ID NO: 25的氨基酸殘基 1-183、1-220、1-249 或 1-200，或 SEQ ID NO: 36-103 或 109-115 中的任意一個(gè)或多個(gè)。在某些實(shí)施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是HisRS多肽。某些實(shí)施方案包含HisRS剪接變體多肽。在某些實(shí)施方案中，所述HisRS多肽至少包含HisRS的WHEP結(jié)構(gòu)域。在某些實(shí)施方案中，所述HisRS多肽至少包含HisRS的反密碼子結(jié)合結(jié)構(gòu)域。在某些實(shí)施方案中，所述HisRS多肽缺少功能性的氨酰化結(jié)構(gòu)域。在某些實(shí)施方案中，所述HisRS多肽至少包含HisRS的WHEP結(jié)構(gòu)域和HisRS的反密碼子結(jié)合結(jié)構(gòu)域，但是缺少功能性的氨?；Y(jié)構(gòu)域。在某些實(shí)施方案中，所述HisRS多肽包含在SEQ ID NO: 28、30或32中所示的序列。在某些實(shí)施方案中，所述HisRS多肽包含與SEQ ID NO: 28、30或32所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實(shí)施方案中，所述HisRS多肽包含在SEQ ID N0:28、30或32中所示的序列的至少20個(gè)連續(xù)的氨基酸殘基。在某些實(shí)施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是WRS多肽。在某些實(shí)施方案中，所述WRS多肽包含與SEQ ID NO:33-35中的任意一個(gè)或多個(gè)所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實(shí)施方案中，所述WRS多肽包含SEQ IDNO:33-35中的任意一個(gè)或多個(gè)的生物活性片段。在某些實(shí)施方案中，所述AARS多肽是天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)。在某些實(shí)施方案中，所述AspRS多肽包含與SEQ ID NO: 105所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實(shí)施方案中，所述AspRS多肽基本上由SEQID NO: 105的氨基酸1-154組成。某些實(shí)施方案包括，用于調(diào)節(jié)受試者中的炎癥應(yīng)答的藥物組合物，所述藥物組合物包含權(quán)利要求1-54中任一項(xiàng)所述的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽和藥學(xué)上可接受的載 體。某些實(shí)施方案包括，調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答的方法，所述方法包括使細(xì)胞接觸有效濃度的具有炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽，從而調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答。在某些實(shí)施方案中，所述細(xì)胞是免疫細(xì)胞或血管細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，所述免疫細(xì)胞是粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞、樹突細(xì)胞或肥大細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，所述粒細(xì)胞是嗜中性粒細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞或嗜堿性粒細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，所述淋巴細(xì)胞是B-細(xì)胞、⑶8+T-細(xì)胞、⑶4+T-細(xì)胞、天然殺傷細(xì)胞或Y δ T-細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，所述血管細(xì)胞是平滑肌細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞或成纖維細(xì)胞。某些實(shí)施方案包括,在體外或離體地使細(xì)胞接觸。某些實(shí)施方案包括,給受試者施用細(xì)胞。某些實(shí)施方案包括，通過(guò)給受試者直接地施用AARS多肽，使受試者中的細(xì)胞接觸。某些實(shí)施方案包括，減少急性炎癥應(yīng)答、減少慢性炎癥應(yīng)答或二者。某些實(shí)施方案包括，增加急性炎癥應(yīng)答、增加慢性炎癥應(yīng)答或二者。某些實(shí)施方案包括，調(diào)節(jié)一種或多種免疫細(xì)胞或血管細(xì)胞的活化、炎癥分子分泌、增殖、活性、遷移或附著。某些實(shí)施方案包括，調(diào)節(jié)一種或多種炎癥分子的水平或活性。在某些實(shí)施方案中，所述一種或多種炎癥分子包括補(bǔ)體系統(tǒng)、激肽系統(tǒng)、凝固系統(tǒng)或纖維蛋白溶解系統(tǒng)中的任意一種或多種的血漿衍生的炎癥分子。在某些實(shí)施方案中，所述一種或多種炎癥分子包括溶酶體顆粒、血管活性胺、類花生酸、細(xì)胞因子、急性期蛋白或一氧化氮中的任意一個(gè)或多個(gè)的細(xì)胞衍生的炎癥分子。在某些實(shí)施方案中，所述一種或多種細(xì)胞因子選自在表J和K中的細(xì)胞因子。某些實(shí)施方案包括，調(diào)節(jié)TNF-a、IL-2、MIP-I β、IL-12 (p40)、KC、MIP-2或IL-10中的任意一種或多種的水平或活性。某些實(shí)施方案包括，調(diào)節(jié)與選自下述的一種或多種組織、組織系統(tǒng)或器官有關(guān)的炎癥應(yīng)答或炎性病癥皮膚、毛囊、神經(jīng)系統(tǒng)、聽(tīng)覺(jué)系統(tǒng)或平衡器官、呼吸系統(tǒng)、胃食管組織、胃腸道系統(tǒng)、血管系統(tǒng)、肝臟、膽囊、淋巴/免疫系統(tǒng)、泌尿生殖系統(tǒng)、肌肉骨骼系統(tǒng)、脂肪組織、乳房和內(nèi)分泌系統(tǒng)。某些實(shí)施方案包括，治療選自下述的超敏反應(yīng)1型超敏反應(yīng)、II型超敏反應(yīng)、III型超敏反應(yīng)、IV型超敏反應(yīng)、立即超敏反應(yīng)、抗體介導(dǎo)的超敏反應(yīng)、免疫復(fù)合物介導(dǎo)的超敏反應(yīng)、T-淋巴細(xì)胞介導(dǎo)的超敏反應(yīng)和遲發(fā)型超敏反應(yīng)。
某些實(shí)施方案包括，治療選自下述的自身炎性病癥家族性地中海熱、TNF受體有關(guān)的周期性綜合征(TRAPS)、超-IgD綜合征(HIDS)、CIASl有關(guān)的疾病諸如穆-韋二氏綜合征、家族性寒冷自身炎癥性綜合征和新生兒發(fā)作的多系統(tǒng)炎性疾病、PAPA綜合征(化膿性無(wú)菌關(guān)節(jié)炎、壞疽性膿皮病、痤瘡)和Blau綜合征。某些實(shí)施方案包括，治療與選自下述的癌癥有關(guān)的炎癥前列腺癌、乳腺癌、結(jié)腸癌、直腸癌、肺癌、卵巢癌、睪丸癌、胃癌、膀胱癌、胰腺癌、肝癌、腎癌、腦癌、黑素瘤、非黑素瘤皮膚癌、骨癌、淋巴瘤、白血病、甲狀腺癌、子宮內(nèi)膜癌、多發(fā)性骨髓瘤、急性髓樣白血病、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤和非霍奇金淋巴瘤。某些實(shí)施方案包括，治療與全身性炎癥反應(yīng)綜合征(SIRS)有關(guān)的炎癥。某些實(shí)施方案包括，治療與細(xì)胞因子暴發(fā)有關(guān)的炎癥。某些實(shí)施方案包括，治療與下述的任意一種或多種有關(guān)的炎癥肉芽腫性炎癥、纖維蛋白性炎癥、化膿性炎癥、漿液性炎癥或潰瘍性炎癥。 某些實(shí)施方案包括，治療與一種或多種傷口有關(guān)的炎癥。某些實(shí)施方案包括，治療與慢性阻塞性肺病(COPD)有關(guān)的炎癥。某些實(shí)施方案包括，增加炎癥應(yīng)答，以治療原發(fā)性或繼發(fā)性免疫缺陷。在某些實(shí)施方案中，所述原發(fā)性免疫缺陷是混合的T-細(xì)胞和B-細(xì)胞免疫缺陷、抗體缺乏、定義明確的綜合征、免疫調(diào)節(jié)異常疾病、吞噬細(xì)胞障礙、先天性免疫障礙或補(bǔ)體缺乏。某些實(shí)施方案包括，調(diào)節(jié)與一種或多種免疫細(xì)胞或血管細(xì)胞的活性有關(guān)的炎性病癥。在某些實(shí)施方案中，所述免疫細(xì)胞是粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞、樹突細(xì)胞或肥大細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，所述粒細(xì)胞是嗜中性粒細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞或嗜堿性粒細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，所述淋巴細(xì)胞是B-細(xì)胞、T-細(xì)胞、天然殺傷細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，所述血管細(xì)胞是平滑肌細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞或成纖維細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，所述炎性病癥是嗜中性粒細(xì)胞介導(dǎo)的病癥、巨噬細(xì)胞介導(dǎo)的病癥或淋巴細(xì)胞介導(dǎo)的病癥。本發(fā)明的某些方面源自下述發(fā)現(xiàn)，即某些谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)多肽具有治療相關(guān)的非規(guī)范生物活性。因此，根據(jù)一個(gè)方面，本發(fā)明提供了具有至少一種非規(guī)范生物活性的、分離的QRS多肽，以及它們的基本上保留所述非規(guī)范活性的活性片段和變體。本文所用的“非規(guī)范”活性”通常是指，本發(fā)明的QRS多肽具有的、除了氨酰化以外(更具體地，除了將谷氨酰胺添加到tRNAGln分子上以外)的活性。如本文詳述的，在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的QRS多肽表現(xiàn)出的非規(guī)范生物活性可以包括、但不限于，調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖、調(diào)節(jié)細(xì)胞凋亡、調(diào)節(jié)細(xì)胞信號(hào)傳遞(例如，經(jīng)由Akt)、調(diào)節(jié)血管生成、調(diào)節(jié)細(xì)胞遷移、調(diào)節(jié)細(xì)胞結(jié)合、調(diào)節(jié)細(xì)胞代謝、調(diào)節(jié)細(xì)胞因子產(chǎn)生(例如，IL-12、TNF_a)等。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的QRS多肽是全長(zhǎng)哺乳動(dòng)物QRS蛋白的鄰接片段。在一個(gè)更具體的實(shí)施方案中，所述QRS多肽是在SEQ ID N0:25、36-103或109-115中所示的人或小鼠QRS蛋白序列的鄰接片段。示例性地，所述片段可以具有基本上任意的長(zhǎng)度，只要它們不是全長(zhǎng)的，且另外只要它們保留至少一種感興趣的非規(guī)范生物活性。在某些示例性的實(shí)施方案中，本發(fā)明的QRS多肽的大小范圍是約10-50、10-100、10-150、10-200、10-250、10-300、10-350、10-400、10-450、10-500、10-550、10-600、10-650、10-700 或 10-750 個(gè)氨基酸長(zhǎng)度。在某些示例性的實(shí)施方案中，本發(fā)明的QRS多肽的大小范圍是約20-50、20-100、20-150、20-200、20-250、20-300、20-350、20-400、20-450、20-500、20-550、20-600、20-650、20-700或20-750個(gè)氨基酸長(zhǎng)度。在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明的QRS多肽的大小范圍是約50-100、50-150、50-200、50-250、50-300、50-350、50-400、50-450、50-500、50-550、50-600、50-650,50-700或50-750個(gè)氨基酸長(zhǎng)度。在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明的QRS多肽的大小范圍是約 100-150、100-200、100-250、100-300、100-350、100-400、100-450、100-500、100-550、100-600、100-650、100-700或100-750個(gè)氨基酸長(zhǎng)度。在其它示例性的實(shí)施方案中，本發(fā)明的 QRS 多肽的大小范圍是約 200-250、200-300、200-350、200-400、200-450、200-500、200-550,200-600,200-650,200-700 或 200-750 個(gè)氨基酸長(zhǎng)度。在本發(fā)明的其它實(shí)施方案中，QRS多肽包含QRS蛋白序列的片段的活性變體(即，保留至少一種感興趣的非規(guī)范生物活性)，諸如在SEQ ID N0:25中所示的人QRS蛋白序列。在一個(gè)更具體的實(shí)施方案中，所述活性變體是沿其長(zhǎng)度與在SEQ ID N0:25、36-103或109-115中所示的人或小鼠QRS序列具有至少70%、80%、90%、95%、98%或99%同一性的多肽。本發(fā)明的其它實(shí)施方案提供了具有一種或多種非規(guī)范活性的QRS剪接變體和點(diǎn)突變體，無(wú)論所述變體是天然地還是非天然地存在的。本發(fā)明的其它實(shí)施方案提供了具有一種或多種非規(guī)范活性的QRS蛋白水解片段，無(wú)論是內(nèi)源地(即，在細(xì)胞中)還是在體外生 產(chǎn)的。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)在體外用蛋白酶溫育QRS多肽，鑒定蛋白水解片段的序列。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)在細(xì)胞中重組表達(dá)QRS多肽，其中所述細(xì)胞包含一種或多種重組的或內(nèi)源的蛋白酶，鑒定蛋白水解片段的序列。在某些實(shí)施方案中，所述蛋白水解片段包含內(nèi)源的、天然存在的人或小鼠QRS蛋白水解片段的序列。在本發(fā)明的一個(gè)更具體的實(shí)施方案中，QRS多肽包含SEQ ID NO: 25的人QRS序列的片段，所述片段包含氨基酸殘基1-183 (Ql)、1-220 (Q2)、1-249 (Q3)或1-200 (Q4)或基本上由其組成，或它們的基本上保留至少一種感興趣的非規(guī)范生物活性的活性片段或變體。在某些實(shí)施方案中，QRS多肽片段包含SEQ ID NO:36-103或109-115中的任一個(gè)或基本上
