專利名稱：用于前列腺癌的生物標記及其使用方法
用于前列腺癌的生物標記及其使用方法本申請要求于2010年7月28日申請的美國臨時專利申請順序號61/368，434的權(quán)益，所述臨時申請的全部內(nèi)容在此通過引用結(jié)合到本文中。領(lǐng)域
本發(fā)明一般而言涉及用于前列腺癌的生物標記(biomarker)和基于所述生物標記的方法。背景
前列腺癌是男性癌癥相關(guān)死亡的主要原因并使1/9的年齡超過65歲的男性遭受痛苦。美國癌癥學(xué)會(American Cancer Society)估計超過200，000美國男性將被確診患有前列腺癌并有超過30，000人將在這一年死亡。盡管對于局部性前列腺癌已有有效的手術(shù)治療和放療，但轉(zhuǎn)移性前列腺 癌基本上仍是不可治愈的，并且經(jīng)確診患有轉(zhuǎn)移性疾病的大多數(shù)男性將會在數(shù)月至數(shù)年時間內(nèi)死亡。前列腺癌可通過直腸指檢(DRE)或通過前列腺特異性抗原(PSA)水平測量來檢測，其具有高得難以接受的假陽性率。對前列腺癌的診斷僅可通過活檢來證實。根治性前列腺切除術(shù)、福射和等待觀察(watchful waiting)對局部性前列腺癌通常有效,但常常難以確定該用何種方法。因為無法分辨生長緩慢的(indolent)腫瘤和更具侵略性(aggressive)腫瘤這兩者，所以目前的治療采用非常保守的方法。盡管成像、X射線、計算機斷層掃描和進一步活檢可有助于判定前列腺癌是否已經(jīng)轉(zhuǎn)移，但它們不能鑒別早期。對前列腺癌從局部、早期、生長緩慢狀態(tài)、到侵略狀態(tài)、最終到轉(zhuǎn)移狀態(tài)的整個進程的了解，將允許對該病進行適當(dāng)?shù)呐R床控制。此外，早期生長緩慢的前列腺癌可能為向侵略形式的進行性或非進行性的。概述
一方面，本發(fā)明提供診斷受試者是否患有前列腺癌的方法，所述方法包括分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中一種或多種前列腺癌生物標記的水平，其中所述一種或多種生物標記選自表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10 ;和比較所述樣品中所述一種或多種生物標記的水平與所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平，以診斷所述受試者是否患有前列腺癌。所述一種或多種生物標記可選自表1A、1B、3A、3B和8。當(dāng)所述生物樣品是前列腺組織時，所述一種或多種生物標記可選自表 1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8 和 / 或 10，或可選自表 ΙΑ、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B 和 / 或
10。當(dāng)所述生物樣品是尿時,所述一種或多種生物標記可選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10，或可選自表8。所述生物樣品可以是DRE尿樣品。另一方面，本發(fā)明還提供判定受試者是否易于發(fā)展前列腺癌的方法，所述方法包括分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中一種或多種前列腺癌生物標記的水平，其中所述一種或多種生物標記選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10 ;和比較所述樣品中所述一種或多種生物標記的水平與所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平，以判定所述受試者是否易于發(fā)展前列腺癌。再一方面，本發(fā)明提供在受試者中監(jiān)測前列腺癌的進展/消退的方法，所述方法包括分析來自受試者的第一生物樣品，以測定所述樣品中一種或多種前列腺癌生物標記的水平，其中所述一種或多種生物標記選自表認、18、34、38、54、58、7八、78、8和/或10并且第一樣品在第一時間點得自所述受試者；分析來自受試者的第二生物樣品，以測定所述一種或多種生物標記的水平，其中所述第二樣品在第二時間點得自所述受試者；和比較第一樣品中所述一種或多種生物標記的水平與第二樣品中所述一種或多種生物標記的水平，從而在所述受試者中監(jiān)測前列腺癌的進展/消退。另一方面，本發(fā)明提供評價組合物用于治療前列腺癌的功效的方法，所述方法包括分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)組合物治療的受試者的生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記的水平；和將所述樣品中所述一種或多種生物標記的水平與以下進行比較:(a)先前采自所述受試者的生物樣品中的所述一種或多種生物標記的水平，其中所述先前采集的生物樣品是經(jīng)所述組合物治療之前得自所述受試者的，(b)所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性參考水平，和/或(c)所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陰性參考水平。另一方面，本發(fā)明提供評價組合物用于治療前列腺癌的功效的方法，所述方法包括分析來自受試者的第一生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記的水平，第一樣品在第一時間點得自所述受試者；將所述組合物給予所述受試者；分析來自所述受試者的第二生物樣品以測定所述一種或多種生物標記的水平，第二樣品是在給予所述組合物之后在第二時間點得自所述受試者的；比較第一樣品中所述一種 或多種生物標記的水平與第二樣品中所述一種或多種生物標記的水平，以評價所述組合物用于治療前列腺癌的功效。再一方面，本發(fā)明提供評價兩種或更多種組合物用于治療前列腺癌的相對功效的方法，所述方法包括分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)第一組合物治療的第一受試者的第一生物樣品，以測定選自表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10的一種或多種生物標記的水平；分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)第二組合物治療的第二受試者的第二生物樣品，以測定所述一種或多種生物標記的水平；和比較第一樣品中所述一種或多種生物標記的水平與第二樣品中所述一種或多種生物標記的水平，以評價第一和第二組合物用于治療前列腺癌的相對功效。另一方面，本發(fā)明提供針對調(diào)節(jié)一種或多種前列腺癌生物標記的活性而對組合物進行篩選的方法，所述方法包括使一種或多種細胞接觸組合物；分析至少一部分的所述一種或多種細胞或與所述細胞相關(guān)的生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記的水平；和比較所述一種或多種生物標記的水平與所述生物標記的預(yù)定標準水平，以判定所述組合物是否調(diào)節(jié)所述一種或多種生物標記的水平。又一方面，本發(fā)明提供鑒定前列腺癌的潛在藥物靶標的方法，所述方法包括鑒定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記相關(guān)的一種或多種生化途徑；和鑒定影響一種或多種經(jīng)鑒定生化途徑中的至少一種的蛋白，所述蛋白是前列腺癌的潛在藥物靶標。