本發(fā)明屬于生物分子檢測，具體涉及用于鑒定荔枝種質(zhì)資源材料的snp分子標(biāo)記，本發(fā)明還涉及上述snp位點(diǎn)對應(yīng)的特異性探針、分子標(biāo)記的檢測方法、分子標(biāo)記的應(yīng)用及荔枝育種方法。

背景技術(shù)：

1、snp分子標(biāo)記作為第三代分子標(biāo)記，具有簡單、經(jīng)濟(jì)、高效、檢測周期短等優(yōu)點(diǎn)，同時(shí)可以規(guī)?；⒆詣?dòng)化檢測，是解決種質(zhì)資源鑒定的有效手段。snp標(biāo)記分析技術(shù)按照研究對象可分為snp標(biāo)記開發(fā)和snp標(biāo)記檢測兩類，其中snp標(biāo)記開發(fā)主要是尋找未知snp和對未知snp進(jìn)行分析，snp標(biāo)記檢測，是對不同材料的snp遺傳多樣性進(jìn)行檢測，進(jìn)行基因分型。

2、荔枝為無患子科荔枝屬常綠喬木，荔枝含有豐富的糖分、蛋白質(zhì)、多種維生素、脂肪、檸檬酸、果膠以及磷、鐵等。含有多種微量元素，是對人體有益的水果。種質(zhì)資源是遺傳育種的基礎(chǔ)材料，被認(rèn)為是最有價(jià)值和戰(zhàn)略意義的財(cái)富，受到越來越多的重視。但種質(zhì)資源的鑒定目前主要還是以區(qū)域、表型為主，存在主觀性強(qiáng)、準(zhǔn)確度不高的問題。荔枝的種質(zhì)資源鑒定是目前急需的技術(shù)，然而現(xiàn)有技術(shù)中并沒有利用snp分子標(biāo)記針對荔枝種質(zhì)資源的鑒定技術(shù)。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的第一個(gè)目的是提供用于鑒定荔枝種質(zhì)資源材料的snp分子標(biāo)記，解決了現(xiàn)有荔枝種質(zhì)資源的鑒定以區(qū)域、表型為主，存在主觀性強(qiáng)、準(zhǔn)確度不高的問題。

2、本發(fā)明的第二個(gè)目的是提供用于檢測上述的384個(gè)snp位點(diǎn)的基因型的特異性探針。

3、本發(fā)明的第三個(gè)目的是提供應(yīng)用上述的用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記的檢測方法。

4、本發(fā)明的第四個(gè)目的是提供用于鑒定荔枝種質(zhì)資源材料的snp分子標(biāo)記在荔枝基因分型中的應(yīng)用。

5、本發(fā)明的第五個(gè)目的是提供用于鑒定荔枝種質(zhì)資源材料的snp分子標(biāo)記在荔枝聚類分析及親緣關(guān)系鑒定中的應(yīng)用。

6、本發(fā)明的第六個(gè)目的是提供用于鑒定荔枝種質(zhì)資源材料的snp分子標(biāo)記在荔枝遺傳多樣性鑒定中的應(yīng)用。

7、本發(fā)明所采用的第一種技術(shù)方案是，用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記，包括384個(gè)snp分子標(biāo)記中任一種或任幾種組合，384個(gè)snp分子標(biāo)記的物理位置是基于荔枝的參考基因組比對確定的，384個(gè)snp分子標(biāo)記位點(diǎn)均勻分布于荔枝15條染色體上，384個(gè)snp分子標(biāo)記位點(diǎn)編號為litsnp001～litsnp384，384個(gè)snp分子標(biāo)記位點(diǎn)編號、snp所在的染色體、具體物理位置、脫氧核苷酸信息如表1所示。

8、本發(fā)明所采用的第二種技術(shù)方案是，每個(gè)snp位點(diǎn)對應(yīng)的特異性探針序列的序號、染色體名稱、起始和終止位置具體如表2所示。

9、本發(fā)明所采用的第三種技術(shù)方案是，用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記的檢測方法，具體按以下步驟實(shí)施：

10、步驟1、提取送檢樣品葉片組織的基因組dna，保存?zhèn)溆茫?/p>

11、步驟2、對步驟1的dna經(jīng)打斷、末端修復(fù)、接頭連接、接頭產(chǎn)物純化后，獲得測序文庫dna；

12、步驟3、對步驟2獲得的文庫dna與本發(fā)明所述的384個(gè)snp探針組合進(jìn)行雜交捕獲后，洗脫去除未結(jié)合的dna，獲得雜交后的dna；