由其組成。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了融合蛋白，其包含本文所述的至少一種QRS多肽和異源融合伴侶。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了編碼本文所述的多肽和融合蛋白的分離的多核苷酸，以及包含這種多核苷酸的表達(dá)載體和包含這種表達(dá)載體的宿主細(xì)胞。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了組合物，例如，藥物組合物，其包含生理上可接受的載體和本文所述的本發(fā)明的至少一種分離的多肽、融合蛋白、抗體、分離的多核苷酸、表達(dá)載體、宿主細(xì)胞等。在其它方面，本發(fā)明也提供了通過(guò)使細(xì)胞或組織接觸本文所述的本發(fā)明組合物來(lái)調(diào)節(jié)細(xì)胞活性的方法，其中要調(diào)節(jié)的細(xì)胞活性選自細(xì)胞增殖、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞信號(hào)傳遞、細(xì)胞代謝、血管生成、細(xì)胞遷移、細(xì)胞結(jié)合、細(xì)胞因子產(chǎn)生等。在其它方面，本發(fā)明提供了通過(guò)施用根據(jù)本發(fā)明的組合物來(lái)治療有此需要的受試者的疾病、障礙或其它病癥的方法。作為實(shí)例，這樣的疾病、障礙或病癥可以包括、但不限于癌癥、炎性疾病或病癥、免疫疾病(包括自身免疫病)和/或與異常的血管生成有關(guān)的病癥。序列表SEQ ID NO: I是人酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)的全長(zhǎng)氨基酸序列。SEQ ID NO: 2是全長(zhǎng)人YRS的Y341A變體的氨基酸序列。
SEQIDNO: 3是C-端截短的(氨基酸1-364)人YRS的氨基酸序列。SEQIDN0:4是編碼人YRS的全長(zhǎng)氨基酸序列的多核苷酸序列(SEQ ID NO: I)。SEQIDN0:5顯示了 8氨基酸標(biāo)簽的序列。SEQIDNO:6是SPl人YRS剪接變體的氨基酸序列。SEQIDNO:7是編碼SPl人YRS剪接變體(SEQ ID NO:6)的多核苷酸序列。SEQIDNO:8是SP2人YRS剪接變體的氨基酸序列。SEQIDNO:9是編碼SP2人YRS剪接變體(SEQ ID NO:8)的多核苷酸序列。SEQIDNO: 10是SP3人YRS剪接變體的氨基酸序列。 SEQIDNO: 11是編碼SP3人YRS剪接變體(SEQ ID NO: 10)的多核苷酸序列。SEQIDNO: 12是SP4人YRS剪接變體的氨基酸序列。SEQIDNO: 13是編碼SP4人YRS剪接變體(SEQ ID NO: 12)的多核苷酸序列。SEQIDNO: 14是SP5人YRS剪接變體的氨基酸序列。SEQIDNO: 15是編碼SP5人YRS剪接變體(SEQ ID NO: 14)的多核苷酸序列。SEQIDNO: 16是人細(xì)胞質(zhì)甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)的全長(zhǎng)氨基酸序列。SEQIDNO: 17是編碼SEQ ID NO: 16的GlyRS多肽的核酸序列。SEQIDNO: 18-24代表在測(cè)定GlyRS片段邊界時(shí)分析的示例性的肽序列。SEQIDNO: 25是人谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)的全長(zhǎng)氨基酸序列。SEQIDNO:26和27代表在測(cè)定QRS片段邊界時(shí)分析的示例性的肽序列。SEQIDNO: 28是組氨酰-tRNA合成酶(HisRS)蛋白(NP_002100. 2)的全長(zhǎng)氨基酸序列。SEQIDNO: 29是HisRS_SV9剪接變體的核酸編碼序列。SEQIDN0:30是由SEQ ID NO:29編碼的HisRS_SV9剪接變體多肽的氨基酸序列。SEQIDN0:31是HisRS-SVll剪接變體的核酸編碼序列。SEQIDN0:32是由SEQ ID NO:31編碼的HisRS-SVll剪接變體多肽的氨基酸序列。SEQIDNO:33是人色氨酰-tRNA合成酶(WRS)的主要同種型的氨基酸序列。SEQIDNO: 34是人WRS的截短變體(T2)的氨基酸序列。SEQIDNO:35是人WRS的截短變體(Toltrup)的氨基酸序列。SEQIDNO:36-103代表人QRS的不同的內(nèi)源的肽片段。SEQIDNO: 104是人苯丙氨酰-tRNA合成酶(PheRS)剪接變體(PheRS_SVlP)的氨
基酸序列。SEQIDNO: 105是全長(zhǎng)人天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)多肽的氨基酸序列。SEQIDNO: 106是人WRS的N-端片段(Fl ;氨基酸1-471)的氨基酸序列。SEQIDNO: 107是人WRS的剪接變體(微-WRS ;氨基酸48-471)的氨基酸序列。SEQIDNO: 108是人WRS的片段(Tl ;氨基酸71-471)的氨基酸序列。SEQIDNO: 109-115是從人Jurkat T-細(xì)胞得到的天然存在的、內(nèi)源的人QRS蛋白水解片段。SEQIDNO: 116是小鼠谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(mQRS)的全長(zhǎng)氨基酸序列。SEQIDNO: 117是編碼SEQ ID NO:25的人QRS多肽的核酸序列。


圖I顯示了酪氨酰-tRNA合成酶多肽對(duì)嗜中性粒細(xì)胞向肺中的遷移的影響。圖IA顯示了 Y341A的影響，圖IB顯示了微-YRS的影響，它們與地塞米松治療的陽(yáng)性對(duì)照細(xì)胞和未治療的對(duì)照細(xì)胞相對(duì)比(參見(jiàn)實(shí)施例I)。圖2顯示了組氨酰-tRNA合成酶多肽對(duì)粒細(xì)胞向肺中的遷移的影響。圖2A顯示了嗜中性粒細(xì)胞的減少的遷移，圖2B顯示了嗜酸性粒細(xì)胞的減少的遷移(參見(jiàn)實(shí)施例I)。圖3表明，酪氨酰-tRNA合成酶多肽會(huì)刺激被CXCR-2受體轉(zhuǎn)染的293和CHO細(xì)胞系的遷移(參見(jiàn)實(shí)施例2)。在圖24中的左圖顯示了 293/CXCR-2細(xì)胞的結(jié)果，在圖24中的右圖顯示了 CH0/CXCR-2細(xì)胞的結(jié)果。圖4顯示了 YRS多肽對(duì)多形核(PMN)細(xì)胞遷移的刺激作用(參見(jiàn)實(shí)施例3)。圖5顯示了響應(yīng)于DlAspRS多肽(SEQ ID NO: 105的氨基酸1-154)的體內(nèi)和體外 細(xì)胞因子釋放。圖5A顯示了在靜脈內(nèi)地注射10mg/kg Dl的小鼠中TNF-α和IL-IO的循環(huán)血清水平。TNF-α在早期的時(shí)間點(diǎn)增加，但是被快速地清除，而抗炎細(xì)胞因子IL-IO顯示出延長(zhǎng)的時(shí)程。圖5Β顯示了來(lái)自注射Dl的小鼠的5種細(xì)胞因子的體內(nèi)血清水平。圖5C顯示了用Dl刺激的PBMC的體外分析，在4小時(shí)處的TNF-α增加顯著高于全長(zhǎng)DRS。圖表明，在PBMC的Dl治療以后24小時(shí)，分泌的IL-IO水平顯著增加。圖6表明，重組的HRS-SV9和HRS-SV11剪接變體多肽會(huì)增強(qiáng)活化的Jurkat T細(xì)胞中的IL-2分泌。在有或沒(méi)有HRS-SV9或HRS-SVll存在下，用PMA (25ng/ml) +離子霉素(250ng/ml)處理細(xì)胞，并在48小時(shí)以后通過(guò)ELISA來(lái)分析培養(yǎng)基。圖7表明，HRS-SV9刺激PBMC以劑量依賴性的方式分泌TNF- α。圖8A-8C顯示了 QRS的結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu)和氨基酸序列(SEQ ID NO: 25)，并解釋了由全長(zhǎng)QRS的內(nèi)源蛋白酶解產(chǎn)生的QRS片段(SEQ ID NO: 116和117)的SDS-PAGE分離。圖9顯示了被克隆進(jìn)大腸桿菌蛋白表達(dá)載體中進(jìn)行過(guò)表達(dá)和純化的QRS片段(命名為 Q1、Q2、Q3 和 Q4)。圖10表明，使用所有4種QRS片段(Ql、Q2、Q3和Q4)的預(yù)處理會(huì)抑制在O. 5EU/ml LPS刺激以后從PBMC釋放出的TNF-α的量。圖11表明，使用Q4片段的預(yù)處理會(huì)在4和24小時(shí)以后抑制在O. 5EU/ml LPS刺激以后從PBMC釋放出的TNF- α的量。圖12表明，使用QRS的Q4片段的預(yù)處理會(huì)抑制在LPS刺激以后從PBMC釋放出的IL-12(p40)的量。圖13A-13C顯示了 AARS多肽對(duì)THP-I細(xì)胞的遷移的抑制作用。圖13A顯示了 HisRS對(duì)THP-I向化學(xué)引誘物CCL-23的遷移的抑制作用，圖13B顯示了 AspRS對(duì)THP-I向化學(xué)引誘物CCL-23的遷移的抑制作用，圖13C顯示了 p43多肽對(duì)THP-I向化學(xué)引誘物CCL-5的遷移的抑制作用。圖14顯示了來(lái)自巨噬細(xì)胞的細(xì)胞溶質(zhì)(藍(lán)色)和條件培養(yǎng)基(紅色)QRS肽級(jí)分的蛋白形貌和遷移分析平臺(tái)(PR0T0MAP)，以及QRS多肽序列的表示；(紫色)指示，在細(xì)胞溶質(zhì)級(jí)分和條件培養(yǎng)基級(jí)分中發(fā)現(xiàn)了所述肽。參見(jiàn)實(shí)施例5。圖15A-1 顯示了與圖14的PR0T0MAP相對(duì)應(yīng)的天然存在的、內(nèi)源的QRS肽片段的氨基酸序列。在這些圖中，(藍(lán)色；斜體)對(duì)應(yīng)著在胞質(zhì)溶膠中檢測(cè)到的肽，(紅色；帶有下劃線)對(duì)應(yīng)著在條件培養(yǎng)基中檢測(cè)到的肽，(紫色；斜體且?guī)в邢聞澗€)對(duì)應(yīng)著在兩種樣品中檢測(cè)到的肽。圖15A顯示了帶6的肽片段(全長(zhǎng)QRS)，圖15B顯示了帶9的肽片段(C-端QRS片段)，圖15C-D顯示了帶19和20的肽片段(N-端QRS片段)。圖16A-16C顯示了從用星狀孢子素處理的人Jurkat T-細(xì)胞得到的內(nèi)源的QRS肽(藍(lán)色；斜體)的氨基酸序列。圖18A和18B分別顯示了帶18和19的肽，所述肽從用星狀孢子素(STS)處理4小時(shí)的Jurkat T-細(xì)胞得到。圖18C顯示了帶18的肽，所述肽從用STS處理6小時(shí)的Jurkat T-細(xì)胞得到。詳細(xì)描述本發(fā)明源自下述發(fā)現(xiàn)，即氨酰-tRNA合成酶(AARS)和源自它們的某些多肽具有治療相關(guān)的非規(guī)范生物活性。因此，根據(jù)一個(gè)方面，本發(fā)明提供了具有至少一種非規(guī)范生物活性的分離的AARS多肽及其基本上保留所述非規(guī)范活性的活性片段和變體。 本文所用的“非規(guī)范活性”通常是指，本發(fā)明的AARS多肽具有的、除了將氨基酸添加到tRNA分子上以外的活性。如本文詳述的，在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的AARS多肽表現(xiàn)出的非規(guī)范生物活性可以包括、但不限于，調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答，包括急性和慢性炎癥應(yīng)答、全身性炎癥應(yīng)答、局部炎癥應(yīng)答和在細(xì)胞水平的炎癥應(yīng)答，無(wú)論是在體內(nèi)、離體還是在體外。炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性的實(shí)例包括、但不限于調(diào)節(jié)不同的免疫細(xì)胞的生長(zhǎng)、活性或運(yùn)輸，和調(diào)節(jié)不同的細(xì)胞因子的生產(chǎn)或分泌。因此，本發(fā)明的實(shí)施方案包括AARS多肽，包括它們的截短體、剪接變體、蛋白水解片段和變體，它們通過(guò)例如增加或減少炎癥應(yīng)答來(lái)調(diào)節(jié)炎癥，并由此在與炎癥有關(guān)的疾病或病癥的治療和預(yù)防中具有治療上有益的活性。使用AARS多肽勝過(guò)其它治療的優(yōu)點(diǎn)包括，例如，不同于傳統(tǒng)治療的作用機(jī)理，與基于炎癥的信號(hào)傳遞的協(xié)同作用，更高的效能，和與使用去免疫化的分子有關(guān)的益處。本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)明白其它優(yōu)點(diǎn)。除非特別地相反地指出，本發(fā)明的實(shí)踐將采用屬于本領(lǐng)域技能的分子生物學(xué)和重組DNA技術(shù)的常規(guī)方法，它們中的許多為了例證目的描述在下面。這樣的技術(shù)在文獻(xiàn)中得到充分解釋。參見(jiàn)，例如，Sambrook,等人，Molecular Cloning ALaboratory Manual(第 3 版，2000);DNA Cloning:A Practical Approach,第 I 和 II卷(D.Glover,編)；Oligonucleotide Synthesis(N. Gait,編，1984);OligonucleotideSynthesis:Methods and Applications(P. Herdewijn,編,2004) ;Nucleic AcidHybridization(B. Hames&S. Higgins,編,1985);Nucleic Acid Hybridization:ModernApplications (Buzdin和Lukyanov,編，2009);Transcription and Translation(B. Hames和 S. Higgins,編,1984);Animal Cell Culture(R. Freshney,編,1986);Freshney, R.I. (2005)Culture of Animal Cells, a Manual of Basic Technique,第 5 版· HobokenNJ, John ffiley&Sons;B. Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning(2010 年第 3 版);FarrelI, R. , RNA Methodologies:A Laboratory Guide for Isolation andCharacterization (2005 年第 3 版)。在本文中引用的所有出版物、專利和專利申請(qǐng)通過(guò)引用整體并入本文。定義除非另外定義，本文所用的所有科技術(shù)語(yǔ)具有本發(fā)明所屬領(lǐng)域的普通技術(shù)人員所通常理解的相同含義。雖然在實(shí)施或測(cè)試本發(fā)明時(shí)可采用與本文所述的那些相似或等效的任何方法和材料，但是本文描述了優(yōu)選的方法和材料。為了本發(fā)明的目的，下面對(duì)下述術(shù)語(yǔ)進(jìn)行定義。本文所用的冠詞“一”表示一個(gè)或超過(guò)一個(gè)(即至少一個(gè))所述冠詞的語(yǔ)法對(duì)象。作為實(shí)例，“一個(gè)元件”表示一個(gè)元件或超過(guò)一個(gè)元件?！凹s”是指這樣的數(shù)量、水平、值、數(shù)目、頻率、百分比、尺寸、大小、量、重量或長(zhǎng)度其相對(duì)于參照數(shù)量、水平、值、數(shù)目、頻率、百分比、尺寸、大小、量、重量或長(zhǎng)度，變化多達(dá)30、25、20、25、10、9、8、7、6、5、4、3、2 或 1%。應(yīng)用于參照多核苷酸或多肽序列的片段的術(shù)語(yǔ)“生物活性片段”表示這樣的片段其具有參照序列的活性的至少約 O. 1,0. 5、1、2、5、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、
35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99、100、110、120、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多。在本發(fā)明的范圍內(nèi)包括其長(zhǎng)度為至少約18、19、 20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、400、420、440、460、480、500 或更多(包括之間的所有整數(shù))個(gè)連續(xù)核苷酸或氨基酸殘基的生物活性片段，其包含或編碼參照氨基-酰tRNA轉(zhuǎn)移酶多核苷酸或多肽的炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性，諸如SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108 和 109-115 的示例性的參照多肽序列，或 SEQ ID N0:4、7、9、ll、13、15、