再一方面，本發(fā)明提供治療患有前列腺癌的受試者的方法，所述方法包括給予所述受試者有效量的選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種生物標記，所述生物標記在前列腺癌中降低。另一方面，本發(fā)明還提供在前列腺癌受試者中鑒別低級(較低侵略性)前列腺癌與高級(高侵略性)前列腺癌的方法，所述方法包括分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中低級前列腺癌和/或高級前列腺癌的一種或多種生物標記的水平，其中所述一種或多種生物標記選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10，和比較所述樣品中所述一種或多種生物標記的水平與相對于高級前列腺癌而區(qū)分的低級前列腺癌-陽性參考水平和/或與相對于低級前列腺癌而區(qū)分的高級前列腺癌-陽性參考水平，以確定所述患者是否患有低級或高級前列腺癌。所述一種或多種生物標記可選自表1A、1B、5A、5B、7A、7B、8和/或10。當(dāng)所述生物樣品是前列腺組織時，所述一種或多種生物標記可選自表 1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8 和 / 或 10 ;可選自表 ΙΑ、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B和/或10 ;或可選自表10。當(dāng)選自表10時，所述生物標記可選自腐胺、乳酸鹽、5，6-二氫尿嘧啶、10-十九碳烯酸鹽、NAD+、精胺、N-乙酰腐胺、琥珀酰肉毒堿、3-(4-羥基苯基)乳酸鹽、2-棕櫚酰甘油磷酸乙醇胺、亞精胺、2-磷酸甘油、甘氨酰纈氨酸和/或磷酸乙醇胺；可選自腐胺、乳酸鹽、5，6- 二氫尿嘧啶、10-十九碳烯酸鹽、NAD+、精胺和/或N-乙酰腐胺；可選自腐胺、2-磷酸甘油和/或甘氨酰纈氨酸；可選自磷酸乙醇胺、腐胺和/或亞精胺；可選自琥珀酰肉毒堿、3-(4-羥基苯基)乳酸鹽、2-棕櫚酰甘油磷酸乙醇胺、乳酸鹽和/或亞精胺；和/或可選自腐胺、乳酸鹽、5，6- 二氫尿嘧啶、10-十九碳烯酸鹽、NAD+、精胺、N-乙酰腐胺、琥珀酰肉毒堿、3-(4-羥基苯基)乳酸鹽、2-棕櫚酰甘油磷酸乙醇胺、亞精胺、2-磷酸甘油、甘氨酰纈氨酸和/或磷酸乙醇胺。附圖簡述


圖1提供基于鑒別高侵略性前列腺癌受試者和低侵略性前列腺癌受試者的一個實例代謝物(腎上腺酸鹽(adrenate))的遞歸劃分圖(左)，和相應(yīng)的接受者操作特性(receiver operating characteristic, ROC)或 ROC 曲線，靈敏度或真陽性相對于(I特異性)或假陽性的圖表(右)。圖2提供與癌癥中豐度相關(guān)的代表性生物標記代謝物的箱線圖(boxplot)。單個生物標記代謝物的AUC范圍為0.73-0.84。良性(非癌)DRE尿沉渣樣品中生物標記的水平見左邊，癌癥樣品見右邊。圖3提供前列腺癌檢測的現(xiàn)有技術(shù)水平測試、“Post-DRE PCA 3”(PCA3)測試和“Serum PSA” (PSA)測試的接受者操作特性(ROC)曲線。PCA3測定的曲線下面積(AUC)為大約0.68，PSA測試的AUC為大約0.61。圖4是熱點圖(heat map)，說明來自與前列腺癌相關(guān)的DRE尿沉渣樣品的生物標記標簽。組I和組2是前列腺癌的生物標記標簽，而組3是非癌癥的生物標記標簽。癌癥生物標記標簽(組I和組2)進一步鑒別前列腺癌的亞型。圖5顯示實施例7中所述的Han列線圖(Han nomogram)的ROC曲線。發(fā)明詳述
本發(fā)明涉及前列腺癌的生物標記，診斷前列腺癌的方法，鑒別較低侵略性和高侵略性前列腺癌的方法，判定前列腺癌傾向的方法，監(jiān)測前列腺癌進展/消退的方法，評價用于治療前列腺癌的組合物的功效的方法，針對調(diào)節(jié)前列腺癌生物標記的活性而對組合物進行篩選的方法，治療前列腺癌的方法，以及基于前列腺癌生物標記的其它方法。然而在更詳細描述本發(fā)明之前，首先要定義以 下術(shù)語。
定義
“生物標記”是指這樣的化合物，優(yōu)選代謝物，其與來自具有第二表型(例如未患疾病)的一個或一組受試者的生物樣品相比，在來自具有第一表型(例如患有疾病)的一個或一組受試者的生物樣品中差異性存在(即增加或降低)。生物標記可以任何水平差異性存在，但通常存在水平為增加至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少100%、至少110%、至少120%、至少130%、至少140%、至少150%或更高；或通常存在水平為降低至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100% (即不存在)。生物標記優(yōu)選以統(tǒng)計上顯著水平差異性存在(即P-值小于0.05和/或q-值小于0.10，當(dāng)用Welch’ s T檢驗或WilcoxonJ s秩和檢驗判定時)。一種或多種生物標記的“水平”是指樣品中生物標記的絕對或相對量或濃度。“樣品”或“生物標記”是指分離自受試者的生物材料。生物樣品可含有適于檢測所需生物標記的任何生物材料，并且可包括來自受試者的細胞材料和/或非細胞材料。樣品可分離自任何合適的生物組織或液體，例如前列腺組織、血、血漿、尿或腦脊液(CSF)?！笆茉囌摺笔侵溉魏蝿游?，但優(yōu)選哺乳動物，例如人、猴、小鼠或兔。生物標記的“參 考水平”是指表示特定疾病狀態(tài)、表型或其缺乏、以及疾病狀態(tài)、表型或其缺乏的組合的生物標記水平。生物標記的“陽性”參考水平是指表示特定疾病狀態(tài)或表型的水平。生物標記的“陰性”參考水平是指表示缺乏特定疾病狀態(tài)或表型的水平。例如，生物標記的“前列腺癌-陽性參考水平”是指在受試者中表明前列腺癌陽性診斷的生物標記水平，而生物標記的“前列腺癌-陰性參考水平”是指在受試者中表明前列腺癌陰性診斷的生物標記水平。生物標記的“參考水平”可以是該生物標記的絕對或相對量或濃度，該生物標記存在或不存在情況，該生物標記的量或濃度范圍，該生物標記的最小和/或最大量或濃度，該生物標記的平均量或濃度，和/或該生物標記的中值含量或濃度；并且，另外，生物標記組合的“參考水平”也可以是兩種或更多種生物標記相對彼此的絕對或相對量或濃度的比率?？赏ㄟ^在一個或多個合適受試者中測定所需生物標記水平，來測定特定疾病狀態(tài)、表型或其缺乏的生物標記的合適陽性和陰性參考水平，并且可將這樣的參考水平定制到特定受試者群體(例如參考水平可以是年齡匹配的，使得可以對來自某年齡受試者樣品的生物標記水平與某年齡組中的特定疾病狀態(tài)、表型或其缺乏的參考水平進行比較)。也可將這樣的參考水平定制到特定技術(shù)，所述技術(shù)用于測量生物樣品中的生物標記水平(例如LC-MS、GC-MS等)，其中根據(jù)所用特定技術(shù)，生物標記水平可不同?！胺巧飿擞浕衔铩笔侵高@樣的化合物，其與來自具有第二表型(例如未患第一疾病)的一個或一組受試者的生物樣品相比，在來自具有第一表型(例如患有第一疾病)的一個或一組受試者的生物樣品中非差異性存在。然而，這樣的非生物標記化合物可以是來自具有第三表型(例如患有第二疾病)的一個或一組受試者的生物樣品中的生物標記，與第一表型(例如患有第一疾病)或第二表型(例如未患第一疾病)相比。“代謝物”或“小分子”是指細胞中存在的有機分子和無機分子。該術(shù)語不包括大的高分子，例如大的蛋白質(zhì)(例如分子量超過2，000,3, 000,4, 000,5, 000,6, 000,7, 000、8,000,9,000,或10,000的蛋白質(zhì))、大的核酸(例如分子量超過2，000、3，000、4，000、
