本發(fā)明屬于基因工程領(lǐng)域，具體涉及一種水稻耐鹽堿qtl?alt5的分子標(biāo)記方法。

背景技術(shù)：

1、土壤鹽堿化是最嚴(yán)重的非生物脅迫之一，被認(rèn)為是影響全球農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)和糧食安全的重要環(huán)境限制因素。它對(duì)作物有許多負(fù)面影響，包括滲透壓、高ph脅迫、離子平衡破壞、營養(yǎng)吸收有限以及抑制植物生長、發(fā)育和產(chǎn)量。據(jù)聯(lián)合國糧農(nóng)組織(fao)統(tǒng)計(jì)，目前全球鹽堿地總面積超過10億公頃。預(yù)計(jì)到2050年，由于降雨量少、地表蒸發(fā)量大、灌溉不合理、農(nóng)耕方式不良、化肥過量使用等類似原因，50％以上的耕地將鹽漬化。中國是世界第三大鹽堿土國，鹽堿地總面積為9.91×107公頃，主要分布在西北、華北、東北和沿海地區(qū)。中國東北松嫩平原是世界上最大的堿堿土壤分布區(qū)，鹽類的主要成分是碳酸鹽。該地區(qū)土壤ph值在8.5以上，高堿性土壤ph值達(dá)到9.0～10.5。該地區(qū)的一個(gè)主要問題是由大量碳酸鈉(na2co3)或碳酸氫鈉(nahco3)引起的堿損害。研究和實(shí)踐表明，在鹽堿地上種植水稻是改善鹽堿地，提高農(nóng)民收入、農(nóng)業(yè)效益和生態(tài)環(huán)境的最佳途徑之一。因此培育耐鹽堿品種是東北鹽堿地區(qū)域粳稻育種的一個(gè)重要目標(biāo)。傳統(tǒng)育種方法費(fèi)時(shí)、費(fèi)力、表型鑒定困難、育種效率低，由于水稻耐鹽堿特性是典型的數(shù)量性狀，涉及多個(gè)基因位點(diǎn)，且與環(huán)境間存在互作效應(yīng)，使得耐鹽堿遺傳改良困難。利用耐鹽堿基因及與其緊密連鎖的分子標(biāo)記，開展分子標(biāo)記輔助選擇育種可以有效地解決這一問題。

2、截止目前，已有部分耐鹽堿基因位點(diǎn)被定位，也報(bào)道了有一些連鎖標(biāo)記信息，但交換率偏高，選擇效果不良。同時(shí)，少數(shù)緊密連鎖的標(biāo)記屬于測(cè)序獲得的snp信息，沒有轉(zhuǎn)換為緊密連鎖標(biāo)記，因此，針對(duì)耐鹽堿基因位點(diǎn)的輔助分子標(biāo)記仍然很稀缺。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題為：提供一種水稻耐鹽堿qtl?alt5的分子標(biāo)記方法。

2、本發(fā)明的技術(shù)方案為：一種水稻耐鹽堿qtl?alt5的分子標(biāo)記方法，以具有龍稻5號(hào)血緣的待測(cè)水稻基因組為模板，用seq?id?no.1和seq?id?no.2所示的核苷酸序列的引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增，如果能擴(kuò)增出175bp的產(chǎn)物，則待檢測(cè)水稻攜帶水稻耐鹽堿qtl?alt5。

3、利用與水稻耐鹽堿qtl?alt5緊密連鎖的分子標(biāo)記選育耐鹽堿水稻的方法，以龍稻5號(hào)或帶有耐鹽堿qtl?alt5的龍稻5號(hào)的血緣材料為親本與需改良的水稻品種進(jìn)行雜交，以seq?id?no.1和seq?id?no.2所示核苷酸序列的引物對(duì)雜交材料進(jìn)行pcr擴(kuò)增，如果能擴(kuò)增出175bp的產(chǎn)物，則該雜交材料為導(dǎo)入了耐鹽堿qtl?alt5的材料，具有耐鹽堿性。