17、19和31的示例性的參照核苷酸序列。生物活性片段也包括參照AARS序列的天然存在的剪接變體以及AARS多肽的蛋白水解片段。根據(jù)多種技術(shù)，可以鑒別或衍生出“蛋白水解片段”或蛋白水解片段的序列。例如，如本文所例證的，可以在體外鑒別蛋白水解片段，諸如通過(guò)用選擇的蛋白酶溫育AARS多肽，或可以內(nèi)源地(即，在體內(nèi))鑒別它們。在某些實(shí)施方案中，可以制備或鑒別內(nèi)源的蛋白水解片段，例如，通過(guò)在選擇的微生物或真核細(xì)胞中重組表達(dá)AARS多肽，所述細(xì)胞已經(jīng)被修飾成含有一種或多種選擇的蛋白酶，或天然地含有一種或多種能夠作用于AARS多肽的蛋白酶，并分離和表征從其內(nèi)源地生產(chǎn)的蛋白水解片段。這樣的蛋白水解片段的實(shí)例包括本文所述的Q1-Q4以及在表C-I中例證的蛋白水解片段(包括其變體)。在某些實(shí)施方案中，可以制備或鑒別天然存在的內(nèi)源的蛋白水解片段，例如，從不同的細(xì)胞級(jí)分(例如，細(xì)胞溶質(zhì)的、膜、細(xì)胞核的)和/或不同細(xì)胞類型的生長(zhǎng)培養(yǎng)基，所述細(xì)胞包括、例如，巨噬細(xì)胞諸如RAW巨噬細(xì)胞(例如，RAW264. 7巨噬細(xì)胞；參見(jiàn)實(shí)施例5)，T-細(xì)胞，包括原代T-細(xì)胞和T-細(xì)胞系諸如Jurkats和天然殺傷(NK)細(xì)胞以及其它。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)諸如質(zhì)譜法等技術(shù)或等效技術(shù)，可以鑒別內(nèi)源的蛋白水解片段(無(wú)論如何產(chǎn)生)。一旦已經(jīng)制備或鑒別出在體外或內(nèi)源地鑒別的蛋白水解片段，則可以對(duì)它測(cè)序，并克隆進(jìn)用于重組生產(chǎn)的表達(dá)載體中，或合成地生產(chǎn)。代表性的生物活性片段通常參與相互作用，例如，分子內(nèi)或分子間相互作用。分子間相互作用可以是特異性的結(jié)合相互作用或酶促相互作用。分子間相互作用可以是在AARS多肽和靶分子(諸如參與調(diào)節(jié)炎癥過(guò)程(例如，細(xì)胞因子產(chǎn)生或分泌、免疫細(xì)胞遷移或募集、免疫細(xì)胞對(duì)自身抗原或外來(lái)抗原的應(yīng)答、附著)的另一種AARS多肽或靶分子)之間。AARS多肽的生物活性片段包括這樣的多肽片段其氨基酸序列與SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108或109-115中的任一個(gè)的氨基酸序列(包括它們的生物活性部分)具有足夠的相似性或同一性，或源自它們，或由SEQ ID ΝΟ:4、7、9、11、13、15、17、19或31的核苷酸序列編碼?！熬幋a序列”是指，起基因的多肽產(chǎn)物的代碼作用的任意核酸序列。相反，術(shù)語(yǔ)“非編碼序列”是指，不會(huì)起基因的多肽產(chǎn)物的代碼作用的任意核酸序列。在本說(shuō)明書中，除非上下文另有需要，詞語(yǔ)“包含”將被理解為暗示包括所述的步驟或元件或一組步驟或元件,但不排除任何其它的步驟或元件或一組步驟或元件?！坝伞M成”是指，包括且限于跟隨在短語(yǔ)“由(……組成)”之后的所有對(duì)象。因而，短語(yǔ)“由……組成”是指，列出的要素是必需的或強(qiáng)制性的，且不可能存在其它要素?！盎旧嫌伞M成”是指，包括在該短語(yǔ)之后列出的任意要素，且限于不會(huì)干擾或促成在關(guān)于列出的要素的公開內(nèi)容中指出的活性或作用的其它要素。因而，短語(yǔ)“基本上由……組成” 是指，列出的要素是必需的或強(qiáng)制性的，但是其它要素是任選的，且可以取決于它們是否實(shí)質(zhì)上影響列出的要素的活性或作用而存在或不存在。術(shù)語(yǔ)“互補(bǔ)的”和“互補(bǔ)性”表示通過(guò)堿基配對(duì)規(guī)則相關(guān)聯(lián)的多核苷酸(即，核苷酸序列)。例如，序列“A-G-T”與序列“T-C-A”互補(bǔ)?；パa(bǔ)性可以是“部分的”，其中僅一些核酸堿基根據(jù)堿基配對(duì)規(guī)則相匹配?；蛘?，在所述核酸之間可能存在“完全的”或“總的”互補(bǔ)性。核酸鏈之間的互補(bǔ)性程度對(duì)核酸鏈之間的雜交的效率和強(qiáng)度具有顯著影響。“對(duì)應(yīng)”是指(a)多核苷酸具有的核苷酸序列與參照多核苷酸序列的全部或一部分基本上相同或互補(bǔ)，或多核苷酸編碼的氨基酸序列與肽或蛋白質(zhì)中的氨基酸序列相同；或(b)肽或多肽具有的氨基酸序列與參照肽或蛋白質(zhì)中的氨基酸序列基本相同。“衍生物”是指，通過(guò)修飾已經(jīng)從基礎(chǔ)序列衍生出的多肽，所述修飾例如通過(guò)與其它化學(xué)部分的綴合或絡(luò)合(例如，聚乙二醇化)，或通過(guò)本領(lǐng)域理解的翻譯后修飾技術(shù)。術(shù)語(yǔ)“衍生物”的范圍還包括已經(jīng)對(duì)親代序列所作的變動(dòng)，包括提供功能性等價(jià)分子的添加或缺失。本文所用的術(shù)語(yǔ)“功能”和“有功能的”等表示，生物功能、酶功能或治療功能。“基因”是指這樣的遺傳單位其占據(jù)染色體上的特定基因座，且由轉(zhuǎn)錄和/或翻譯調(diào)節(jié)序列和/或編碼區(qū)和/或不翻譯序列(即，內(nèi)含子、5’和3’非翻譯序列)組成。“同源性”表示，相同的或構(gòu)成保守置換的氨基酸的數(shù)目的百分比。使用序列對(duì)比程序諸如GAP (Deveraux等人，1984，Nucleic Acids Research 12，387-395)(其通過(guò)引用并入本文)，可以測(cè)定同源性。以此方式，可以如下對(duì)比具有與本文所述那些類似的或基本上不同的長(zhǎng)度的序列在比對(duì)中插入缺口，這樣的缺口通過(guò)例如GAP所用的對(duì)比算法來(lái)測(cè)定。術(shù)語(yǔ)“宿主細(xì)胞”包括這樣的單個(gè)的細(xì)胞或細(xì)胞培養(yǎng)物其可以是或已經(jīng)成為本發(fā)明的任意重組載體或分離的多核苷酸的受體。宿主細(xì)胞包括單個(gè)宿主細(xì)胞的后代，且所述后代可能由于天然的、偶然的或故意的突變和/或變化而不一定與原始母代細(xì)胞完全相同(在形態(tài)學(xué)上或在總DNA補(bǔ)體方面)。宿主細(xì)胞包括在體內(nèi)或在體外用本發(fā)明的重組載體或多核苷酸轉(zhuǎn)染或感染的細(xì)胞。包含本發(fā)明的重組載體的宿主細(xì)胞是重組宿主細(xì)胞。“分離的”是指這樣的物質(zhì)其實(shí)質(zhì)上或基本上不含有該物質(zhì)在天然狀態(tài)時(shí)通常伴隨的組分。例如，本文所用的“分離的多核苷酸”包括已經(jīng)從其天然狀態(tài)下側(cè)接的序列中純化出的多核苷酸，例如已經(jīng)從通常鄰接該片段的序列中取出的DNA片段。或者，本文所用的“分離的肽”或“分離的多肽”等包括從其天然細(xì)胞環(huán)境中和從與其它細(xì)胞組分的結(jié)合中體外分離和/或純化出的肽或多肽分子，即，它不顯著地伴有體內(nèi)物質(zhì)?！皬摹玫健笔侵?，從特定受試者來(lái)源分離或衍生出樣品，例如多核苷酸提取物或多肽提取物。例如，可以從直接分離自受試者的組織或生物流體得到提取物。本文所用的術(shù)語(yǔ)“寡核苷酸”表示，由多個(gè)核苷酸殘基(脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其有關(guān)的結(jié)構(gòu)變體或合成類似物)通過(guò)磷酸二酯鍵連接組成的聚合物(或其有關(guān)的結(jié)構(gòu)變體或合成類似物)。因此，盡管術(shù)語(yǔ)“寡核苷酸”通常表示具有天然存在的核苷酸殘基和所述殘基之間的連接的核苷酸聚合物，應(yīng)當(dāng)理解，該術(shù)語(yǔ)的范圍也包括各種類似物，包括但不限于肽核酸(PNA)、氨基磷酸酯、硫代磷酸酯、膦酸甲酯、2-0-甲基核糖核酸等。該分子的確切大小可以隨具體用途而異。寡核苷酸的長(zhǎng)度通常較短，通常約10-30個(gè)核苷酸殘基，盡管通常用術(shù)語(yǔ)“多核苷酸”或“核酸”表示大的寡核苷酸，但是該術(shù)語(yǔ)可以表示具有任何長(zhǎng)度的分子。本文所用的術(shù)語(yǔ)“可操作地連接”是指，將結(jié)構(gòu)基因置于啟動(dòng)子的調(diào)節(jié)控制下，所 述啟動(dòng)子然后控制所述基因的轉(zhuǎn)錄和任選的翻譯。在異源的啟動(dòng)子/結(jié)構(gòu)基因組合的構(gòu)建中，通常優(yōu)選地使遺傳序列或啟動(dòng)子所在位置離基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的距離與下述距離大約相同遺傳序列或啟動(dòng)子與在它的天然環(huán)境(即，遺傳序列或啟動(dòng)子的來(lái)源基因)中它控制的基因之間的距離。如本領(lǐng)域已知的，可以調(diào)節(jié)該距離的一些變化，而不喪失功能。類似地，通過(guò)將元件置于它的天然的環(huán)境(即，它的來(lái)源基因)中，確定調(diào)節(jié)序列元件相對(duì)于要置于它控制下的異源基因的優(yōu)選位置。本文所用的術(shù)語(yǔ)“多核苷酸”或“核酸”指mRNA、RNA、cRNA、cDNA或DNA。該術(shù)語(yǔ)通常表示長(zhǎng)度為至少10個(gè)堿基的核苷酸的聚合形式，所述核苷酸無(wú)論是核糖核苷酸還是脫氧核苷酸，還是任一類核苷酸的修飾形式。該術(shù)語(yǔ)包括單鏈和雙鏈形式的DNA。術(shù)語(yǔ)“多核苷酸變體”和“變體”等表示表現(xiàn)出與參照AARS多核苷酸序列實(shí)質(zhì)的序列同一性的多核苷酸，或在下文定義的嚴(yán)緊性條件下與AARS參照序列雜交的多核苷酸。這些術(shù)語(yǔ)還包括這樣的多核苷酸其與參照多核苷酸的區(qū)別在于至少一個(gè)核苷酸的添加、缺失或置換。因此，術(shù)語(yǔ)“多核苷酸變體”和“變體”包括這樣的多核苷酸其中一個(gè)或多個(gè)核苷酸已經(jīng)加入或缺失，或被不同核苷酸替換。在這點(diǎn)上，本領(lǐng)域熟知，可對(duì)參照多核苷酸作某些改動(dòng)(包括突變、添加、缺失和置換)，但改變的多核苷酸保留參照多核苷酸的生物功能或活性。多核苷酸變體包括，例如，與在SEQ ID N0:4、7、9、ll、13、15、17、19或31中所示的序列具有至少50%(和至少51%到至少99%以及之間的所有整數(shù)百分比)序列同一性的多核苷酸，或它們的編碼AARS多肽的生物活性片段的部分。術(shù)語(yǔ)“多核苷酸變體”和“變體”還包括天然存在的等位基因變體?！岸嚯摹?、“多肽片段”、“肽”和“蛋白”在本文中互換地用于表示氨基酸殘基的聚合物及其變體和合成類似物。因此，這些術(shù)語(yǔ)也適用于這樣的氨基酸聚合物其中一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基是合成的非天然存在的氨基酸，例如對(duì)應(yīng)的天然存在的氨基酸的化學(xué)類似物以及天然存在的氨基酸聚合物。術(shù)語(yǔ)“氨酰-tRNA合成酶”(AARS)通常是指，這樣的處于它們的天然形式或野生型形式的酶所述酶能夠催化特定氨基酸或它的前體酯化成所有它的相容同源tRNA之一，以形成氨酰-tRNA。在該“規(guī)范”活性中，氨酰-tRNA合成酶催化一個(gè)2步反應(yīng)首先，它們通過(guò)形成氨酰-腺苷酸來(lái)活化它們各自的氨基酸，其中通過(guò)置換焦磷酸鹽，使氨基酸的羧基與ATP的α -磷酸相連，然后，當(dāng)結(jié)合正確的tRNA時(shí)，氨酰-腺苷酸的氨酰被轉(zhuǎn)移至tRNA的2’或3’末端OH上。I類氨酰-tRNA合成酶通常具有2個(gè)高度保守的序列基序。這些酶會(huì)在腺苷核苷酸的2’-0H處氨酰化，且通常是單體的或二聚的。II類氨酰-tRNA合成酶通常具有3個(gè)高度保守的序列基序。這些酶會(huì)在相同腺苷的3’ -OH處氨酰化，且通常是二聚的或四聚的。II類酶的活性部位主要由側(cè)接α-螺旋的7條鏈的反向平行的β-折疊組成。盡管苯丙氨酸-tRNA合成酶是II類，它在2’ -OH處氨?；?。AARS多肽包括酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)、色氨酰-tRNA合成酶(WRS)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)、甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)、組氨酰-tRNA合成酶、絲氨酰-tRNA合成酶、苯丙氨酰-tRNA合成酶、丙氨酰-tRNA合成酶、天冬酰胺酰-tRNA合成酶(AsnRS)、天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CysRS)、谷氨酰-tRNA合成酶、脯 氨酰-tRNA合成酶(ProRS)、精氨酰-tRNA合成酶、異亮氨酰-tRNA合成酶、亮氨酰-tRNA合成酶、賴氨酰-tRNA合成酶、蘇氨酰-tRNA合成酶、甲硫氨酰-tRNA合成酶和纈氨酰-tRNA合成酶。這些AARS多肽的全長(zhǎng)野生型序列是本領(lǐng)域已知的。在AARS多肽的含義內(nèi)也包括與氨酰tRNA合成酶相互作用的多功能蛋白(AMP)，包括AMP-I (或p43)、AMP_2 (或p38)和 AMP-3(或 pl8)。術(shù)語(yǔ)“多肽”、“多肽片段”、“截短的多肽”或“其變體”包括、但不限于這樣的多肽所述多肽的氨基酸序列與參照AARS序列具有至少50%(和至少51%到至少99%，以及之間的所有整數(shù)百分比)序列同一性，例如人或小鼠AARS多肽的氨基酸序列，包括其生物活性片段，諸如具有參照序列的至少約 10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300、350、400、450、500、550、600、650、700 或更多(包括之間的所有整數(shù))個(gè)連續(xù)氨基酸的片段。這些術(shù)語(yǔ)另外包括AARS多肽的天然等位基因變化，所述變化可以從一個(gè)屬或種至另一個(gè)屬或種存在和發(fā)生。示例性的參照序列包括在SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108 和 109-115 中的任一個(gè)中所示的那些。AARS多肽(包括其截短體、片段和/或變體)包括這樣的多肽其表現(xiàn)出參照AARS多肽的特異性生物活性(例如，在受試者中或在體外的炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性)的至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%或更多。僅僅作為實(shí)例，可以定量AARS有關(guān)的非規(guī)范生物活性，例如，通過(guò)測(cè)量AARS多肽的減少免疫細(xì)胞(諸如粒細(xì)胞)向炎癥部位(包括肺)的遷移的能力，或通過(guò)測(cè)量AARS多肽對(duì)免疫細(xì)胞針對(duì)給定抗原(自身抗原或外來(lái)抗原)的應(yīng)答的影響。在某些實(shí)施方案中，AARS多肽會(huì)使免疫細(xì)胞(諸如嗜中性粒細(xì)胞)對(duì)抗原脫敏，并從而減少這些細(xì)胞向炎癥部位的募集。在某些實(shí)施方案中，AARS多肽會(huì)調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞的炎癥應(yīng)答，或調(diào)節(jié)不同的炎癥分子的水平或活性，以及其它。用于測(cè)定免疫細(xì)胞的合適的體外模型如本文所述(參見(jiàn)實(shí)施例I)，且是本領(lǐng)域已知的。與參照AARS多肽相比具有實(shí)質(zhì)上降低的生物活性的AARS多肽(包括其截短體和/或變體)是，表現(xiàn)出生物活性的參照AARS多肽的比活的小于約25%、10%、5%或1%(即，具有非規(guī)范活性)的那些多肽。