5,000,6, 000,7, 000,8, 000,9, 000,或10,000的核酸)、或大的多糖(例如分子量超過2，000,3, 000,4, 000,5, 000,6, 000,7, 000,8, 000,9, 000 或 10，000 的多糖)。細胞的小分子
通常游離存在于胞漿溶液或其它細胞器例如線粒體中，在其中它們形成中間物庫(pool)，其可被進一步代謝或用于產(chǎn)生大的分子，稱為大分子。術(shù)語“小分子”包括信號轉(zhuǎn)導(dǎo)分子和將得自食物的能量轉(zhuǎn)化為可利用形式的化學(xué)反應(yīng)的中間物。小分子的實例包括糖、脂肪酸、氨基酸、核苷酸、細胞過程中形成的中間產(chǎn)物以及細胞內(nèi)存在的其它小分子?！按x概況(Metabolic profile) ” 或“小分子概況(small molecule profile)”是指靶細胞、組織、器官、生物體或其部分(例如細胞區(qū)室)內(nèi)的全部或部分小分子清單。該清單可包括所存在的小分子數(shù)量和/或種類。“小分子概況”可用一種技術(shù)或多種不同技術(shù)來測定?！按x物組”是指給定生物體中存在的所有小分子。“前列腺癌”是指這樣的疾病:其中癌癥在雄性生殖系統(tǒng)中的一種腺體即前列腺中發(fā)展。“低級”或“較低級”前列腺癌是指非轉(zhuǎn)移性前列腺癌，包括具有低轉(zhuǎn)移可能性的惡性腫瘤(即被認為是“較低侵略性”的前列腺癌)。局限于前列腺(即器官局限性，0C)的癌癥腫瘤(cancer tumor)被認為是較低侵略性前列腺癌。“高級”或“較高級”前列腺癌是指在受試者中已經(jīng)轉(zhuǎn)移的前列腺癌，包括具有高轉(zhuǎn)移可能性的惡性腫瘤(被認為是“侵略性”的前列腺癌)。不限于前列腺(即非器官局限性，N0C)的癌癥腫瘤被認為是侵略性前列腺癌。局限于前列腺的腫瘤(即器官局限性腫瘤)被認為是較低侵略性的，與不限于前列腺的腫瘤(即非器官局限性腫瘤)相比。“侵略性”前列腺癌發(fā)展、復(fù)發(fā)，和/或是死亡誘因。侵略性癌癥可具有以下一個或多個特征:非器官局限性(NOC)、伴有囊外擴張(extracapsular extensions, ECE)、 伴有精囊侵襲(SVI)、伴有淋巴結(jié)侵襲(LN)、伴有Gleason主要評分或Gleason次要評分為4和/或伴有Gleason總評分為8或更高。相比之下，“較低侵略性”癌癥局限于前列腺(器官局限性，0C)并且不伴有囊外擴張(ECE)、精囊侵襲(SVI)、淋巴結(jié)侵襲(LN)、Gleason主要評分或Gleason次要評分為4、或Gleason總評分為8或更高。1.生物標記
使用代謝物組概況分析技術(shù)(metabolomic profiling technique)發(fā)現(xiàn)本文所述的前列腺癌生物標記。這樣的代謝物組概況分析技術(shù)在以下給出的實施例中以及以下美國專利中有更詳細描述:美國專利號 7, 005，255 ;7，329，489 ;7，550，258 ;7，550，260 ;7，553，616 ；7，635，556 ;7，682，783 ;7，682，784 ;7，910，301 ;6，947，453 ;7，433，787 ;7，561，975 ；7，884，318，其全部公開內(nèi)容通過引用結(jié)合到本文中。通常，對來自經(jīng)診斷患有前列腺癌的人受試者的生物樣品測定代謝概況，所述人受試者經(jīng)診斷患有較低級前列腺癌(例如器官局限性腫瘤)或經(jīng)診斷患有轉(zhuǎn)移性/高級前列腺癌(例如非器官局限性腫瘤)。將來自前列腺癌受試者的生物樣品的代謝概況與來自一個或多個其它組受試者的生物樣品的代謝概況進行比較。與另一組(例如經(jīng)診斷患有較低侵略性前列腺癌的受試者)相比，在來自侵略性前列腺癌受試者的腫瘤樣品的代謝概況中，差異性存在的那些分子，包括以統(tǒng)計學(xué)顯著水平差異性存在的那些分子，被鑒定為是鑒別這些組的生物標記。另外，與高級前列腺癌相比，在來自低級前列腺癌受試者的非腫瘤樣品(即臨近癌癥腫瘤的非癌組織)的代謝概況中，差異性存在的那些分子，包括以統(tǒng)計學(xué)顯著水平差異性存在的那些分子，也被鑒定為是鑒別這些組的生物標記。所述生物標記在本文中有更詳細討論。所發(fā)現(xiàn)的生物標記符合以下各組:
用于鑒別患有前列腺癌的受試者與經(jīng)診斷未患前列腺癌的對照受試者的生物標記(參見表1A、1B、3A、3B和8);和
用于鑒別患有侵略性前列腺癌的受試者與患有較低侵略性前列腺癌的受試者的生物標記(參見表 1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B 和 10)；
但表5A、5B、7A、7B和10中的生物標記也可用于鑒別前列腺癌受試者與經(jīng)診斷未患前列腺癌的對照受試者，并且表8中的生物標記也可用于鑒別患有侵略性前列腺癌的受試者與患有較低侵略性前列腺癌的受試者。IIA.前列腺癌的診斷
對前列腺癌的生物標記進行鑒定，允許在呈現(xiàn)前列腺癌的一種或多種癥狀的受試者中診斷(或有助于診斷)前列腺癌。診斷(或有助于診斷)受試者是否患有前列腺癌的方法包括(I)分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中的一種或多種前列腺癌生物標記的水平，和(2)比較所述樣品中的所述一種或多種生物標記的水平與所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平，以診斷(或有助于診斷)所述受試者是否患有前列腺癌。所用的一種或多種生物標記選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A和/或7B及其組合。一方面，所述一種或多種生物標記可選自表1A、1B、3A、3B和8。當(dāng)所述方法用于幫助診斷前列腺癌時，該方法的結(jié)果可與其它方法(或其結(jié)果)一起用于臨床判定受試者是否患有前列腺癌。任何合適的方法都可用于分析生物樣品，以測定樣品中的一種或多種生物標記的水平。合適的方法包括色譜(例 如HPLC、氣相色譜、液相色譜)、質(zhì)譜(例如MS、MS-MS)、酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)、抗體連接(antibody linkage)、其它免疫化學(xué)技術(shù)、及其組合。此夕卜，可間接測量一種或多種生物標記的水平，例如通過采用測量與期望測量的生物標記水平相關(guān)的一種或多種化合物水平的測定法。在診斷和有助于診斷受試者是否患有前列腺癌的方法中可測定表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種生物標記的水平。例如,一種生物標記、兩種或更多種生物標記、三種或更多種生物標記、四種或更多種生物標記、五種或更多種生物標記、六種或更多種生物標記、七種或更多種生物標記、八種或更多種生物標記、九種或更多種生物標記、十種或更多種生物標記等的水平，包括表認、川、34、38、54、58、74、7、8和/或10及其組合或其任何部分中的所有生物標記組合的水平，都可被測定并用于這樣的方法。對生物標記組合的水平的測定可允許在診斷前列腺癌和有助于診斷前列腺癌中具有更高靈敏度和特異性，并可允許更好地鑒別前列腺癌與其它前列腺病癥(例如良性前列腺肥大(BPH)、前列腺炎等)或與前列腺癌可具有類似或重疊生物標記的其它癌癥(與未患前列腺癌的受試者相比)。