本發(fā)明總體上涉及核酸化學(xué)和寡核苷酸的化學(xué)合成。更特別地，本發(fā)明涉及用于合成寡核苷酸的單體和方法，這些寡核苷酸包含至少一個(gè)包含3’-羥基基團(tuán)的核苷。

背景技術(shù)：

1、經(jīng)修飾的寡核苷酸在分子生物學(xué)研究和治療應(yīng)用中具有重要價(jià)值。雖然經(jīng)修飾的寡核苷酸的化學(xué)合成是常規(guī)的，但許多經(jīng)修飾的寡核苷酸的容易性和產(chǎn)率低。例如，常用的保護(hù)基團(tuán)對(duì)于為化學(xué)合成的寡核苷酸脫保護(hù)所采用的條件是不穩(wěn)定的。這在制備包含至少一個(gè)包含3’-羥基基團(tuán)的核苷的寡核苷酸時(shí)尤其成問(wèn)題。因此，本領(lǐng)域仍然需要用于制備此類(lèi)寡核苷酸的單體和方法。本披露至少部分地解決了這種需要。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本披露提供了用于制備具有提高的產(chǎn)率和更低雜質(zhì)的寡核苷酸的單體和方法，其中寡核苷酸具有至少一個(gè)(例如兩個(gè)、三個(gè)、四個(gè)或更多)具有3’-羥基基團(tuán)的核苷。通常，該方法包括將核苷或寡核苷酸上的游離羥基基團(tuán)與具有三異丙基甲硅烷基醚(tips)保護(hù)的3’-羥基基團(tuán)的核苷亞磷酰胺單體偶聯(lián)。偶聯(lián)形成亞磷酸三酯中間體，該中間體可被氧化或硫化以形成磷酸三酯或硫代磷酸酯中間體。

2、可以通過(guò)該方法制備具有預(yù)定長(zhǎng)度和序列的寡核苷酸。例如，可以使用本文所述的方法和單體制備包含從約6至約50個(gè)核苷酸的寡核苷酸。在一些實(shí)施例中，該寡核苷酸包含從約10至約30個(gè)核苷酸。

3、在另一方面，本披露提供了單體，例如具有三異丙基甲硅烷基醚保護(hù)的3’-羥基基團(tuán)的核苷亞磷酰胺單體。通常，該單體具有式(i)：

4、

5、在式(i)中，b是經(jīng)修飾的或未經(jīng)修飾的核堿基；r1為酸不穩(wěn)定的羥基保護(hù)基團(tuán)；r2是-si(r4)3；r3是-p(nr5r6)or7；每個(gè)r4獨(dú)立地為任選地被取代的烷基、芳基、芳烷基、烷芳基、環(huán)烷基、烯基、環(huán)烯基、炔基或環(huán)炔基；r5和r6獨(dú)立地為任選地被取代的烷基、芳基、芳烷基、烷芳基、環(huán)烷基、烯基、環(huán)烯基、炔基或環(huán)炔基，或其中將r5和r6連接以形成雜環(huán)基；并且r7為任選地被取代的烷基、芳基、芳烷基、烷芳基、環(huán)烷基、烯基、環(huán)烯基、炔基或環(huán)炔基。

6、在一些具有式(i)的單體中，b是腺嘌呤、鳥(niǎo)嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶；r1是二甲氧基三苯甲基；r4、r5和r6是異丙基；并且r7是β-氰乙基。

技術(shù)特征：

1.一種具有式(i)結(jié)構(gòu)的核苷單體：

2.如權(quán)利要求1所述的核苷單體，其中該羥基保護(hù)基團(tuán)選自由以下組成的組：4,4’-二甲氧基三苯甲基(dmt)、單甲氧基三苯甲基(mmt)、9-芴基甲基碳酸酯(fmoc)、鄰硝基苯基羰基、對(duì)苯基偶氮苯基羰基、苯基羰基、對(duì)氯苯基羰基和5′-(α-甲基-2-硝基胡椒基)氧基羰基(menpoc)。

3.如權(quán)利要求1所述的核苷單體，其中每個(gè)r4獨(dú)立地是任選地被取代的c1-c6烷基。

4.如權(quán)利要求1所述的核苷單體，其中每個(gè)r4是異丙基。

5.如權(quán)利要求1所述的核苷單體，其中r5和r6獨(dú)立地是任選地被取代的c1-c6烷基。

6.如權(quán)利要求1所述的核苷單體，其中r5和r6是異丙基。

7.如權(quán)利要求1所述的核苷單體，其中r7是任選地被取代的c1-c6烷基。

8.如權(quán)利要求1所述的核苷單體，其中r7是甲基或β-氰乙基。

9.如權(quán)利要求1所述的核苷單體，其中b是腺嘌呤、鳥(niǎo)嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶或尿嘧啶；r1是單甲氧基三苯甲基或二甲氧基三苯甲基；r4獨(dú)立地是任選地被取代的c1-c6烷基；r5和r6獨(dú)立地是任選地被取代的c1-c6烷基或r5和r5連接以形成4-8元雜環(huán)基；并且r7是任選地被取代的c1-c6烷基。

10.如權(quán)利要求9所述的核苷單體，其中b是腺嘌呤、鳥(niǎo)嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶；r1是二甲氧基三苯甲基；r4、r5和r6是異丙基；并且r7是β-氰乙基。

技術(shù)總結(jié)
本披露涉及用于合成寡核苷酸的單體和方法，這些寡核苷酸包含至少一個(gè)包含3'?羥基基團(tuán)的核苷。

技術(shù)研發(fā)人員：J·K·奈爾,J·C·薩利納斯,J·F·布里奧尼斯,M·K·施萊格爾,松田茂夫,A·V·凱爾因,張立剛,M·A·邁爾
受保護(hù)的技術(shù)使用者：阿爾尼拉姆醫(yī)藥品有限公司
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/10/21