術(shù)語(yǔ)多肽“變體”表示這樣的多肽其與參照多肽的差別在于至少一個(gè)氨基酸殘基的添加、缺失或置換。在某些實(shí)施方案中，多肽變體與參照多肽的差別在于一個(gè)或多個(gè)保守的或非保守的置換。在某些實(shí)施方案中，所述多肽變體包含保守置換，在這點(diǎn)上，本領(lǐng)域熟知，有些氨基酸可改變?yōu)榫哂写蟾畔嗨菩再|(zhì)的其它氨基酸，而不改變多肽的活性本質(zhì)。多肽變體還包括這樣的多肽其中一個(gè)或多個(gè)氨基酸已經(jīng)添加或缺失，或被不同氨基酸殘基替代。本發(fā)明預(yù)見(jiàn)到，全長(zhǎng)AARS多肽的變體(例如，具有Y341A置換的全長(zhǎng)YRS多肽)、全長(zhǎng)AARS多肽的截短片段、剪接變體、蛋白水解片段(包括內(nèi)源的蛋白水解片段)和這種片段的變體以及它們的有關(guān)生物活性片段在本文所述的方法中的用途。AARS多肽的生物活性片段包括這樣的肽所述肽的氨基酸序列與(推定的)全長(zhǎng)AARS多肽序列(諸如SEQID N0:1 或其部分，或SEQ ID NO:2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32_108或 109-115 的多肽)的氨基酸序列充分類似或源自后者。通常，生物活性片段包括具有AARS多肽的至少一種活性的結(jié)構(gòu)域或基序，且可以包括一種或多種(和在有些情況下，所有)不同的活性結(jié)構(gòu)域，包括具有炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性的片段。在某些情況下，AARS多肽的生物活性片段具有特定截短片段獨(dú)有的生物活性(例如，調(diào)節(jié)細(xì)胞因子分泌、調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞的遷移)，所以全長(zhǎng)AARS多肽可能不具有該活性。在 某些情況下，通過(guò)使生物活性的AARS多肽片段與其它全長(zhǎng)AARS多肽序列分離，或通過(guò)改變?nèi)L(zhǎng)AARS野生型多肽序列的某些殘基(例如，YRS多肽的Y341A)來(lái)顯露生物活性的結(jié)構(gòu)域，可以揭示生物活性。截短的AARS多肽的生物活性片段可以是這樣的多肽片段它是，例如，在 SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108 或 109-115 中的任一個(gè)中所述的氨基酸序列或不同的人AARS多肽的已知氨基酸序列的10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、400、450、500、550、600、650、700、750或更多(包括之間的所有整數(shù))個(gè)連續(xù)的或非連續(xù)的(例如，剪接變體有時(shí)是非連續(xù)的)氨基酸。在某些實(shí)施方案中，生物活性片段包括炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)序列、結(jié)構(gòu)域或基序。合適地，所述生物活性片段具有它的來(lái)源生物活性(即，非規(guī)范生物活性)多肽的活性的不小于約1%、10%、25%或50%。本文所用的術(shù)語(yǔ)“序列同一性”(或例如，與……具有“50%序列同一性”)表示，序列在比較窗口內(nèi)的核苷酸與核苷酸或氨基酸與氨基酸的相同程度。因此，可以如下計(jì)算“序列同一性百分比”:在比較窗口內(nèi)比較兩個(gè)最佳對(duì)齊的序列，確定在兩個(gè)序列中存在相同核酸堿基(例如，A、T、C、G、I)或相同氨基酸殘基(例如，Ala、Pro、Ser、Thr、Gly、Val、Leu、lie、Phe、Tyr、Trp> Lys、Arg、His、Asp、Glu、Asn、Gin、Cys 和 Met)的位置的數(shù)目，以產(chǎn)生匹配位置的數(shù)目，將所述匹配位置的數(shù)目除以比較窗口內(nèi)的位置總數(shù)(即窗口大小)，并將結(jié)果乘以100，以得到序列同一性百分比。用于描述兩個(gè)或多個(gè)多核苷酸或多肽之間的序列關(guān)系的術(shù)語(yǔ)包括“參照序列”、“比較窗口”、“序列同一性”、“序列同一性百分比”和“實(shí)質(zhì)同一性”。“參照序列”的長(zhǎng)度是至少12個(gè)、有時(shí)15-18個(gè)、通常至少25個(gè)單體單元,包括核苷酸和氨基酸殘基。因?yàn)閮蓚€(gè)多核苷酸可以各自包含(1)在兩個(gè)多核苷酸之間相似的序列(即只是完整多核苷酸序列的一部分)，和⑵兩個(gè)多核苷酸之間不同的序列，通常通過(guò)在“比較窗口”內(nèi)比較兩個(gè)多核苷酸的序列，在兩個(gè)(或多個(gè))多核苷酸之間進(jìn)行序列比較，以鑒定和比較序列相似性的局部區(qū)域?！氨容^窗口 ”指這樣的概念區(qū)段其具有至少6個(gè)、通常約50至約100個(gè)、更通常約100至約150個(gè)鄰接位置，在兩個(gè)序列以最佳方式對(duì)齊后，將序列與相同數(shù)目的鄰接位置的參照序列相比較。對(duì)于兩個(gè)序列的最佳比對(duì)，比較窗口可包含與參照序列(其不包含添加或刪除)相比大約20%或更少的添加或刪除(即，間隙)。用于對(duì)齊比較窗口的序列最佳比對(duì)，可用計(jì)算機(jī)執(zhí)行的算法(GAP、BESTFIT、FASTA 和 TFASTA，在 Wisconsin Genetics SoftwarePackage Release 7. 0 中，Genetics Computer Group,575ScienceDrive Madison,WI,USA)或通過(guò)目檢來(lái)進(jìn)行，并選擇由多種方法中的任一種產(chǎn)生的最佳比對(duì)(即導(dǎo)致在比較窗口內(nèi)的最高百分比同源性)ο另外可參見(jiàn)例如由Altschul等人，1997, Nucl. Acids Res. 25:3389公開的BLAST系列程序。關(guān)于序列分析的詳細(xì)討論，可以參見(jiàn)=Ausubel等人,“CurrentProtocols in Molecular Biology, ^John ffiley&Sons Inc, 1994-1998,第 15 章第 19. 3 單
J Li ο本文所用的“受試者”包括可以用本發(fā)明的AARS多肽進(jìn)行治療的、表現(xiàn)出征狀或處于表現(xiàn)出征狀的風(fēng)險(xiǎn)中的任意動(dòng)物，已經(jīng)離體或在體外用AARS多肽治療的細(xì)胞(例如， 干細(xì)胞)，或二者。合適的受試者(患者)包括實(shí)驗(yàn)室動(dòng)物(諸如小鼠、大鼠、兔或豚鼠)、耕作動(dòng)物和家養(yǎng)動(dòng)物或?qū)櫸?諸如貓或狗)。包括非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物，和優(yōu)選的人患者。某些實(shí)施方案包括這樣的受試者其表現(xiàn)出增加的或病理學(xué)的炎癥應(yīng)答或不足的炎癥應(yīng)答，或處于表現(xiàn)出所述炎癥應(yīng)答的風(fēng)險(xiǎn)中。氨酰-tRNA合成酶多肽的“有效濃度”表示這樣的量與對(duì)照多肽或無(wú)多肽相比，其能夠以任何希望的方式調(diào)整或調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答或炎癥，無(wú)論是在細(xì)胞中、在體外或離體，在組織中，還是在受試者中。炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性的一個(gè)實(shí)例包括減少免疫細(xì)胞諸如粒細(xì)胞(例如，嗜中性粒細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞)或淋巴細(xì)胞向選擇的組織(諸如肺)的遷移。另一個(gè)實(shí)例包括使免疫細(xì)胞對(duì)抗原脫敏。炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性的另一個(gè)實(shí)例包括調(diào)節(jié)細(xì)胞因子產(chǎn)生。從本文提供的描述和本領(lǐng)域的理解，會(huì)明白其它實(shí)例?！懊庖呒?xì)胞”包括脊椎動(dòng)物免疫系統(tǒng)的任意細(xì)胞，包括淋巴細(xì)胞諸如B-細(xì)胞、殺傷T-細(xì)胞(即，CD8+T-細(xì)胞)、輔助T-細(xì)胞(B卩，CD4+T-細(xì)胞，包括Thl和Th2細(xì)胞)、天然殺傷細(xì)胞和Y S T-細(xì)胞、單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、嗜中性粒細(xì)胞、樹突細(xì)胞、肥大細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞和嗜堿性粒細(xì)胞?！熬藓思?xì)胞”通常是指，負(fù)責(zé)生產(chǎn)正常凝血所必需的血液凝血細(xì)胞(即，血小板)的骨髓細(xì)胞。巨核細(xì)胞通常占骨髓細(xì)胞的1/10，000。巨核細(xì)胞源自骨髓中的多能造血干細(xì)胞前體細(xì)胞。血小板生成素(TPO)是巨核細(xì)胞生產(chǎn)的初期信號(hào)，即，TPO足以誘導(dǎo)骨髓中的祖細(xì)胞向最終的巨核細(xì)胞表型分化，但不是絕對(duì)必要的。巨核細(xì)胞分化的其它分子信號(hào)包括6皿-05 、11^-3、幾-6、11^-11、趨化因子(SDF-1 ;FGF_4)和促紅細(xì)胞生成素。認(rèn)為通過(guò)下述譜系形成巨核細(xì)胞=CFU-Me (多能造血干細(xì)胞或成血細(xì)胞)_>原巨核細(xì)胞_>前巨核細(xì)胞_>巨核細(xì)胞。在原巨核細(xì)胞階段，所述細(xì)胞喪失它的分裂能力，但是仍然能夠復(fù)制它的DNA，并繼續(xù)發(fā)育，變成多倍體。在成熟以后，巨核細(xì)胞開始生產(chǎn)血小板或凝血細(xì)胞的過(guò)程。血小板生成素在誘導(dǎo)巨核細(xì)胞形成小原血小板突塊或細(xì)胞質(zhì)內(nèi)部膜(用于儲(chǔ)存釋放之前的血小板)中起作用。在釋放后，這些原血小板突塊中的每一個(gè)可以產(chǎn)生2000-5000個(gè)新的血小板。共約2/3的新釋放的血小板會(huì)保留在循環(huán)中，約1/3被脾隔離。在釋放血小板以后，剩余的細(xì)胞核通常穿過(guò)骨髓屏障到達(dá)血液，并在肺中被肺泡巨噬細(xì)胞消耗。巨核細(xì)胞減少(Megakaryocytopenia,也稱作megakaryophthisis)是骨髓中的巨核細(xì)胞缺少。“紅細(xì)胞”表示主要由血紅蛋白組成的紅血細(xì)胞，所述血紅蛋白是含有血紅素基團(tuán)的復(fù)雜的金屬蛋白，它們的鐵原子暫時(shí)連接至肺中的氧分子(O2)上。通過(guò)稱作紅細(xì)胞生成的過(guò)程，生成紅細(xì)胞，其中它們?cè)诩s7天內(nèi)通過(guò)網(wǎng)織紅細(xì)胞從定向干細(xì)胞發(fā)育成成熟的紅細(xì)胞，并存活共約100-120天?！凹t細(xì)胞增多癥”(或紅血球增多)是特征在于紅細(xì)胞過(guò)剩的疾病，其中增加的血液粘度可以造成許多征狀?！柏氀笔翘卣髟谟谘旱牡脱踹\(yùn)輸能力(由于低紅細(xì)胞計(jì)數(shù)，或紅血細(xì)胞或血紅蛋白的某種異常)的疾病?！傲＜?xì)胞”表示，特征在于在它的細(xì)胞質(zhì)中存在顆粒的白血細(xì)胞。粒細(xì)胞也稱作多形核白細(xì)胞(PMN或PML)，這是因?yàn)樽兓暮诵螤?。粒?xì)胞的實(shí)例包括嗜中性粒細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞和嗜堿性粒細(xì)胞?！笆戎行粤＜?xì)胞”或中性粒細(xì)胞通常是指，在人類中豐富類型的白血細(xì)胞，其與嗜堿性粒細(xì)胞和嗜酸性粒細(xì)胞一起，形成多形核細(xì)胞家族(PMN)的一部分。根據(jù)它們?cè)谔K木素和曙紅(H&E)組織學(xué)或細(xì)胞學(xué)制品上的獨(dú)特染色特征，可以容易地鑒別嗜中性粒細(xì)胞。 嗜中性粒細(xì)胞通常存在于血流中，但是是在炎癥的開始(即，急性)階段最先向炎癥部位遷移炎癥細(xì)胞群體之一，主要是作為感染或癌癥的結(jié)果。通常，嗜中性粒細(xì)胞首先通過(guò)血管遷移，然后通過(guò)間質(zhì)組織遷移，跟隨源自炎癥部位的化學(xué)信號(hào)(例如，白介素_8(IL-8)、干擾素-Y (IFN-y)和C5a)?！笆戎行粤＜?xì)胞減少癥”表示低嗜中性粒細(xì)胞計(jì)數(shù)的存在，其可能源自先天性的(遺傳的)障礙，或可能由于其它病癥而形成，如在再生障礙性貧血或一些類型的白血病的情況下?！笆戎行粤＜?xì)胞增多癥”表示異常高的嗜中性粒細(xì)胞計(jì)數(shù)?！笆人嵝粤＜?xì)胞”也稱作嗜酸性白細(xì)胞，表示這樣的白細(xì)胞其在它們的細(xì)胞質(zhì)內(nèi)具有均勻大小的粗糙的圓形顆粒，且通常具有二裂片的(雙葉的)核。嗜酸性粒細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)顆粒被染料曙紅染成紅色。嗜酸性粒細(xì)胞通常占外周血白細(xì)胞的約1%至約3%，具有約350-650計(jì)數(shù)/立方毫米。在變態(tài)反應(yīng)和寄生物感染(諸如蠕蟲)過(guò)程中，在血液中的嗜酸性粒細(xì)胞計(jì)數(shù)經(jīng)常升高到超過(guò)正常范圍。“嗜酸性粒細(xì)胞減少癥”表示粒細(xì)胞缺乏的一種形式，其中嗜酸性粒細(xì)胞的數(shù)目低于預(yù)期值?！笆人嵝粤＜?xì)胞增多癥”表示血液中異常高的嗜酸性粒細(xì)胞數(shù)目。例如，嗜酸性粒細(xì)胞增多癥可以分類為輕度的(小于約1500個(gè)嗜酸性粒細(xì)胞/立方毫米)、中度的(約1500至約5000個(gè)/立方毫米)或嚴(yán)重的(超過(guò)約5000個(gè)/立方毫米)。在原發(fā)性的嗜酸性粒細(xì)胞增多癥中，增加的嗜酸性粒細(xì)胞生產(chǎn)通常是由于造血干細(xì)胞的異常，諸如在嗜酸性白血病中。在繼發(fā)性的嗜酸性粒細(xì)胞增多癥中，增加的嗜酸性粒細(xì)胞生產(chǎn)通常是由于細(xì)胞因子驅(qū)動(dòng)的反應(yīng)過(guò)程。嗜堿性粒細(xì)胞也稱作嗜堿性白細(xì)胞，表示這樣的白細(xì)胞其在細(xì)胞質(zhì)內(nèi)具有均勻大小的粗糙的淡藍(lán)色-黑色顆粒，且通常具有二裂片的(雙葉的)核。嗜堿性粒細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)顆粒被堿性染料染色。嗜堿性粒細(xì)胞通常占外周血白細(xì)胞的約O. 5%至約3%。嗜堿性粒細(xì)胞儲(chǔ)存和釋放組胺和5-羥色胺，以及其它化學(xué)試劑。嗜堿性粒細(xì)胞能夠攝取外來(lái)顆粒，并也生產(chǎn)、儲(chǔ)存和釋放肝素、5-羥色胺和組胺。炎癥性的化學(xué)試劑(諸如肝素和組胺)的釋放經(jīng)常與哮喘和變態(tài)反應(yīng)有關(guān)。骨髓中的干細(xì)胞不斷地生產(chǎn)嗜堿性粒細(xì)胞?！笆葔A性粒細(xì)胞減少癥”表示低嗜堿性粒細(xì)胞計(jì)數(shù)(例如，小于約O. OlxlO9/升血液)，“嗜堿性粒細(xì)胞增多癥”表示高嗜堿性粒細(xì)胞計(jì)數(shù)(例如，超過(guò)約101°/升血液)?！傲馨图?xì)胞”通常表示脊椎動(dòng)物免疫系統(tǒng)的白血細(xì)胞，包括B-細(xì)胞、T-細(xì)胞(例如，輔助T-細(xì)胞、細(xì)胞毒性的T-細(xì)胞、Y δ T-細(xì)胞)和天然殺傷(NK)細(xì)胞。通常，且僅僅為了例證目的，B-細(xì)胞生產(chǎn)和分泌抗體，T-輔助細(xì)胞釋放調(diào)節(jié)其它免疫細(xì)胞的細(xì)胞因子和生長(zhǎng)因子，細(xì)胞毒性的T-細(xì)胞(CTL)裂解病毒感染的細(xì)胞、腫瘤細(xì)胞和同種異體移植物，NK細(xì)胞裂解病毒感染的細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞。“淋巴細(xì)胞減少癥”的特征在于，在血液中異常低水平的淋巴細(xì)胞。在成年人中的正常的總淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)通常是約1000-4800/μ L，在小于2歲的兒童中是約3000-9500/μ L。在6歲時(shí)，正常的總淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)的下限是約1500/μ L。淋巴細(xì)胞減少癥經(jīng)常特征在于，在成年人中〈1000/μ L的總淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)，或在小于2歲的兒童中〈3000/μ L。淋巴細(xì)胞減少癥的具體實(shí)例包括Τ-淋巴細(xì)胞減少癥，其中存在太少的T-細(xì)胞(例如，CD4+T-細(xì)胞計(jì)數(shù)小于約300細(xì)胞/ μ L)，但是經(jīng)常具有正常數(shù)目的其它淋巴細(xì)胞出淋巴細(xì)胞減少癥，其中存在太少的B細(xì)胞，但是經(jīng)常具有正常數(shù)目的其它淋巴細(xì)胞；和NK淋巴細(xì)胞減少癥，其中存在太少的天然殺傷細(xì)胞，但是經(jīng)常具有正常數(shù)目的其它淋巴細(xì)胞?！傲馨图?xì)胞增多”表示異常高的淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)，經(jīng)常特征在于高于正常值超過(guò)40% 的總淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)。絕對(duì)的淋巴細(xì)胞增多通常存在于下述情況下在成年人中，絕對(duì)淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)大于4000/微升；在大齡兒童中，大于7000/微升；在嬰兒中，大于9000/微升。相對(duì)的淋巴細(xì)胞增多可能發(fā)生在下述情況下在白血細(xì)胞中存在更高比例(大于40%)的淋巴細(xì)胞，且淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)(ALC)是正常的(小于約4000/微升)。術(shù)語(yǔ)“調(diào)整”包括“增加”或“刺激”以及“減少”或“降低”，通常是以統(tǒng)計(jì)上顯著的