例如,在生物樣品中的某些生物標記(和非生物標記化合物)的水平之比可允許在診斷前列腺癌和有助于診斷前列腺癌中具有更高靈敏度和特異性并可允許更好地鑒別前列腺癌和與前列腺癌可具有類似或重疊生物標記的其它癌癥或其它前列腺病癥(與未患前列腺癌的受試者相比)。也可使用對在某類型樣品(例如前列腺組織樣品、尿樣品或血漿樣品)中診斷前列腺癌(或有助于診斷前列腺癌)具有特異性的一種或多種生物標記。例如，當(dāng)所述生物樣品是前列腺組織時，表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B和/或10中所列出的一種或多種生物標記可用于診斷(或有助于診斷)受試者是否患有前列腺癌。另一個實例是，當(dāng)所述生物樣品是尿(或DRE尿)時，表8中所列出的一種或多種生物標記可用于診斷(或有助于診斷)受試者是否患有前列腺癌。在測定樣品中的一種或多種生物標記的水平之后，將其水平與前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平進行比較，從而有助于診斷或診斷所述受試者是否患有前列腺癌。樣品中與前列腺癌-陽性參考水平相匹配的一種或多種生物標記的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)表明所述受試者經(jīng)診斷患有前列腺癌。樣品中與前列腺癌-陰性參考水平相匹配的一種或多種生物標記的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)表明所述受試者經(jīng)診斷未患前列腺癌。另外，與前列腺癌-陰性參考水平相比，在樣品中差異性存在(尤其在統(tǒng)計上顯著的水平)的所述一種或多種生物標記的水平表明所述受試者經(jīng)診斷患有前列腺癌。與前列腺癌-陽性參考水平相比，在樣品中差異性存在(尤其在統(tǒng)計上顯著的水平)的所述一種或多種生物標記的水平表明所述受試者經(jīng)診斷未患前列腺癌。可使用多種技術(shù)，將一種或多種生物標記的水平與前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平進行比較，包括簡單比較(例如手工比較)生物樣品中一種或多種生物標記的水平與前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平。也可使用一種或多種統(tǒng)計分析(例如T檢驗、Welch’ s T檢驗、Wilcoxon’ s秩和檢驗、隨機森林(random forest)),將生物樣品中一種或多種生物標記的水平與前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平進行比較。另外，可分析生物樣品，以測定一種或多種非生物標記化合物的水平。所述非生物標記化合物的水平也可允許鑒別前列腺癌和與前列腺癌可具有類似或重疊生物標記的其它前列腺病癥(與未患前列腺 病癥的受試者相比)。例如，可以監(jiān)測在患有前列腺癌的患者和未患前列腺癌的受試者的生物樣品中存在的已知的肖_生物標記化合物，以證實對前列腺癌的診斷，與另一種前列腺病癥的診斷相比(當(dāng)來自患有前列腺病癥的患者的生物樣品中沒有所述非生物標記化合物時)。也可特異性地進行診斷(或有助于診斷)受試者是否患有前列腺癌的方法，以診斷(或有助于診斷)受試者是否患有較低侵略性前列腺癌和/或高侵略性前列腺癌。這樣的方法包括(I)分析來自受試者的生物樣品，以測定樣品中的較低侵略性前列腺癌(和/或高侵略性前列腺癌)的一種或多種生物標記的水平，和(2)比較所述樣品中的所述一種或多種生物標記的水平與較低侵略性前列腺癌-陽性和/或較低侵略性前列腺癌-陰性參考水平(或高侵略性前列腺癌-陽性和/或高侵略性前列腺癌-陰性參考水平)，以診斷(或有助于診斷)所述受試者是否患有較低侵略性前列腺癌(或高侵略性前列腺癌)。對低級前列腺癌具有特異性的生物標記列于表1、3、7，而對高級前列腺癌具有特異性的生物標記列于表1、3、7。IIB.鑒別較低侵略性前列腺癌(低級)與較高侵略性前列腺癌(高級)的方法對用于鑒別較低侵略性前列腺癌與較高侵略性前列腺癌的生物標記進行鑒定，允許在患者中鑒別較低侵略性前列腺癌和侵略性前列腺癌。然后受試者可得到適當(dāng)治療，其中具有較高侵略性前列腺癌的那些患者比具有較低侵略性前列腺癌的那些患者經(jīng)歷更強力的治療。在前列腺癌受試者中鑒別較低侵略性前列腺癌與較高侵略性前列腺癌的方法包括(I)分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌的一種或多種生物標記的水平和/或相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌的一種或多種生物標記的水平，和(2)比較所述樣品中所述一種或多種生物標記的水平與所述一種或多種生物標記相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平和/或相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平，以判定所述受試者是否患有較低侵略性或高侵略性前列腺癌。所用的一種或多種生物標記選自表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10及其組合。在本發(fā)明的一方面，所用的生物標記選自表認、川、34、38、54、58、74、78和/或10及其組合。在本發(fā)明的另一方面，所用的一種或多種生物標記選自腐胺、乳酸鹽、5，6-二氫尿嘧啶、10-十九碳烯酸鹽、NAD+、精胺、N-乙酰腐胺、琥珀酰肉毒堿、3-(4-羥基苯基)乳酸鹽、2-棕櫚酰甘油磷酸乙醇胺、亞精胺、2-磷酸甘油、甘氨酰纈氨酸和/或磷酸乙醇胺。在本發(fā)明的一方面，所述更具侵略性的癌癥伴隨有囊外擴張(ECE)并且所述生物標記代謝物選自腐胺、乳酸鹽、5，6- 二氫尿嘧啶、10-十九碳烯酸鹽、NAD+、精胺和/或N-乙酰腐胺。在本發(fā)明的一方面，所述更具侵略性的癌癥伴隨有精囊侵襲(SVI)并且所述生物標記選自腐胺、2-磷酸甘油和/或甘氨酰纈氨酸。在本發(fā)明的一方面，所述更具侵略性的癌癥伴隨有淋巴結(jié)侵襲并且所述生物標記選自磷酸乙醇胺、腐胺和/或亞精胺。在本發(fā)明的一方面，所述更具侵略性的癌癥伴隨有Gleason評分(GS)大于8并且所述生物標記選自琥珀酰肉毒堿、3-(4-羥基苯基)乳酸鹽、2-棕櫚酰甘油磷酸乙醇胺、乳酸鹽和/或亞精胺。任何合適的方法都可用于分析生物樣品，以測定樣品中一種或多種生物標記的水平。合適的方法包括色譜(例如HPLC、氣相色譜、液相色譜)、質(zhì)譜(例如MS、MS-MS)、酶聯(lián)免疫吸附測定(ELI SA)、抗體連接、其它免疫化學(xué)技術(shù)、及其組合。此外，可間接測量一種或多種生物標記的水平，例如通過采用測量與期望測量的生物標記水平相關(guān)的一種或多種化合物水平的測定法。在診斷和有助于診斷受試者是否患有前列腺癌的方法中可測定表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種生物標記的水平。例如,一種生物標記、兩種或更多種生物標記、三種或更多種生物標記、四種或更多種生物標記、五種或更多種生物標記、六種或更多種生物標記、七種或更多種生物標記、八種或更多種生物標記、九種或更多種生物標記、十種或更多種生物標記等的水平，包括表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10或其任何部分的所有生物標記組合的水平，都可被測定并用于這樣的方法。對生物標記組合的水平的測定可允許在鑒別低侵略性和高侵略性前列腺癌中具有更高靈敏度和特異性。也可使用對在某類型樣品(例如前列腺組織樣品、尿樣品或血漿樣品)中鑒別較低侵略性和高侵略性前列腺癌具有特異性的一種或多種生物標記。例如，當(dāng)所述生物樣品是前列腺組織時，可使用表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B和/或10中所列出的一種或多種生物標記。另一個實例是，當(dāng)所述生物樣品是尿(或DRE尿)時，可使用表8中所列出的一種或多種生物標記。