4、一種試劑盒，含有seq?id?no.1和seq?id?no.2所示的核苷酸序列的引物。

5、上述所述的試劑盒在水稻耐鹽堿qtl?alt5的分子標(biāo)記和選育耐鹽堿水稻水稻上的應(yīng)用。

6、本發(fā)明利用寒地耐鹽堿水稻“龍稻5號(hào)”為親本，對(duì)含有秈稻血緣的高產(chǎn)粳稻品種“東農(nóng)423”進(jìn)行耐鹽堿改良，并在后代群體中對(duì)耐鹽堿qtl?alt5進(jìn)行輔助選擇。在f6代分離群體，將一個(gè)來自“龍稻5號(hào)”的耐鹽堿qtl?alt5定位在第5染色體上，該qtl同時(shí)控制在鹽堿條件下的耐鹽堿指數(shù)、苗高、苗干重和根干重，并鑒定出與該耐鹽堿qtl緊密連鎖的pcr的實(shí)用經(jīng)濟(jì)型標(biāo)記alt5-1，利用其可有效地開展水稻孕穗期耐冷的分子輔助選擇育種研究。

7、與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明具有以下有益效果：

8、1、本發(fā)明鑒定到第5染色體上的耐鹽堿qtl?alt5以及可對(duì)其進(jìn)行基因型鑒別的共顯性分子標(biāo)記alt5-1。

9、2、通過孕穗期耐冷qtl?alt5標(biāo)記的輔助篩選，能夠獲得孕穗期耐冷能力顯著提高的水稻品種或材料。

10、3、本發(fā)明的分子標(biāo)記可用于“龍稻5號(hào)”為親本的雜交后代和相關(guān)衍生材料雜交后代育種群體的耐鹽堿基因型選擇，可有效地鑒別帶有該qtl的耐冷材料，便于及時(shí)的雜交轉(zhuǎn)育，提高育種效率，加快育種進(jìn)程。。

技術(shù)特征：

1.一種水稻耐鹽堿qtl?alt5的分子標(biāo)記方法，其特征在于，以具有龍稻5號(hào)血緣的待測(cè)水稻基因組為模板，用seq?id?no.1和seq?id?no.2所示的核苷酸序列的引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增，如果能擴(kuò)增出175bp的產(chǎn)物，則待檢測(cè)水稻攜帶水稻耐鹽堿qtl?alt5。

2.利用與水稻耐鹽堿qtl?alt5緊密連鎖的分子標(biāo)記選育耐鹽堿水稻的方法，其特征在于，以龍稻5號(hào)或帶有耐鹽堿qtl?alt5的龍稻5號(hào)的血緣材料為親本與需改良的水稻品種進(jìn)行雜交，以seq?id?no.1和seq?id?no.2所示核苷酸序列的引物對(duì)雜交后代材料進(jìn)行pcr擴(kuò)增，如果能擴(kuò)增出175bp的產(chǎn)物，則該雜交后代材料為導(dǎo)入了耐鹽堿qtl?alt5的材料，具有耐鹽堿性。

3.一種試劑盒，其特征在于，含有seq?id?no.1和seq?id?no.2所示的核苷酸序列的引物。

4.權(quán)利要求3所述的試劑盒在水稻耐鹽堿qtl?alt5的分子標(biāo)記和選育耐鹽堿水稻水稻上的應(yīng)用。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種水稻耐鹽堿QTL?ALT5的分子標(biāo)記方法，屬于基因工程領(lǐng)域，以具有龍稻5號(hào)血緣的待測(cè)水稻基因組為模板，用SEQ?ID?No.1和SEQ?ID?No.2所示的核苷酸序列的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，如果能擴(kuò)增出175bp的產(chǎn)物，則待檢測(cè)水稻攜帶水稻耐鹽堿QTL?ALT5。本發(fā)明利用寒地耐鹽堿水稻“龍稻5號(hào)”為親本，對(duì)含有秈稻血緣的高產(chǎn)粳稻品種“東農(nóng)423”進(jìn)行耐鹽堿改良，在F6代分離群體，將一個(gè)來自“龍稻5號(hào)”的耐鹽堿QTL?ALT5定位在第5染色體上，并鑒定出與該耐鹽堿QTL緊密連鎖的PCR實(shí)用經(jīng)濟(jì)型標(biāo)記ALT5?1，利用其可有效地開展水稻耐鹽堿的分子輔助選擇育種研究。

技術(shù)研發(fā)人員：姜樹坤,張喜娟,楊賢莉,王立志,崔士澤,遲力勇,楊傳銘,王洋洋,李青超,王冰雪,許鑫楷,付久才,馬瑞,馮延江,呂國依,劉猷紅,孟英
受保護(hù)的技術(shù)使用者：黑龍江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院齊齊哈爾分院
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/10/21