或生理上顯著的量。術(shù)語(yǔ)“增強(qiáng)”或“增加”或“刺激”通常表示，與沒(méi)有AARS多肽或由對(duì)照分子/組合物造成的應(yīng)答相比，一種或多種試劑或組合物在細(xì)胞中生成或造成更大生理應(yīng)答(即，下游效應(yīng))的能力?？蓽y(cè)量的生理應(yīng)答可以包括更大的細(xì)胞生長(zhǎng)、繁殖、附著或遷移以及從本領(lǐng)域的理解和本文的描述顯而易見(jiàn)的其它應(yīng)答。在本領(lǐng)域已知的其它方法中，體外菌落形成試驗(yàn)代表用于測(cè)量細(xì)胞對(duì)本文提供的試劑的應(yīng)答的一種方法?？蓽y(cè)量的生理應(yīng)答還可以包括臨床應(yīng)答，諸如改變的炎癥，這通過(guò)例如體溫、發(fā)紅、腫脹或炎癥的其它臨床標(biāo)志來(lái)測(cè)量?！霸黾拥摹被颉霸鰪?qiáng)的”量通常是“統(tǒng)計(jì)上顯著的”量，且可以包括這樣的增加所述增加是沒(méi)有AARS多肽(沒(méi)有試劑)或由對(duì)照組合物生成的量的I. I、I. 2、2、3、4、5、6、7、8、9、
10、15、20、30或更多倍(例如，500、1000倍)(包括之間的所有整數(shù)和小數(shù)點(diǎn)，以及高于1，例如，1.5、1.6、1.7、1.8等)。術(shù)語(yǔ)“減少”可以一般地涉及本發(fā)明的一種或多種AARS多肽的“減少”有關(guān)的生理應(yīng)答或細(xì)胞應(yīng)答的能力，所述應(yīng)答諸如本文所述的疾病或病癥的征狀，這根據(jù)診斷領(lǐng)域的常規(guī)技術(shù)測(cè)得。實(shí)例包括減少的免疫細(xì)胞(諸如粒細(xì)胞)向肺的遷移和減少的肺炎癥。可測(cè)量的生理應(yīng)答可以包括減輕的炎癥，這通過(guò)例如體溫、發(fā)紅、腫脹或炎癥的其它臨床標(biāo)志來(lái)測(cè)量。本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)明白有關(guān)的生理或細(xì)胞應(yīng)答(體內(nèi)或體外)。與沒(méi)有AARS多肽或由對(duì)照組合物產(chǎn)生的應(yīng)答相比，應(yīng)答的“減輕”可以是統(tǒng)計(jì)上顯著的，且可以包括，例如，1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95% 或 100% (包括之間的所有整數(shù))減輕?！斑w移”表示細(xì)胞的遷移，即根據(jù)本文所述的和本領(lǐng)域已知的常規(guī)體外試驗(yàn)可以測(cè)量的過(guò)程(參見(jiàn)，例如，實(shí)施例8)。遷移也表示體內(nèi)遷移，諸如細(xì)胞從一個(gè)組織遷移至另一個(gè)組織(例如，從骨髓遷移至外周血，或從外周血遷移至肺組織)，或從在一個(gè)組織內(nèi)的部位遷移至在相同組織內(nèi)的另一個(gè)部位。體內(nèi)遷移(例如，趨化性)經(jīng)常響應(yīng)于感染或損傷的/刺激的組織而發(fā)生?！胺只北硎荆瑢ｉT化程度更低的(例如，多能性的、全能的、多能的等)細(xì)胞變?yōu)楦鼘ｉT化的細(xì)胞類型的過(guò)程。本文所用的“治療”包括對(duì)與炎癥調(diào)節(jié)有關(guān)的疾病或病癥的征狀或病理學(xué)的任何希望的作用，或?qū)赡苁芤嬗谘装Y調(diào)節(jié)的其它初步治療(例如，感染、變態(tài)反應(yīng))的結(jié)果的任何希望的作用，且可能包括要治療的疾病或病癥的一種或多種可測(cè)量的標(biāo)志物的甚至輕微的變化或改善?！爸委煛辈灰欢ㄖ甘?，完全根除或治愈疾病或病癥或其有關(guān)的征狀。接受該治療的受試者是有此需要的任意動(dòng)物，包括靈長(zhǎng)類動(dòng)物，尤其是人類和其它哺乳動(dòng)物，諸如馬、牛、豬和綿羊；和家禽和一般寵物。也包括“預(yù)防性的”治療，其會(huì)減少發(fā)展有關(guān)的疾病或病癥的風(fēng)險(xiǎn)，或減少發(fā)展與所述疾病或病癥有關(guān)的征狀的風(fēng)險(xiǎn)。臨床改善的示例性標(biāo)志包括、但不限于體溫的改變、免疫細(xì)胞計(jì)數(shù)的改變和細(xì)菌計(jì)數(shù)的改變，無(wú)論是在施用AARS 多肽以后，還是在施用已經(jīng)離體或在體外用AARS多肽治療的細(xì)胞以后，還是二者?！拜d體”是指從例如質(zhì)粒、噬菌體、酵母或病毒衍生出的多核苷酸分子，優(yōu)選DNA分子，其中可插入或克隆入多核苷酸。載體優(yōu)選地含有一個(gè)或多個(gè)獨(dú)特的限制位點(diǎn)，并能在確定的宿主細(xì)胞(包括靶細(xì)胞或組織或祖細(xì)胞或其組織)中自主復(fù)制，或可整合入確定的宿主的基因組中，從而使克隆的序列可復(fù)制。因此，載體可以是自主復(fù)制型載體，即所述載體作為染色體外的實(shí)體而存在，其復(fù)制獨(dú)立于染色體復(fù)制，例如，線性的或閉合的圓形質(zhì)粒、染色體外元件、微染色體或人造染色體。載體可含有確保自身復(fù)制的任何裝置。或者，載體在導(dǎo)入宿主細(xì)胞后可整合到基因組中，并與它已經(jīng)整合的染色體一起復(fù)制。載體系統(tǒng)可包含單個(gè)載體或質(zhì)粒、兩個(gè)或多個(gè)載體或質(zhì)粒(它們合起來(lái)含有要導(dǎo)入宿主細(xì)胞基因組中的總DNA)或轉(zhuǎn)座子。載體的選擇通常取決于載體與所述載體要導(dǎo)入的宿主細(xì)胞的相容性。在本案中，載體優(yōu)選地為在細(xì)菌細(xì)胞中可操作地有功能的載體。載體還可包括選擇標(biāo)志物，例如可用于選擇合適轉(zhuǎn)化體的抗生素抗性基因。術(shù)語(yǔ)“野生型”和“天然存在的”可互換地用于表示這樣的基因或基因產(chǎn)物當(dāng)從天然存在的來(lái)源分離出時(shí)，其具有該基因或基因產(chǎn)物的特征。野生型基因或基因產(chǎn)物(例如，多肽)是在群體中最經(jīng)常觀察到的，且因而是該基因的任意設(shè)計(jì)的“正?！被颉耙吧汀毙问?。氨酰-tRNA多肽及其變體本發(fā)明部分地涉及下述觀察結(jié)果氨酰-tRNA合成酶多肽(包括其截短體和變體)會(huì)在體內(nèi)和離體(或在體外)調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答。因此，本發(fā)明的多肽包括全長(zhǎng)氨酰-tRNA合成酶多肽，以及氨酰-tRNA合成酶多肽的任意生物活性片段或其變體或修飾，其中所述多肽能夠在受試者中、在體外或離體地調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答。氨酰-tRNA合成酶通常催化tRNA的同源氨基酸對(duì)tRNA的氨?；Ｒ?yàn)樗鼈冊(cè)谶B接氨基酸和tRNA所含有的核苷酸三聯(lián)體中的重要作用，認(rèn)為氨酰-tRNA合成酶是在進(jìn)化中出現(xiàn)的第一種蛋白。如上面所指出的，氨酰-tRNA合成酶的實(shí)例包括酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)、色氨酰-tRNA合成酶(WRS)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)、甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)、組氨酰-tRNA合成酶(HisRS)、絲氨酰-tRNA合成酶(SRS)、苯丙氨酰-tRNA合成酶(PheRS)、丙氨酰-tRNA合成酶(AlaRS)、天冬酰胺酰-tRNA合成酶(AsnRS)、天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CysRS)、谷氨酰-tRNA合成酶(ERS)、脯氨酰-tRNA合成酶(ProRS)、精氨酰-tRNA合成酶(RRS)、異亮氨酰-tRNA合成酶(IRS)、亮氨酰-tRNA合成酶(LRS)、賴氨酰-tRNA合成酶(KRS)、蘇氨酰-tRNA合成酶(TRS)、甲硫氨酰-tRNA合成酶(MRS)和纈氨酰-tRNA合成酶(VRS)。酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)屬于I類tRNA合成酶家族，其在活性部位處具有2個(gè)高度保守的序列基序HIGH和KMSKS。I類tRNA合成酶會(huì)在腺苷核苷酸的2’_0H處氨?；?，且通常是單體的或二聚的(分別I或2個(gè)亞基)。人酪氨酰-tRNA合成酶由3個(gè)結(jié)構(gòu)域組成1)氨基端羅斯曼褶結(jié)構(gòu)域，其負(fù)責(zé)活化的E · Tyr-AMP中間體的形成，且在細(xì)菌、古細(xì)菌和真核生物中是保守的；2)tRNA反密碼 子識(shí)別結(jié)構(gòu)域，其在細(xì)菌和真核生物之間尚未是保守的；和3)人酪氨酰-tRNA合成酶獨(dú)有的羧基端結(jié)構(gòu)域，且其一級(jí)結(jié)構(gòu)與假定的人細(xì)胞因子內(nèi)皮單核細(xì)胞活化蛋白II具有49%同一'I"生，與來(lái)自漂亮新小桿線蟲(Caenorhabditis elegans)的甲硫氨酰-tRNA合成酶的羧基端結(jié)構(gòu)域具有50%同一性，且與來(lái)自釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的Arclp的羧基端結(jié)構(gòu)域具有43%同一性。人酪氨酰-tRNA合成酶的前2個(gè)結(jié)構(gòu)域分別與來(lái)自釀酒酵母、詹氏甲烷球菌(Methanococcus jannaschii)和嗜熱脂肪芽抱桿菌(Bacillus stearothermophilus)的酪氨酰-tRNA合成酶具有52、36和16%同一'丨生。已知參與嗜熱脂肪芽孢桿菌中的酪氨酰-腺苷酸復(fù)合物的形成的15種氨基酸中的9種在所有生物體中是保守的，而參與識(shí)別tRNATyl:的氨基酸不是保守的。在大腸桿菌中表達(dá)的重組人和嗜熱脂肪芽孢桿菌酪氨酰-tRNA合成酶的動(dòng)力學(xué)分析指示，人酪氨酰-tRNA合成酶會(huì)氨?；说膖RNATiT，但是不會(huì)氨?；葻嶂狙挎邨U菌tRNAT'反之亦然。據(jù)信，人酪氨酰-tRNA合成酶的羧基端結(jié)構(gòu)域從甲硫氨酰-tRNA合成酶的羧基端結(jié)構(gòu)域的基因副本演化而來(lái)，且可能指導(dǎo)tRNA至該酶的活性部位。真核酪氨酰-tRNA合成酶的生物片段會(huì)將蛋白合成與細(xì)胞-信號(hào)傳遞途徑相聯(lián)系。這些片段可以通過(guò)選擇性剪接或蛋白酶解而天然地產(chǎn)生，或通過(guò)人工蛋白水解處理而產(chǎn)生。例如，如在本發(fā)明中提供的，N-端片段微-YRS能夠在體內(nèi)調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答。另外，全長(zhǎng)YRS多肽序列中的某些突變會(huì)賦予參照序列(例如，Y341A)增加的炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性。全長(zhǎng)YRS多肽序列的截短的剪接變體的實(shí)例包括SP1-SP5多肽。人酪氨酰-tRNA合成酶的全長(zhǎng)氨基酸序列如在SEQ ID NO: I中所示。含有催化結(jié)構(gòu)域和反密碼子識(shí)別結(jié)構(gòu)域的人微-YRS(即，SEQ ID N0:3;或微-Tyr)的結(jié)構(gòu)已經(jīng)被報(bào)道至1.18A的分辨率。由于人和細(xì)菌酶的催化結(jié)構(gòu)域重疊，在微-YRS中的反密碼子識(shí)別結(jié)構(gòu)域相對(duì)于催化結(jié)構(gòu)域的空間布置與細(xì)菌直系同源物相比是獨(dú)特的。不希望被任一種理論約束，反密碼子-識(shí)別結(jié)構(gòu)域的獨(dú)特方向可能解釋為什么片段微-YRS在不同的細(xì)胞-信號(hào)傳遞途徑中更有活性。YRS多肽變體的具體實(shí)例包括全長(zhǎng)YRS多肽或其截短體或剪接變體，其具有一個(gè)或多個(gè)選自下述的氨基酸置換R93Q置換、I14L置換、N17G置換、L271置換、A85S置換和V156L置換，以及它們的組合。YRS多肽變體的具體實(shí)例包括、但不限于具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-364的、具有R93Q置換的YRS多肽，具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有114L置換的YRS多肽，具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有N17G置換的YRS多肽，具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有L27I置換的YRS多肽，具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有A85S置換的YRS多肽，和具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有V156L置換的YRS多肽。生物活性的YRS片段的具體實(shí)例包括、但不限于C-端截短的酪氨酰-tRNA合成酶多肽，其包含在SEQ ID NO: I中所示的氨基酸序列的氨基酸1-343、氨基酸1_344、氨基酸1-350、氨基酸1-353或氨基酸1-364以及SEQ ID NO:3和6的多肽，或由它們組成。生物活性片段的其它實(shí)例包括、但不限于N-端截短的酪氨酰-tRNA合成酶多肽，其包含在SEQID N0:6、10、12和14中所示的氨基酸序列，或由它們組成。這些和其它YRS多肽被包括在本發(fā)明的AARS多肽中。