在測定樣品中一種或多種生物標記的水平之后，將其水平與一種或多種生物標記相對于高侵略性前列腺癌-陰性而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平和/或相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平進行比較，以判定所述受試者是否患有較低侵略性或高侵略性前列腺癌。樣品中與相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平相匹配的一種或多種生物標記的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)就表明所述受試者患有較低侵略性前列腺癌。樣品中與相對于低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平相匹配的一種或多種生物標記的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)就表明所述受試者患有高侵略性前列腺癌。如果所述一種或多種生物標記的水平更類似于相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平(或更少類似于高侵略性前列腺癌-陽性參考水平)，則結(jié)果就表明所述受試者患有較低侵略性前列腺癌。如果所述一種或多種生物標記的水平更類似于相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平(或更少類似于較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平)，則結(jié)果就表明所述受試者患有高侵略性前列腺癌?？墒褂枚喾N技術(shù)，將一種或多種生物標記的水平與相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平和/或相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平進行比較，包括簡單比較(例如手工比較)生物樣品中的一種或多種生物標記的水平與較低侵略性前列腺癌-陽性和/或高侵略性前列腺癌-陽性參考水平。也可使用一種或多種統(tǒng)計分析(例如T檢驗、Welch’ s T檢驗、Wilcoxon’ s秩和檢驗、隨機森林)，將生物樣品中的一種或多種生物標記的水平與相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平和/或相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平進行比較。另外，可分析生物樣品，以測定一種或多種非生物標記化合物的水平。所述非生物標記化合物的水平也可允許鑒別較低侵略性前列腺癌與高侵略性前列腺癌。II1.測定前列腺癌的傾向的方法
對前列腺癌的生物標記進行鑒定，也允許判定無前列腺癌癥狀的受試者是否易于發(fā)展前列腺癌。判定無前列腺癌癥狀的受試者是否易于發(fā)展前列腺癌的方法包括(I)分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10中列出的一種或多種生物標記的水平，和(2)比較所述樣品中的所述一種或多種生物標記的水平與所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平，以判定所述受試者是否易于發(fā)展前列腺癌。該方法的結(jié)果可與其它方法(或其結(jié)果)一起用于臨床判定受試者是否易于發(fā)展前列腺癌。正如以上關(guān)于診斷(或有助于診斷)前列腺癌的方法所述，任何合適的方法都可用于分析生物樣品，以測定樣品中一種或多種生物標記的水平。因為有了上述診斷(或有助于診斷)前列腺癌的方法，兩種或更多種生物標記、三種或更多種生物標記、四種或更多種生物標記、五種或更多種生物標記、六種或更多種生物標記、七種或更多種生物標記、八種或更多種生物標記、九種或更多種生物標記、十種或更多種生物標記等的水平，包括表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10或其任何部分中的所有生物標記組合的水平，都可被測定并用于判定無前列腺癌癥狀的受試者是否易于發(fā)展前列腺癌的方法。在測定樣品中的一種或多種生物標記水平之后，將其水平與前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平進行比較，從而預(yù)測所述受試者是否易于發(fā)展前列腺癌。樣品中與前列腺癌-陽性參考水平相匹配的一種或多種生物標記的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)就表明所述受試者易于發(fā)展前列腺癌。樣品中與前列腺癌-陰性參考水平相匹配的一種或多種生物標記的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)就表明所述受試者不易發(fā)展前列腺癌。另外，與前列腺癌-陰性參考水平相比，在樣品中差異性存在(尤其以統(tǒng)計學(xué)顯著水平)的一種或多種生物標記的水平就表明所述受試者易于發(fā)展前列腺癌。與前列腺癌-陽性參考水平相比，在樣品中差異性存在(尤其以統(tǒng)計學(xué)顯著水平)的一種或多種生物標記的水平就表明所述受試者不易發(fā)展前列腺癌。此外，也可測定對評價未患前列腺癌的受試者是否易于發(fā)展前列腺癌具有特異性的參考水平。例如，可測定所述生物標記的參考水平，以評價受試者發(fā)展前列腺癌的不同的風(fēng)險程度(例如低、中、高)?？墒褂眠@樣的參考水平，以與受試者生物樣品中的一種或多種生物標記的水平進行 比較。因為有了上述方法，可使用多種技術(shù)，將所述一種或多種生物標記的水平與前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平進行比較，包括簡單比較、一種或多種統(tǒng)計分析及其組合。因為有了診斷(或有助于診斷)受試者是否患有前列腺癌的方法，判定無前列腺癌癥狀的受試者是否易于發(fā)展前列腺癌的方法還可進一步包括分析所述生物樣品，以測定一種或多種非生物標記化合物的水平。可以特異性地進行判定無前列腺癌癥狀的受試者是否易于發(fā)展前列腺癌的方法，以判定無前列腺癌癥狀的受試者是否易于發(fā)展較低侵略性前列腺癌和/或高侵略性前列腺癌。對較低侵略性前列腺癌具有特異性的生物標記列于表1、3、5、7和10,而對高侵略性前列腺癌具有特異性的生物標記列于表1、3、5、7和10。另外，可使用選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種生物標
記，進行判定患有較低侵略性前列腺癌的受試者是否易于發(fā)展高侵略性前列腺癌的方法。IV.監(jiān)測前列腺癌進展/消退的方法