13、步驟4、對步驟3雜交后的dna進(jìn)行pcr擴(kuò)增；

14、步驟5、對步驟4獲得的產(chǎn)物進(jìn)行測序獲得測序數(shù)據(jù)；

15、步驟6、對步驟5的測序數(shù)據(jù)比對荔枝參考基因組得到基因型分型數(shù)據(jù)。

16、本發(fā)明所采用的第四種技術(shù)方案是，用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記在荔枝基因分型中的應(yīng)用。

17、本發(fā)明所采用的第五種技術(shù)方案是，用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記在荔枝聚類分析及親緣關(guān)系鑒定中的應(yīng)用。

18、本發(fā)明所采用的第六種技術(shù)方案是，用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記在荔枝遺傳多樣性鑒定中的應(yīng)用。

19、本發(fā)明的有益效果是：

20、1)384個(gè)snp標(biāo)記在我國164份種質(zhì)資源材料中共檢出1152個(gè)等位變異，平均maf值為0.38，對荔枝種質(zhì)資源具有較高的分辨率；

21、2)在已收集的荔枝種質(zhì)資源材料中每個(gè)位點(diǎn)的等位變異分布頻率相對均勻；

22、3)具有明確的定位信息和物理位置信息；

23、4)384個(gè)snp探針及其組合具有穩(wěn)定、重復(fù)、特異性捕獲，便于推廣應(yīng)用；

24、5)篩選的384個(gè)snp位點(diǎn)是將我國收集的最全的荔枝種質(zhì)材料進(jìn)行基因型分型后才最終篩選并確定的；

25、6)384個(gè)snp位點(diǎn)間沒有連鎖關(guān)系；

26、7)384個(gè)snp位點(diǎn)均勻分布于荔枝15條染色體上；

27、8)384個(gè)snp適用于博瑞迪gbts液相芯片平臺；

28、9)本發(fā)明的snp標(biāo)記及探針組合成本低、易規(guī)?；瘷z測，實(shí)驗(yàn)室中2周可完成5000份樣品的鑒定。

技術(shù)特征：

1.用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記，其特征在于，包括384個(gè)snp分子標(biāo)記中任一種或任幾種組合，所述384個(gè)snp分子標(biāo)記的物理位置是基于荔枝的參考基因組比對確定的，所述384個(gè)snp分子標(biāo)記位點(diǎn)均勻分布于荔枝15條染色體上，所述384個(gè)snp分子標(biāo)記位點(diǎn)編號為litsnp001～litsnp384，所述384個(gè)snp分子標(biāo)記位點(diǎn)編號、snp所在的染色體、具體物理位置、脫氧核苷酸信息如下：

2.用于檢測權(quán)利要求1所述的384個(gè)snp位點(diǎn)的基因型的特異性探針，其特征在于，所述每個(gè)snp位點(diǎn)對應(yīng)的特異性探針序列的序號、染色體名稱、起始和終止位置，具體如下：

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記的檢測方法，其特征在于，具體按以下步驟實(shí)施：

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記在荔枝基因分型中的應(yīng)用。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記在荔枝聚類分析及親緣關(guān)系鑒定中的應(yīng)用。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的snp分子標(biāo)記在荔枝遺傳多樣性鑒定中的應(yīng)用。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了用于鑒定荔枝種質(zhì)資源的SNP分子標(biāo)記，包括384個(gè)SNP分子標(biāo)記中任一種或任幾種組合，384個(gè)SNP分子標(biāo)記的物理位置是基于荔枝的參考基因組比對確定的，384個(gè)SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)均勻分布于荔枝15條染色體上，SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)編號為LitSNP001～LitSNP384。本發(fā)明還公開了上述SNP位點(diǎn)對應(yīng)的特異性探針、分子標(biāo)記的檢測方法、分子標(biāo)記的應(yīng)用及荔枝育種方法。本發(fā)明提供的384個(gè)SNP標(biāo)記在我國164份種質(zhì)資源材料中共檢出1152個(gè)等位變異，平均MAF值為0.38，對荔枝種質(zhì)資源具有較高的分辨率。

技術(shù)研發(fā)人員：張蕾,李煥苓,王家保,李芳,洪繼旺,王樹軍,李松剛,王鵬飛,王果
受保護(hù)的技術(shù)使用者：中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶作物品種資源研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/10/21