組氨酰-tRNA合成酶(HRS或HisRS)是屬于IIa類tRNA合成酶家族的α 2 二聚 體。HisRSs的一級(jí)結(jié)構(gòu)的編譯表明，這些同型二聚酶的亞基由420-550個(gè)氨基酸殘基組成。這代表在AARS中相對(duì)短的鏈長(zhǎng)度，其肽鏈大小范圍是約300-1100個(gè)氨基酸殘基。SEQ IDNO: 28是全長(zhǎng)HisRS蛋白(ΝΡ_002100. 2)的氨基酸序列。SEQ ID NO: 30是HRS-SV9剪接變體的氨基酸序列，SEQ ID NO: 32是HRS-SVlI剪接變體的氨基酸序列。組氨酰-tRNA合成酶多肽及其變體或截短體的實(shí)例包括至少包含HisRS的WHEP結(jié)構(gòu)域(例如，人全長(zhǎng)HisRS蛋白的氨基酸殘基3-43)的HisRS片段，和至少包含HisRS的反密碼子結(jié)合結(jié)構(gòu)域(例如，全長(zhǎng)人HisRS蛋白的氨基酸殘基406-501)的HisRS片段。其它實(shí)例包括缺少功能性的氨?；Y(jié)構(gòu)域(例如，人全長(zhǎng)HisRS蛋白的氨基酸殘基54-398)的HisRS片段，或至少包含WHEP結(jié)構(gòu)域和反密碼子結(jié)合結(jié)構(gòu)域、但是缺少功能性的氨?；Y(jié)構(gòu)域的HisRS剪接變體多肽。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的HisRS多肽包含在SEQ ID NO: 28、30或32中所示的序列，或是在SEQ ID N0:28、30或32中所示的多肽的連續(xù)的或非連續(xù)的(例如，剪接變體可以是非連續(xù)的)片段。示例性地，所述片段可以具有基本上任意的長(zhǎng)度，只要它們保留至少一種感興趣的非規(guī)范生物活性。例如,如本文進(jìn)一步描述的,這樣的片段可能包含SEQ IDN0:28、30或32的至少約5、10、15、20、25、50、75或80或更多個(gè)連續(xù)的氨基酸殘基。在本發(fā)明的其它實(shí)施方案中，HisRS多肽包含在SEQ ID N0:28、30或32中所示的序列的活性變體(即，保留至少一種感興趣的非規(guī)范生物活性)。在某些實(shí)施方案中，所述活性變體是這樣的多肽所述多肽沿其長(zhǎng)度，與在SEQ ID N0:28、30或32中所示的序列具有至少70%、80%、90%、95%或99%同一性。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的HisRS多肽不是由全長(zhǎng)人HisRS蛋白的殘基1-48組成的多肽。這些和其它HisRS多肽被包括在本發(fā)明的AARS多肽內(nèi)。色氨酰-tRNA合成酶(WRS)也稱作色氨酸-tRNA連接酶，屬于I類tRNA合成酶家族。色氨酰-tRNA合成酶會(huì)催化色氨酸對(duì)tRNAtl:p的氨?；丛诘鞍缀铣芍械幕竟δ?。人WRS具有在N-端區(qū)域中的激酶結(jié)構(gòu)域和在C-端附近的絲氨酸磷酸化位點(diǎn)。通過(guò)交替的mRNA剪接，在體內(nèi)生成2種主要形式的人色氨酰-tRNA合成酶，以產(chǎn)生全長(zhǎng)蛋白(SEQ ID NO:33)和其片段，經(jīng)常命名為微-WRS(SEQ ID NO: 107) 0也包括人TI-WRS(SEQ ID NO: 108)和 T2_WRS(SEQ ID NO:34)(它們是從 IFN-γ -敏感的啟動(dòng)子生成的交替剪接變體，后者是WRS的N-端截短片段)以及N-端片段(Fl; SEQ ID NO: 106)和稱作“Tolstrup”的WRS片段(SEQ ID N0:35)。人WRS的其它剪接變體是本領(lǐng)域已知的(參見(jiàn)，例如，Liu 等人，Nucleic Acids Research, 32(2) :719-27, 2004,通過(guò)引用并入本文)。在結(jié)構(gòu)上，全長(zhǎng)WRS含有3個(gè)部分，即規(guī)范的二核苷酸結(jié)合折疊、二聚體界面和螺旋結(jié)構(gòu)域。該酶與酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)具有足夠的結(jié)構(gòu)同源性，使得所述兩種酶可以被描述為構(gòu)象異構(gòu)體。與活化的氨基酸色氨酰_5’ AMP相互作用的結(jié)構(gòu)元件與在酪氨酰-5’ AMP復(fù)合物中看到的幾乎完全相同。另外，識(shí)別吲哚的側(cè)鏈也是高度保守的，并需要含有保守天冬氨酸的“決定特異性的”螺旋的重新定向，以確保色氨酸相對(duì)于酪氨酸的選擇。羧基端(其是混亂的，因此在YRS中沒(méi)有見(jiàn)到)形成在WRS中的二聚體界面的一部分(參見(jiàn) Doublie 等人，Structure. 3:17-31，1995)。人T2-WRS的晶體結(jié)構(gòu)已經(jīng)被報(bào)道至2.5A的分辨率。該變體與嗜熱脂肪芽孢桿菌WRS(bffRS)具有22%的極低序列同源性，但是，它們的總體結(jié)構(gòu)是非常類似的。T2-WRS與 bffRS的結(jié)構(gòu)對(duì)比揭示了在底物-結(jié)合槽中和在槽入口處的大量結(jié)構(gòu)差異，所述結(jié)構(gòu)差異在底物結(jié)合和tRNA結(jié)合中起重要作用。T2-WRS具有朝向活性部位的寬開口，并采用與bWRS的封閉構(gòu)象類似的緊湊構(gòu)象。建模研究指示，tRNA與二聚酶結(jié)合，并主要經(jīng)由它的受體臂與人WRS的連接多肽I相互作用，經(jīng)由它的反密碼子環(huán)與WRS的α -螺旋結(jié)構(gòu)域相互作用。全長(zhǎng)WRS多肽(或主要剪接變體)的氨基酸序列如SEQ ID Ν0:33所示。不同的剪接變體或片段的氨基酸序列如SEQ ID Ν0:34和35所示。因此，WRS多肽的這些和其它變體或片段被包括在本發(fā)明的AARS多肽內(nèi)。谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)屬于I類tRNA合成酶家族，人蛋白是形成大分子蛋白復(fù)合物的幾種哺乳動(dòng)物氨酰-tRNA合成酶之一。QRS的真核生物特異性的N-端附屬物似乎會(huì)穩(wěn)定化多-ARS復(fù)合物中的其它組分的結(jié)合，而C-端催化結(jié)構(gòu)域是QRS與多-AARS復(fù)合物的結(jié)合所必需的。人QRS酶不同于細(xì)菌和酵母酶，這提示，人QRS的大量部分已經(jīng)進(jìn)化，以執(zhí)行除了tRNA的加載以外的功能。例如，在真核QRS(EC 6. I. I. 18)N-端區(qū)域內(nèi)的至少2個(gè)獨(dú)特的區(qū)域(部分I和部分II)在大腸桿菌中不具有副本。盡管認(rèn)為這些區(qū)域以非特異性的方式結(jié)合RNA，增強(qiáng)tRNA和酶之間的相互作用，它們不是酶功能所必需的(參見(jiàn)，例如，Wang等人，J. Biol. Chem. 274:16508-12，1999)。此外，人和小鼠細(xì)胞會(huì)表達(dá)至少一種QRS變體，所述變體含有在N-端區(qū)域的部分I中的缺失，這可能是由于交替起始密碼子或交替剪接。但是，可得到的酵母的序列數(shù)據(jù)提示，這些微生物不表達(dá)這樣的QRS變體，相反僅表達(dá)含有N-端區(qū)域的部分I和部分II的QRS多肽。QRS的分子系統(tǒng)發(fā)生研究提示，它相對(duì)最近地已經(jīng)從密切相關(guān)的酶谷氨酰胺酰-tRNA合成酶進(jìn)化。作為證據(jù)，選擇的谷氨酰-tRNA合成酶突變體顯示出增強(qiáng)的谷氨酸識(shí)別。例如，在活性部位近端的2個(gè)殘基(Phe-90和Tyr-240)的誘變會(huì)在體外提高谷氨酸識(shí)別3-5倍，并導(dǎo)致谷氨酸對(duì)tRNAgln的錯(cuò)誤?；?。QRS已經(jīng)在多種復(fù)合物中結(jié)晶，最重要的是與它的同源tRNAgln—起。該酶與tRNA的凹面產(chǎn)生廣泛接觸，并在位置34-36處與CUG反密碼子發(fā)生特異性的相互作用，在tRNA的5’末端和3’末端之間形成堿基對(duì)，剛好在氨酰受體之前。
某些QRS多肽具有抗細(xì)胞凋亡活性。例如，人QRS以谷氨酰胺依賴性的方式與Fas連接活化的細(xì)胞凋亡信號(hào)調(diào)節(jié)激酶I (ASKl)相互作用。該相互作用涉及2種酶的催化結(jié)構(gòu)域，且被Fas配體分離。該相互作用也抑制ASKl活性(通過(guò)體外激酶和轉(zhuǎn)錄試驗(yàn)測(cè)得)和由ASKl誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡(被谷氨酰胺剝奪弱化的作用)。因此，谷氨酰胺的細(xì)胞濃度會(huì)增強(qiáng)QRS與ASKl的抗細(xì)胞凋亡相互作用，F(xiàn)as連接會(huì)減少該相互作用。認(rèn)為該抗細(xì)胞凋亡活性位于人QRS的C-端539個(gè)氨基酸中。全長(zhǎng)QRS多肽的氨基酸序列顯示在SEQ ID NO: 25中。QRS變體、截短體或片段的某些具體實(shí)例包括這樣的QRS多肽其包含SEQ ID NO: 25的氨基酸1-183 (QRS1或Ql)、1-220(QRS2 或 Q2)、1-249(QRS3 或 Q3)、1-200(QRS4 或 Q4)、I-(181-293)，例如，1-180、1-181、1-182、1-183、1-184、1-185、1-186、1-187、1-188、1-189、1-190、1-191、1-192、1-193、1-194、1-195、1-196、1-197、1-198、1-199、1-200 等，或基本上由它們組成(參見(jiàn)表 2)。也包括SEQ IDN0:36-103和109-115的肽。因此，QRS多肽的這些和其它變體被包括在本發(fā)明的AARS多肽內(nèi)。甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)是屬于tRNA合成酶的II類家族的α 2 二聚體(參見(jiàn)，例如，美國(guó)申請(qǐng)?zhí)?2/492，925，通過(guò)引用并入本文)。該基因的大約2462個(gè)堿基對(duì)的cDNA含有編碼685個(gè)氨基酸(其具有預(yù)測(cè)的分子量=77，507Da)的大開放讀碼框(ORF)。人GlyRS的蛋白序列與B. mori GlyRS具有大約60%同一性，與釀酒酵母GlyRS具有45%同一性，且含有II類tRNA合成酶特有的基序2和3。全長(zhǎng)GlyRS多肽的氨基酸序列顯示在SEQ ID N0:16中。SEQ ID N0:18_24代表在測(cè)定GlyRS片段邊界中分析的示例性的肽序列。GlyRS蛋白水解片段的某些實(shí)例包括這樣的多肽所述多肽包含SEQ ID NO: 16的氨基酸殘基 57-685、214-685、239-685、311-685、439-685、511-658、214-438、367-438、214-420、214-338、85-127、1-213、1-61、85-214、333-685、128-685、265-685、483-685 或25-56(包括它們的基本上保留至少一種感興趣的非規(guī)范生物活性的生物活性的截短體或變體，例如，與所述片段具有約80%、85%、90%、95%、98%序列同一性的變體)，或基本上由它們組成，或由它們組成。在某些具體實(shí)施方案中，所述GlyRS多肽不是在NCBI#CR594947、U09587和/或U09510中的任一個(gè)中所述的多肽。因此，GlyRS多肽的這些和其它變體被包括在本發(fā)明的AARS多肽內(nèi)。具有非規(guī)范活性的AARS多肽的其它實(shí)例包括苯丙氨酰-tRNA合成酶(PheRS)剪接變體多肽(PheRS_SVlP) (SEQ ID NO: 104)，其在C-端末端中具有不同于全長(zhǎng)人PheRS蛋白序列(包括那些PheRS多肽的變體和片段)的獨(dú)特氨基酸序列；和天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)多肽(SEQ ID NO: 105)，包括它們的基本上由SEQ ID NO: 105的氨基酸殘基1-154、1-174,1-31,399-425,413-476 或 397-425 組成的片段。本發(fā)明的實(shí)施方案預(yù)見(jiàn)到，包含AARS多肽(包括它們的截短片段、剪接變體、蛋白水解片段和變體和/或修飾的多肽)的組合物用于調(diào)節(jié)受試者的炎癥的用途。包括這樣的AARS多肽其減少免疫細(xì)胞(諸如粒細(xì)胞)向肺的遷移，使免疫細(xì)胞(諸如粒細(xì)胞)對(duì)給定的抗原或刺激物脫敏，或二者，并具有本文所述的和本領(lǐng)域已知的其它炎癥性調(diào)節(jié)活性。本申請(qǐng)包括的變體蛋白是生物學(xué)上有活性的，也就是說(shuō)，它們繼續(xù)具有參照AARS多肽序列(例如，SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30 和 32-108、109-115 等)的炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性。這樣的變體可能源自，例如，遺傳多態(tài)性或人工操作。 參照AARS多肽片段的生物活性的變體與參照蛋白的氨基酸序列具有至少40%、50%、60%、70%、一般至少75%、80%、85%、經(jīng)常約90%_95%或更多、典型地約98%或更多的序列相似性或同一性，這通過(guò)本文別處所述的序列比對(duì)程序使用默認(rèn)參數(shù)測(cè)得。參照AARS多肽的生物活性的變體通?？赡芘c該蛋白相差多達(dá)200、100、50或20個(gè)氨基酸殘基，或適當(dāng)?shù)叵嗖钌僦?-15個(gè)氨基酸殘基、少至1-10個(gè)(諸如6-10個(gè))、少至5個(gè)、少至4、3、2或甚至I個(gè)氨基酸殘基。在有些實(shí)施方案中，AARS多肽與在SEQ ID NO: 1、2、3、6、8、10、12、14、16、
25、28、30、32-108或109-115中的參照序列相差至少I個(gè)、但是小于15、10或5個(gè)氨基酸殘基。在其它實(shí)施方案中，它與在 SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108 或109-115中的參照序列相差至少I個(gè)殘基，但是小于20%、15%、10%或5%的殘基?？梢砸圆煌姆椒ǜ淖傾ARS多肽，所述方法包括氨基酸置換、缺失、截短和插入。這樣的操作方法通常是本領(lǐng)域已知的。例如，通過(guò)DNA中的突變，可以制備截短的和/或變體AARS多肽的氨基酸序列變體。用于誘變和核苷酸序列改變的方法是本領(lǐng)域眾所周知的。參見(jiàn)，例如，Kunkel (1985，Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 82:488-492)、Kunkel等人(1987，Methods in EnzymoI, 154:367-382)、美國(guó)專利號(hào) 4,873，192、Watson, J.D.等人(“Molecular Biology ofthe Gene”，第 4 版,Benjamin/Cummings, MenloPark, Calif. , 1987)和其中引用的參考文獻(xiàn)。關(guān)于不會(huì)影響目標(biāo)蛋白的生物活性的適當(dāng)氨基酸置換的指南，可以參見(jiàn)Dayhoff等人(1978) Atlas of Protein Sequence andStructure (Natl. Biomed. Res. Found. , Washington, D. C.)的模型。用于篩選通過(guò)點(diǎn)突變或截短產(chǎn)生的組合文庫(kù)的基因產(chǎn)物的方法，和用于篩選具有選定性能的基因產(chǎn)物的cDNA文庫(kù)的方法，是本領(lǐng)域已知的。這樣的方法適用于快速篩選通過(guò)AARS多肽的組合誘變產(chǎn)生的基因文庫(kù)。遞歸系統(tǒng)誘變(REM，一種增強(qiáng)文庫(kù)中的功能突變體的頻率的技術(shù))可以與篩選試驗(yàn)聯(lián)合使用，以鑒別 AARS 多肽變體(Arkin 和 Yourvan (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA89:7811_7815;Delgrave 等人(1993)Protein Engineering, 6:327-331)。如在下面更詳細(xì)地討論的，保守置換(諸如將一個(gè)氨基酸替換為另一個(gè)具有類似性質(zhì)的氨基酸)可能是合乎需要的。與參照AARS 氨基酸序列(例如，SEQ ID NO: 1、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108和109-115)相比，生物活性的截短的和/或變體AARS多肽可能沿著它們的序列含