對前列腺癌的生物標記進行鑒定，也允許在受試者中監(jiān)測前列腺癌的進展/消退。在受試者中監(jiān)測前列腺癌的進展/消退的方法包括(I)分析來自受試者的第一生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記的水平，第一樣品在第一時間點得自所述受試者，(2)分析來自受試者的第二生物樣品以測定所述一種或多種生物標記的水平，第二樣品在第二時間點得自所述受試者，和(3)比較第一樣品中所述一種或多種生物標記的水平與第二樣品中所述一種或多種生物標記的水平，從而在所述受試者中監(jiān)測前列腺癌的進展/消退。該方法的結(jié)果表明所述受試者中前列腺癌的進程(即進展或消退，如果有任何變化的話)。所述一種或多種生物標記的水平隨時間的變化(如果有的話)可表示所述受試者中前列腺癌的進展或消退。為了表征所述受試者中的前列腺癌的進程，可將第一樣品中所述一種或多種生物標記的水平、第二樣品中所述一種或多種生物標記的水平、和/或第一和第二樣品中所述生物標記的水平的比較結(jié)果與以下水平進行比較:前列腺癌-陽性、前列腺癌-陰性、較低侵略性前列腺癌-陽性、較低侵略性前列腺癌-陰性、高侵略性前列腺癌-陽性和/或高侵略性前列腺癌-陰性參考水平以及相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平和/或相對于低侵略性的前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平。如果這樣的比較表明所述一種或多種生物標記的水平隨時間增加或降低(例如在第二樣品中，與第一樣品相比)，從而更類似于前列腺癌-陽性參考水平(或更少類似于前列腺癌-陰性參考水平)，更類似于高侵略性前列腺癌參考水平，或者，當(dāng)所述受試者最初患有較低侵略性前列腺癌時，更類似于相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌- 陽性參考水平，則結(jié)果就表明前列腺癌進展。如果這樣的比較表明所述一種或多種生物標記的水平隨時間增加或降低，從而更類似于前列腺癌-陰性參考水平(或更少類似于前列腺癌-陽性參考水平)，或者，當(dāng)所述受試者最初患有高侵略性前列腺癌時，更類似于較低侵略性前列腺癌參考水平和/或更類似于相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平，則結(jié)果就表明前列腺癌消退。因為有了本文所述的其它方法，可使用多種技術(shù)，在受試者中進行在監(jiān)測前列腺癌進展/消退的方法中所做的比較，包括簡單比較、一種或多種統(tǒng)計分析及其組合。該方法的結(jié)果可與其它方法(或其結(jié)果)一起用于臨床監(jiān)測受試者中的前列腺癌進展/消退。正如以上關(guān)于診斷(或有助于診斷)前列腺癌的方法所述，任何合適的方法都可用于分析生物樣品，以測定所述樣品中的所述一種或多種生物標記水平。另外，一種或多種生物標記水平，包括表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10或其任何部分中的所有生物標記的組合的水平，都可被測定并用于在受試者中監(jiān)測前列腺癌的進展/消退的方法。可進行這樣的方法，以監(jiān)測前列腺癌受試者中的前列腺癌進程或可用于未患前列腺癌的受試者(例如疑似易于發(fā)展前列腺癌的受試者)，以監(jiān)測前列腺癌傾向水平。V.評價組合物用于治療前列腺癌的功效的方法
對前列腺癌的生物標記進行鑒定，也允許評價組合物用于治療前列腺癌的功效以及評價兩種或更多種組合物用于治療前列腺癌的相對功效。這樣的評價可用于例如功效研究以及用于治療前列腺癌的組合物的前導(dǎo)選擇(lead selection)。評價組合物用于治療前列腺癌的功效的方法包括(I)分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)組合物治療的受試者的生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種生物標記的水平，和(2)比較所述樣品中的所述一種或多種生物標記的水平與(a)先前采自所述受試者的生物樣品中的所述一種或多種生物標記的水平，其中所述先前采集的生物樣品是經(jīng)所述組合物治療之前得自所述受試者的，(b)所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性參考水平(包括較低侵略性前列腺癌-陽性和/或高侵略性前列腺癌-陽性參考水平)，(C)所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陰性參考水平(包括較低侵略性前列腺癌-陰性和/或高侵略性前列腺癌-陰性參考水平)，(d)相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平，和/或(Θ)相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平。所述比較結(jié)果表明所述組合物用于治療前列腺癌的功效。因此，為了表征所述組合物用于治療前列腺癌的功效，將所述生物樣品中的所述一種或多種生物標記水平與以下進行比較:(I)前列腺癌-陽性參考水平，⑵前列腺癌-陰性參考水平，(3)在用所述組合物治療之前的受試者中所述一種或多種生物標記的先前水平，(4)相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平，和/或(5)相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平。當(dāng)比較生物樣品(來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)組合物治療的受試者)中的一種或多種生物標記的水平與前列腺癌-陽性參考水平和/或前列腺癌-陰性參考水平時，樣品中與前列腺癌-陰性參考水平相匹配的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)就表明所述組合物具有用于治療前列腺癌的功效。所述樣品中與前列腺癌-陽性參考水平相匹配的所述一種或多種生物標記的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)就表明所述組合物不具有用于治療前列腺癌的功效。根據(jù)所述一種或多種生物標記的水平，這樣的比較也表明治療前列腺癌的功效程度。

當(dāng)比較生物樣品(來自患有高侵略性前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)組合物治療的受試者)中的一種或多種生物標記的水平與相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平和/或相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平時，樣品中與相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平相匹配的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)就表明所述組合物具有用于治療前列腺癌的功效。所述樣品中與相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平相匹配的所述一種或多種生物標記的水平(例如與參考水平相同的、與參考水平基本相同的、高于和/或低于參考水平的最小值和/或最大值、和/或在參考水平范圍內(nèi)的水平)就表明所述組合物不具有用于治療前列腺癌的功效。