有在不同位置處的保守氨基酸置換?！氨Ｊ匕被嶂脫Q”是這樣的置換其中一個(gè)氨基酸殘基被替換為具有類似側(cè)鏈的氨基酸殘基。在本領(lǐng)域中已經(jīng)確定了具有類似側(cè)鏈的氨基酸殘基的家族，它們通常如下細(xì)分類酸性的由于在生理pH時(shí)丟失H離子，其殘基具有負(fù)電荷，該殘基被水溶液吸引，因而當(dāng)含有它的肽在生理PH的水性介質(zhì)中時(shí)，該殘基在該肽的構(gòu)象中力圖處于表面位置。具有酸性側(cè)鏈的氨基酸包括谷氨酸和門冬氨酸。堿性的由于在生理pH時(shí)或在生理pH上下I或2個(gè)pH單位內(nèi)(如組氨酸)與H離子結(jié)合，其殘基具有正電荷，該殘基被水溶液吸引，因此當(dāng)含有它的肽在生理pH的水性介質(zhì)中時(shí)，該殘基在該肽的構(gòu)象中力圖力圖處于表面位置。具有堿性側(cè)鏈的氨基酸包括精氨酸、賴氨酸和組氨酸。帶電荷的殘基在生理pH時(shí)帶電荷，因此包括具有酸性或堿性側(cè)鏈的氨基酸(即，谷氨酸、門冬氨酸、精氨酸、賴氨酸和組氨酸)。疏水的殘基在生理pH時(shí)不帶電荷，因此殘基被水溶液排斥，當(dāng)含有它的肽在水性介質(zhì)中時(shí)，該殘基在該肽的構(gòu)象中力圖處于內(nèi)部位置。具有疏水側(cè)鏈的氨基酸包括酪氨酸、纈氨酸、異亮氨酸、亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸和色氨酸。中性的/極性的殘基在生理pH時(shí)不帶電荷，但是殘基不被水溶液充分排斥，因此當(dāng)含有它的肽在水性介質(zhì)中時(shí)，該殘基在該肽的構(gòu)象中力圖處于內(nèi)部位置。具有中性/極性側(cè)鏈的氨基酸包括天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、組氨酸、絲氨酸和蘇氨酸。本說(shuō)明書還將某些氨基酸表征為“小的”氨基酸，因?yàn)樗鼈兊膫?cè)鏈并不大得足以賦予疏水性，即便是沒(méi)有極性基團(tuán)。除了脯氨酸外，“小的”氨基酸是當(dāng)至少一個(gè)極性基團(tuán)在 側(cè)鏈上時(shí)具有四個(gè)或更少碳的那些氨基酸，以及當(dāng)在側(cè)鏈上沒(méi)有極性基團(tuán)時(shí)具有三個(gè)或更少碳的那些氨基酸。具有小側(cè)鏈的氨基酸包括甘氨酸、絲氨酸、丙氨酸和蘇氨酸?；蚓幋a的次級(jí)氨基酸脯氨酸是一個(gè)特殊的情況，因?yàn)橐阎鋵?duì)肽鏈的二級(jí)構(gòu)象的影響。脯氨酸的結(jié)構(gòu)與所有其它天然存在的氨基酸的差別在于，它的側(cè)鏈鍵合α-氨基的氮以及α-碳。然而，一些氨基酸相似性矩陣是本領(lǐng)域已知的(參見(jiàn)例如，在例如DayhofT等人，1978，Amodel of evolutionary change in proteins 中公開的 PAM120 矩陣和 PAM250 矩陣)。但是，在 Μ· O. Dayhoff,(編)，Atlas of protein sequence and structure,第 5 卷，第345-358 頁(yè)，National Biomedical Research Foundation, Washington DC;和 Gonnet 等人(Science, 256:14430-1445, 1992)中的用于測(cè)定距離關(guān)系的矩陣包括在與甘氨酸、絲氨酸、丙氨酸和蘇氨酸相同組中的脯氨酸。因此，為了本發(fā)明的目的，將脯氨酸分類為“小的”氨基酸。分類為極性或非極性所需的吸引或排斥程度是任意的，因此本發(fā)明具體預(yù)見(jiàn)到的氨基酸已被分類為一類或另一類。大多數(shù)沒(méi)有具體提到的氨基酸可基于已知的行為進(jìn)行分類。氨基酸殘基可進(jìn)一步細(xì)分為環(huán)狀或非環(huán)狀、以及芳族或非芳族(這顯然是根據(jù)殘基的側(cè)鏈取代基所作的分類)以及小的或大的。如果殘基含有總共4個(gè)或更少碳原子(包括羧基碳)且存在額外的極性取代基，或含有總共3個(gè)或更少碳原子且沒(méi)有額外的極性取代基，則認(rèn)為該殘基是小的殘基。當(dāng)然，小的殘基總是非芳族的。根據(jù)它們的結(jié)構(gòu)性質(zhì)，氨基酸殘基可分為兩類或更多類。對(duì)于天然存在的蛋白質(zhì)氨基酸，在下表A中顯示了根據(jù)該方案的亞分類。表A氨基酸亞分類
權(quán)利要求
1.一種用于調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答的組合物，所述組合物包含分離的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽或其生物活性片段、剪接變體或變體和藥學(xué)上可接受的載體，其中所述多肽調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答。
2.根據(jù)權(quán)利要求I所述的組合物，其中所述AARS多肽是酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)、色氨酰-tRNA合成酶(WRS)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)、甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)、組氨酰-tRNA合成酶(HisRS)、絲氨酰-tRNA合成酶(SRS)、苯丙氨酰-tRNA合成酶(PheRS)、丙氨酰-tRNA合成酶(AlaRS)、天冬酰胺酰-tRNA合成酶(AsnRS)、天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CysRS)、谷氨酰-tRNA合成酶(ERS)、脯氨酰-tRNA合成酶(ProRS)、精氨酰-tRNA合成酶(RRS)、異亮氨酰-tRNA合成酶(IRS)、亮氨酰-tRNA合成酶(LRS)、賴氨酰-tRNA合成酶(KRS)、蘇氨酰-tRNA合成酶(TRS)、甲硫氨酰-tRNA合成酶(MRS)或纈氨酰-tRNA合成酶(VRS)。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的組合物，其包含所述AARS多肽的蛋白水解片段。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的組合物，其中通過(guò)在體外用蛋白酶溫育所述多肽，衍生出所述蛋白水解片段的序列。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的組合物，其中通過(guò)在細(xì)胞中重組表達(dá)所述AARS多肽，衍生出所述蛋白水解片段的序列，其中所述細(xì)胞包含一種或多種重組的或內(nèi)源的蛋白酶。
6.根據(jù)權(quán)利要求3所述的組合物，其中所述蛋白水解片段包含內(nèi)源的、天然存在的AARS蛋白水解片段的序列。
7.根據(jù)權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是YRS多肽。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽在其C-端被截短。
9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約1-50個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
10.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約50-100個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
11.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約100-150個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
12.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8或10的氨基酸序列，其中至少約150-200個(gè)殘基從其C-端被截掉。
13.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8或10的氨基酸序列，其中至少約200-250個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
14.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽在其N-端被截短。
15.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約1-50個(gè)氨基酸殘基從其N-端被截掉。
16.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約50-100個(gè)氨基酸殘基從其N-端被截掉。
17.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約100-150個(gè)氨基酸殘基從其N-端被截掉。
18.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8或10的氨基酸序列，其中至少約150-200個(gè)殘基從其N-端被截掉。
19.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8或10的氨基酸序列，其中至少約200-250個(gè)氨基酸殘基從其N-端被截掉。
20.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含與SEQID NO: 2所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列，其中在位置341處的丙氨酸沒(méi)有被酪氨酸置換。
21.根據(jù)權(quán)利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含與SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
22.根據(jù)權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是GlyRS多肽。
23.根據(jù)權(quán)利要求22所述的組合物，其中所述GlyRS多肽是SEQID NO: 16所示的全長(zhǎng)人甘氨酰-tRNA合成酶序列的片段。
24.根據(jù)權(quán)利要求23所述的組合物，其中所述片段包含SEQID NO:16的氨基酸殘基367-438或其活性變體。
25.根據(jù)權(quán)利要求22所述的組合物，其中所述GlyRS多肽包含與SEQID NO: 16所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
26.根據(jù)權(quán)利要求22所述的組合物，其中所述GlyRS多肽包含SEQID NO: 16的氨基酸殘基 57-685、214-685、239-685、311-685、439-685、511-658、214-438、367-438、214-420、214-338、85-127、1-213、1-61、85-214、333-685、128-685、265-685、483-685 或 25-56 或其活性片段。
27.根據(jù)權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是QRS多肽。
28.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含與SEQID NO: 25所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
29.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽在其C-端被截短。
30.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約1-50個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
31.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO:25的氨基酸序列，其中至少約50-100個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
32.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約100-150個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
33.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約150-200個(gè)殘基從其C-端被截掉。
34.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約200-250個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
35.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約250-350個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
36.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約350-450個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
37.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約450-500個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
38.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約500-550個(gè)氨基酸殘基從其C-端被截掉。
39.根據(jù)權(quán)利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸殘基 1-183、1-220、1-249 或 1-200，或 SEQ ID N0:36_103 或 109-115 中的任意一個(gè)或多個(gè)。
40.根據(jù)權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是HisRS多肽。
41.根據(jù)權(quán)利要求40所述的組合物，其包含HisRS剪接變體多肽。
42.根據(jù)權(quán)利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽至少包含HisRS的WHEP結(jié)構(gòu)域。
43.根據(jù)權(quán)利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽至少包含HisRS的反密碼子結(jié)合結(jié)構(gòu)域。
44.根據(jù)權(quán)利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽缺少功能性的氨?；Y(jié)構(gòu)域。
45.根據(jù)權(quán)利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽至少包含HisRS的WHEP結(jié)構(gòu)域和HisRS的反密碼子結(jié)合結(jié)構(gòu)域，但是缺少功能性的氨酰化結(jié)構(gòu)域。