當(dāng)比較生物樣品(來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)組合物治療的受試者)中的一種或多種生物標記的水平與在用所述組合物治療之前先前采自所述受試者的生物樣品中的所述一種或多種生物標記的水平時，所述一種或多種生物標記水平的任何變化都表明所述組合物用于治療前列腺癌的功效。也就是說，如果所述比較表明在用所述組合物治療之后，所述一種或多種生物標記水平增加或降低，從而更類似于前列腺癌-陰性參考水平(或更少類似于前列腺癌-陽性參考水平)，或者當(dāng)所述受試者最初患有高侵略性前列腺癌，其水平增加或降低，從而更類似于相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平(或更少類似于相對于低侵略性前列腺癌鑒別而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平)時，則所述結(jié)果表明所述組合物具有用于治療前列腺癌的功效。如果所述比較表明在用所述組合物治療之后，所述一種或多種生物標記的水平不增加或降低，從而更類似于前列腺癌-陰性參考水平(或更少類似于前列腺癌-陽性參考水平)，或者，當(dāng)所述受試者最初患有高侵略性前列腺癌，其水平不增加或降低，從而更類似于相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平(或更少類似于相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平)時，則所述結(jié)果表明所述組合物不具有用于治療前列腺癌的功效。根據(jù)治療之后在所述一種或多種生物標記水平中觀察到的改變量，所述比較也可表明治療前列腺癌的功效程度。為了有助于表征這樣的比較，可將所述一種或多種生物標記的水平變化、治療之前的所述一種或多種生物標記的水平、和/或在當(dāng)前或先前經(jīng)所述組合物治療的受試者中的所述一種或多種生物標記的水平，與以下水平進行比較:前列腺癌-陽性參考水平(包括較低侵略性和高侵略性前列腺癌-陽性參考水平)、前列腺癌-陰性參考水平(包括較低侵略性和高侵略性前列腺癌-陰性參考水平)、相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平、和/或相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平。評價組合物在治療前列腺癌中的功效的另一方法包括(I)分析來自受試者的第一生物樣品，以測定選自表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10的一種或多種生物標記的水平，第一樣品在第一時間點得自所述受試者，(2)將所述組合物給予所述受試者，(3)分析來自受試者的第二生物樣品，以測定所述一種或多種生物標記的水平，第二樣品是在給予所述組合物之后在第二時間點得自所述受試者的，和(4)比較第一樣品中一種或多種生物標記的水平與第二樣品中所述一種或多種生物標記的水平，以評價所述組合物用于治療前列腺癌的功效。如上所述，如果樣品的比較表明，在給予所述組合物之后，所述一種或多種生物標記的水平增加或降低，從而更類似于前列腺癌-陰性參考水平(或更少類似于前列腺癌-陽性參考水平)，或者，當(dāng)所述受試者最初患有高侵略性前列腺癌，如果其水平增加或降低，從而更類似于相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平(或更少類似于相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平)時，則所述結(jié)果表明所述組合物具有用于治療前列腺癌的功效。如果所述比較表明所述一種或多種生物標記的水平在用所述組合物治療之后不增加或降低，從而更類似于前列腺癌-陰性參考水平(或更少類似于前列腺癌-陽性參考水平)，或者，當(dāng)所述受試者最初患有高侵略性前列腺癌，其水平不增加或降低，從而更類似于相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平(或更少類似于相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平)時，則所述結(jié)果表明所述組合物不具有用于治療前列腺癌的功效。根據(jù)上文論述的給予所述組合物之后在所述一種或多種生物標記水平方面觀察到的改變量，所述比較也可表明治療前列腺癌的功效程度。評價兩種或更多種組合物用于治療前列腺癌的相對功效的方法包括(I)分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)第一組合物治療的第一受試者的第一生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種生物標記的水平，(2)分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)第二組合物治療的第二受試者的第二生物樣品，以測定所述一種或多種生物標記的水平，和(3 )比較第一樣品中所述一種或多種生物標記的水平與第二樣品中所述一種或多種生物標記的水平，以評價第一和第二組合物用于治療前列腺癌的相對功效。結(jié)果表明這兩種組合物的相對功效，而且可將結(jié)果(或第一樣品中所述一種或多種生物標記的水平和/或第二樣品中所述一種或多種生物標記的水平)與以下進行比較，以有助于表征相對功效:前列腺癌-陽性參考水平(包括較低侵略性和高侵略性前列腺癌-陽性參考水平)、前列腺癌-陰性參考水平(包括較低侵略性和高侵略性前列腺癌-陰性參考水平)、相對于高侵略性前列腺癌而區(qū)分的較低侵略性前列腺癌-陽性參考水平、和/或相對于較低侵略性前列腺癌而區(qū)分的高侵略性前列腺癌-陽性參考水平?？蓪σ粋€或多個受試者或一組或多組受試者(例如第一組用第一組合物治療，第二組用第二組合物治療)進行評價功效的方法的每一種。因為有了本文所述的其它方法，可使用多種技術(shù)，進行在評價組合物用于治療前列腺癌的功效(或相對功效)的方法中所做的比較，包括簡單比較、一種或多種統(tǒng)計分析及其組合。任何合適的方法可用于分析生物樣品，以測定所述樣品中所述一種或多種生物標記的水平。另外，一種或多種生物標記的水平，包括表認、18、34、38、54、58、7八、78、8和/或10或其任何部分中所有生物標記組合的水平，都可被測定并用于評價組合物用于治療前列腺癌的功效(或相對功效)的方法。最終，評價一種或多種組合物用于治療前列腺癌的功效(或相對功效)的方法可進一步包括分析生物樣品，以測定一種或多種非生物標記化合物的水平。然后可將非生物標記化合物與患有(或未患)前列腺癌的受試者的非生物標記化合物的參考水平進行比
較。 V1.針對調(diào)節(jié)前列腺癌相關(guān)生物標記的活性而對組合物進行篩選的方法