46.根據(jù)權(quán)利要求40所述的組合物，其中所述HisRS多肽包含SEQID N0:28、30或32所示的序列。
47.根據(jù)權(quán)利要求40所述的組合物，其中所述HisRS多肽包含與SEQID N0:28、30或32所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
48.根據(jù)權(quán)利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽包含SEQID N0:28、30或32所示的序列的至少20個(gè)連續(xù)的氨基酸殘基。
49.根據(jù)權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是WRS多肽。
50.根據(jù)權(quán)利要求49所述的組合物，其中所述WRS多肽包含與SEQID NO: 33-35中任意一個(gè)或多個(gè)所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
51.根據(jù)權(quán)利要求49所述的組合物，其中所述WRS多肽包含SEQID NO:33_35中任意一個(gè)或多個(gè)的生物活性片段。
52.根據(jù)權(quán)利要求I所述的組合物，其中所述AARS多肽是天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)。
53.根據(jù)權(quán)利要求52所述的組合物，其中所述AspRS多肽包含與SEQID NO: 105所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
54.根據(jù)權(quán)利要求52所述的組合物，其基本上由SEQID NO: 105的氨基酸1-154組成。
55.一種用于調(diào)節(jié)受試者的炎癥應(yīng)答的藥物組合物，所述藥物組合物包含權(quán)利要求1-54中任一項(xiàng)所述的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽和藥學(xué)上可接受的載體。
56.—種調(diào)節(jié)炎癥應(yīng)答的方法，所述方法包括使細(xì)胞接觸有效濃度的具有炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)活性的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽，從而調(diào)節(jié)所述炎癥應(yīng)答。
57.根據(jù)權(quán)利要求56所述的方法，其中所述細(xì)胞是免疫細(xì)胞或血管細(xì)胞。
58.根據(jù)權(quán)利要求57所述的方法，其中所述免疫細(xì)胞是粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞、樹突細(xì)胞或肥大細(xì)胞。
59.根據(jù)權(quán)利要求58所述的方法，其中所述粒細(xì)胞是嗜中性粒細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞或嗜堿性粒細(xì)胞。
60.根據(jù)權(quán)利要求58所述的方法，其中所述淋巴細(xì)胞是B-細(xì)胞、T-細(xì)胞、天然殺傷細(xì)胞。
61.根據(jù)權(quán)利要求57所述的方法，其中所述血管細(xì)胞是平滑肌細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞或成纖維細(xì)胞。
62.根據(jù)權(quán)利要求56所述的方法，其包括在體外或離體地使所述細(xì)胞接觸。
63.根據(jù)權(quán)利要求62所述的方法，其另外包括給受試者施用所述細(xì)胞。
64.根據(jù)權(quán)利要求56所述的方法，其包括通過(guò)給受試者直接地施用所述AARS多肽，使所述受試者中的細(xì)胞接觸。
65.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括減少急性炎癥應(yīng)答、減少慢性炎癥應(yīng)答或二者。
66.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括增加急性炎癥應(yīng)答、增加慢性炎癥應(yīng)答或二者。
67.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括調(diào)節(jié)一種或多種免疫細(xì)胞或血管細(xì)胞的活化、炎癥分子分泌、增殖、活性、遷移或附著。
68.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括調(diào)節(jié)一種或多種炎癥分子的水平或活性。
69.根據(jù)權(quán)利要求68所述的方法，其中所述一種或多種炎癥分子包括補(bǔ)體系統(tǒng)、激肽系統(tǒng)、凝固系統(tǒng)或纖維蛋白溶解系統(tǒng)中任意一種或多種的血漿衍生的炎癥分子。
70.根據(jù)權(quán)利要求68所述的方法，其中所述一種或多種炎癥分子包括溶酶體顆粒、血管活性胺、類花生酸、細(xì)胞因子、急性期蛋白或一氧化氮中任意一個(gè)或多個(gè)的細(xì)胞衍生的炎癥分子。
71.根據(jù)權(quán)利要求70所述的方法，其中一種或多種細(xì)胞因子選自在表J和K中的細(xì)胞因子。
72.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其包括調(diào)節(jié)TNF-a、IL_2、MIP-I β、IL-12 (p40)、KC、MIP-2或IL-IO中任意一種或多種的水平或活性。
73.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括，調(diào)節(jié)與選自下述的一種或多種組織、組織系統(tǒng)或器官有關(guān)的炎癥應(yīng)答或炎性病癥皮膚、毛囊、神經(jīng)系統(tǒng)、聽(tīng)覺(jué)系統(tǒng)或平衡器官、呼吸系統(tǒng)、胃食管組織、胃腸道系統(tǒng)、血管系統(tǒng)、肝、膽囊、淋巴/免疫系統(tǒng)、泌尿生殖系統(tǒng)、肌肉骨骼系統(tǒng)、脂肪組織、乳房和內(nèi)分泌系統(tǒng)。
74.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括，治療選自下述的超敏反應(yīng)I型超敏反應(yīng)、II型超敏反應(yīng)、III型超敏反應(yīng)、IV型超敏反應(yīng)、立即超敏反應(yīng)、抗體介導(dǎo)的超敏反應(yīng)、免疫復(fù)合物介導(dǎo)的超敏反應(yīng)、T-淋巴細(xì)胞介導(dǎo)的超敏反應(yīng)和遲發(fā)型超敏反應(yīng)。
75.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括，治療選自下述的自身炎性病癥家族性地中海熱、TNF受體有關(guān)的周期性綜合征(TRAPS)、超-IgD綜合征(HIDS)、CIASl有關(guān)的疾病諸如穆-韋二氏綜合征、家族性寒冷自身炎癥性綜合征和新生兒發(fā)作的多系統(tǒng)炎性疾病、PAPA綜合征(化膿性無(wú)菌關(guān)節(jié)炎、壞疽性膿皮病、痤瘡)和Blau綜合征。
76.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括，治療與選自下述的癌癥有關(guān)的炎癥前列腺癌、乳腺癌、結(jié)腸癌、直腸癌、肺癌、卵巢癌、睪丸癌、胃癌、膀胱癌、胰腺癌、肝癌、腎癌、腦癌、黑素瘤、非黑素瘤皮膚癌、骨癌、淋巴瘤、白血病、甲狀腺癌、子宮內(nèi)膜癌、多發(fā)性骨髓瘤、急性髓樣白血病、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤和非霍奇金淋巴瘤。
77.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括治療與全身性炎癥反應(yīng)綜合征(SIRS)有關(guān)的炎癥。
78.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括治療與細(xì)胞因子暴發(fā)有關(guān)的炎癥。
79.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括，治療與下述的任意一種或多種有關(guān)的炎癥肉芽腫性炎癥、纖維蛋白性炎癥、化膿性炎癥、漿液性炎癥或潰瘍性炎癥。
80.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括治療與一種或多種傷口有關(guān)的炎癥。
81.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括治療與慢性阻塞性肺病(COPD)有關(guān)的炎癥。
82.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其包括增加所述炎癥應(yīng)答，以治療原發(fā)性或繼發(fā)性免疫缺陷。
83.根據(jù)權(quán)利要求82所述的方法，其中所述原發(fā)性免疫缺陷是混合的T-細(xì)胞和B-細(xì)胞免疫缺陷、抗體缺乏、定義明確的綜合征、免疫調(diào)節(jié)異常疾病、吞噬細(xì)胞障礙、先天性免疫障礙或補(bǔ)體缺乏。
84.根據(jù)權(quán)利要求73所述的方法，其中所述炎性病癥與類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、糖尿病或心血管疾病有關(guān)。
85.根據(jù)權(quán)利要求63或64所述的方法，其包括調(diào)節(jié)與一種或多種免疫細(xì)胞或血管細(xì)胞的活性有關(guān)的炎性病癥。
86.根據(jù)權(quán)利要求85所述的方法，其中所述免疫細(xì)胞是粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞、樹突細(xì)胞或肥大細(xì)胞。
87.根據(jù)權(quán)利要求86所述的方法，其中所述粒細(xì)胞是嗜中性粒細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞或嗜堿性粒細(xì)胞。
88.根據(jù)權(quán)利要求86所述的方法，其中所述淋巴細(xì)胞是B-細(xì)胞、T-細(xì)胞、天然殺傷細(xì)胞。
89.根據(jù)權(quán)利要求86所述的方法，其中所述血管細(xì)胞是平滑肌細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞或成纖維細(xì)胞。
90.根據(jù)權(quán)利要求85所述的方法，其中所述炎性病癥是嗜中性粒細(xì)胞介導(dǎo)的病癥、巨噬細(xì)胞介導(dǎo)的病癥或淋巴細(xì)胞介導(dǎo)的病癥。
91.一種具有非規(guī)范生物活性的分離的谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)多肽或其活性變體。
92.根據(jù)權(quán)利要求91所述的分離的QRS多肽，其中所述非規(guī)范生物活性選自調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖、調(diào)節(jié)細(xì)胞凋亡、調(diào)節(jié)Akt介導(dǎo)的細(xì)胞信號(hào)傳遞、調(diào)節(jié)細(xì)胞代謝和調(diào)節(jié)細(xì)胞因子產(chǎn)生。
93.根據(jù)權(quán)利要求91所述的分離的QRS多肽，其中所述活性變體沿其長(zhǎng)度與SEQIDN0:25、36-103或109-115中的任一個(gè)具有至少90%同一性。
94.根據(jù)權(quán)利要求91所述的分離的QRS多肽，其中所述活性變體沿其長(zhǎng)度與SEQIDNO:25的氨基酸殘基1-183、1-220、1-249或1-200具有至少90%同一性。
95.根據(jù)權(quán)利要求91所述的分離的QRS多肽，其中所述多肽是SEQIDNO: 25的片段。
96.根據(jù)權(quán)利要求95所述的分離的QRS多肽，其中所述片段是蛋白水解片段。
97.根據(jù)權(quán)利要求96所述的分離的QRS多肽，其中通過(guò)在體外用蛋白酶溫育所述QRS多肽，衍生出所述蛋白水解片段的序列。
98.根據(jù)權(quán)利要求96所述的分離的QRS多肽，其中通過(guò)在細(xì)胞中重組表達(dá)所述QRS多肽，衍生出所述蛋白水解片段的序列，其中所述細(xì)胞包含一種或多種重組的或內(nèi)源的蛋白酶。
99.根據(jù)權(quán)利要求96所述的分離的QRS多肽，其中所述蛋白水解片段包含內(nèi)源的、天然存在的人或小鼠QRS蛋白水解片段的序列。
100.根據(jù)權(quán)利要求98所述的分離的QRS多肽，其包含SEQID NO:25的氨基酸殘基1-183、1-220、1-249或1-200或其活性片段或變體。
101.根據(jù)權(quán)利要求98所述的分離的QRS多肽，其基本上由SEQID NO:25的氨基酸殘基1-183、1-220、1-249或1-200或其活性片段或變體組成。
102.根據(jù)權(quán)利要求9所述的分離的QRS多肽，其包含SEQID NO: 36-103或109-115中的任一個(gè)。
103.根據(jù)權(quán)利要求9所述的分離的QRS多肽，其基本上由SEQID N0:36_103或109-115中的任一個(gè)組成。
104.一種融合多肽，其包含權(quán)利要求91-103中任一項(xiàng)所述的多肽和異源融合伴侶。
105.—種分離的多核苷酸,其編碼權(quán)利要求91-104中任一項(xiàng)所述的多肽。
106.—種表達(dá)載體,其包含權(quán)利要求105所述的分離的多核苷酸。
107.一種宿主細(xì)胞，其包含權(quán)利要求106所述的表達(dá)載體。
108.—種二聚的或多聚的復(fù)合物，其包含至少一種權(quán)利要求91所述的分離的谷氨酰胺酰-tRNA合成酶多肽。
109.—種組合物，其包含生理上可接受的載體和至少一種選自下述的組分 (i)權(quán)利要求91所述的分離的多肽； (ii)權(quán)利要求104所述的融合蛋白； (iii)權(quán)利要求105所述的分離的多核苷酸； (iv)權(quán)利要求106所述的表達(dá)載體；和 (V)權(quán)利要求108所述的二聚的或多聚的復(fù)合物。
110.一種用于調(diào)節(jié)細(xì)胞活性的方法，所述方法包括使細(xì)胞或組織接觸權(quán)利要求109所述的組合物。
111.根據(jù)權(quán)利要求110所述的方法，其中所述細(xì)胞活性選自細(xì)胞遷移、細(xì)胞增殖、血管生成、細(xì)胞凋亡、Akt介導(dǎo)的細(xì)胞信號(hào)傳遞、細(xì)胞代謝和細(xì)胞因子產(chǎn)生。
112.根據(jù)權(quán)利要求110所述的方法，其中所述細(xì)胞活性是TNF-α活性或分泌。
113.根據(jù)權(quán)利要求110所述的方法，其中所述細(xì)胞活性是IL-12活性或分泌。
114.一種用于治療病癥的方法，所述方法包括給有此需要的受試者施用權(quán)利要求109所述的組合物，其中所述病癥選自炎性疾病、自身免疫病、腫瘤病、代謝疾病、神經(jīng)學(xué)疾病、感染、心血管疾病和與異常的血管生成有關(guān)的疾病。
全文摘要
本發(fā)明提供了調(diào)節(jié)炎性和其它細(xì)胞應(yīng)答的組合物，所述組合物包含氨酰-tRNA合成酶多肽，包括所述多肽的活性片段和/或變體。也提供了使用這種組合物治療病癥的方法，所述病癥會(huì)受益于炎癥的調(diào)節(jié)，諸如炎性疾病或病癥。
文檔編號(hào)A61P29/00GK102821784SQ201080061989
公開日2012年12月12日 申請(qǐng)日期2010年12月10日 優(yōu)先權(quán)日2009年12月11日
發(fā)明者杰弗里·迪安·沃特金斯, 阿蘭·P·瓦瑟洛特, 萊斯利·安·格林尼, 賴安·安德魯·亞當(dāng)斯, 凱爾·P·基昂格, 張偉, 克瑞斯迪·海倫·佩耶爾, 洪非, 阿里納·何 申請(qǐng)人:Atyr醫(yī)藥公司