對前列腺癌的生物標記進行鑒定，也允許針對調(diào)節(jié)前列腺癌相關(guān)生物標記的活性而對組合物進行篩選，所述組合物可用于治療前列腺癌。篩選可用于治療前列腺癌的組合物的方法包括測定試驗組合物調(diào)節(jié)表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10中一種或多種生物標記水平的活性。可在體外和/或體內(nèi)進行這樣的篩選測定，并且這樣的篩選測定可以本領(lǐng)域已知的可用于在試驗組合物存在下測定對所述生物標記的調(diào)節(jié)的任何形式，例如細胞培養(yǎng)測定、器官培養(yǎng)測定和體內(nèi)測定(例如涉及動物模型的測定)。在一個實施方案中，針對調(diào)節(jié)一種或多種前列腺癌生物標記的活性而對組合物進行篩選的方法包括(I)使一種或多種細胞接觸組合物，(2)分析至少一部分的所述一種或多種細胞或與所述細胞相關(guān)的生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的所述一種或多種前列腺癌生物標記的水平；和(3)比較所述一種或多種生物標記的水平與所述一種或多種生物標記的預(yù)定標準水平，以判定所述組合物是否調(diào)節(jié)所述一種或多種生物標記的水平。如上所述，可使細胞在體外和/或體內(nèi)接觸組合物。一種或多種生物標記的預(yù)定標準水平可以是在所述組合物不存在時在一種或多種細胞中的所述一種或多種生物標記的水平。所述一種或多種生物標記的預(yù)定標準水平也可以是未接觸所述組合物的對照細胞中所述一種或多種生物標記的水平。另外，所述方法還可包括分析至少一部分的所述一種或多種細胞或與所述細胞相關(guān)的生物樣品，以測定所述一種或多種前列腺癌非生物標記化合物水平。然后可將非生物標記化合物水平與所述一種或多種非生物標記化合物的預(yù)定標準水平進行比較。任何合適的方法可用于分析至少一部分的所述一種或多種細胞或與所述細胞相關(guān)的生物樣品，以測定所述一種或多種生物標記的水平(或非生物標記化合物的水平)。合適的方法包括色譜(例如HPLC、氣相色譜、液相色譜)、質(zhì)譜(例如MS、MS-MS)、ELISA、抗體連接、其它免疫化學(xué)技術(shù)、及其組合。此外，可間接測量一種或多種生物標記的水平(或非生物標記化合物的水平)，例如通過采用測量與期望測量的生物標記(或非生物標記化合物)水平相關(guān)的一種或多種化合物水平的測定法。VI1.鑒定潛在藥物靶標的方法
對前列腺癌的生物標記進行鑒定，也允許鑒定前列腺癌的潛在藥物靶標。鑒定前列腺癌的潛在藥物靶標的方法包括(I)鑒定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記相關(guān)的一種或多種生化途徑，和(2)鑒定影響一種或多種經(jīng)鑒定生化途徑中的至少一種的蛋白(例如酶)，所述蛋白是前列腺癌的潛在藥物靶標。鑒定前列腺癌的潛在藥物靶標的另一方法包括(I)鑒定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或IO的一種或多種前列腺癌生物標記相關(guān)的一種或多種生化途徑以及一種或多種前列腺癌非生物標記化合物，和(2)鑒定影響一種或多種經(jīng)鑒定生化途徑中的至少一種的蛋白，所述蛋白是前列腺癌的潛在藥物靶標。一種或多種生化途徑(例如生物合成和/或代謝(分解代謝)途徑)被鑒定，其與一種或多種生物標記(或非生物標記化合物)相關(guān)。當(dāng)生化途徑被鑒定之后，一種或多種影響至少一種途徑的蛋白被鑒定。優(yōu)選地，影響多于一種途徑的這些蛋白被鑒定。一種代謝物(例如途徑中間物)的積累(build-up)可表明存在著代謝物的“阻斷”下游并且該阻斷可導(dǎo)致下游代謝物(例如生物合成途徑的產(chǎn)物)低水平/不存在。以類似方式，代謝物的不存在可表明代謝物的途徑上游存在著“阻斷”，這是因無活性或無功能的酶或生化中間物(其是產(chǎn)生產(chǎn)物所需的底物)不可用所導(dǎo)致的?；蛘?，代謝物水平增加可表明產(chǎn)生異常蛋白的遺傳突 變，這導(dǎo)致代謝物的過量產(chǎn)生和/或累積，然后導(dǎo)致其它相關(guān)生化途徑的改變并導(dǎo)致通過該途徑的正常流動(flux)失調(diào)；此外，生化中間代謝物的積累可能是有毒的或者可能損害用于相關(guān)途徑的必要中間物的產(chǎn)生。各途徑之間的關(guān)系可能目前尚不知道而這些數(shù)據(jù)可揭示這樣的關(guān)系。例如，數(shù)據(jù)表明涉及氮排泄、氨基酸代謝、能量代謝、氧化應(yīng)激、嘌呤代謝和膽酸代謝的生化途徑中的代謝物在前列腺癌受試者中富集。此外，癌癥受試者中多胺水平更高，表明鳥氨酸脫羧酶的水平和/或活性增加。已知多胺可作為有絲分裂劑起作用并與自由基破壞有關(guān)。這些觀察結(jié)果表明導(dǎo)致多胺(或?qū)е氯魏萎惓Ｉ飿擞?產(chǎn)生的途徑可提供大量潛在靶標，這可用于藥物發(fā)現(xiàn)。然后，鑒定為潛在藥物靶標的蛋白質(zhì)可用于鑒定可作為治療前列腺癌潛在候選物的組合物，包括用于基因治療的組合物。VII1.治療前列腺癌的方法
對前列腺癌的生物標記進行鑒定，也允許治療前列腺癌。例如，為了治療患有前列腺癌的受試者，可將有效量的、在前列腺癌中降低(與未患前列腺癌的健康受試者相比)的一種或多種前列腺癌生物標記給予所述受試者?？山o予的所述生物標記可包括表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10中的一種或多種生物標記，所述生物標記在前列腺癌中減少。在一些實施方案中，所給予的所述生物標記是在表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10中所列出的一種或多種生物標記，所述生物標記在前列腺癌中減少并且其P-值小于0.10。在其它實施方案中，所給予的所述生物標記是在表認、18、34、38、54、58、7八、78、8和/或10中所列出的一種或多種生物標記，所述生物標記在前列腺癌中減少至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100% (即不存在)。IX.將前列腺癌生物標記用于其它類型癌癥的方法
認為本文所述的主要前列腺癌生物標記中的一些也可以是其它類型癌癥(包括例如肺癌或腎癌)的生物標記。因此認為，可在本文所述的方法中使用至少一些前列腺癌生物標記，用于其它類型的癌癥。也就是說，本文關(guān)于前列腺癌所述的方法也可用于診斷(或有助于診斷)任何類型的癌癥，監(jiān)測任何類的癌癥的進展/消退的方法，評價組合物用于治療任何類型癌癥的功效的方法，針對調(diào)節(jié)任何類型癌癥相關(guān)生物標記的活性而對組合物進行篩選的方法，鑒定任何類型癌癥的潛在藥物靶標的方法，和治療任何類型癌癥的方法。可如本文對于前列腺癌所描述的那樣，進行這樣的方法。X.將前列腺癌生物標記用于其它前列腺病癥的方法
認為，本文所述的前列腺 癌生物標記中的一些通常也可以是前列腺病癥(例如前列腺炎、良性前列腺肥大(BHP))的生物標記。因此認為，通?？稍诒疚乃龅姆椒ㄖ惺褂弥辽僖恍┣傲邢侔┥飿擞?，用于前列腺病癥。也就是說，本文關(guān)于前列腺癌所述的方法也可用于診斷(或有助于診斷)前列腺病癥，監(jiān)測前列腺病癥進展/消退的方法，評價組合物用于治療前列腺病癥的功效的方法，針對調(diào)節(jié)前列腺病癥相關(guān)生物標記的活性而對組合物進行篩選的方法，鑒定前列腺病癥的潛在藥物靶標的方法，和治療前列腺病癥的方法?？扇绫疚膶τ谇傲邢侔┧枋龅哪菢?，進行這樣的方法。X1.其它方法
也考慮了其它使用本文所討論的生物標記的方法。例如，可使用包括本文所公開的一種或多種生物標記的小分子概況，進行以下專利中所述的方法:美國專利號7，005，255、美國專利號7，329, 489、美國專利號7，553，616、美國專利號7，550, 260、美國專利號7，550，258、美國專利號7，635，556、美國專利申請?zhí)?1/728，826、美國專利申請?zhí)?2/463，690和美國專利申請?zhí)?2/182，828。在本文所列出的任何方法中，所用的生物標記可選自表1A、1B、3A或3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10中的那些生物標記(其P-值小于0.05)和/或表ΙΑ、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10中的那些生物標記(其q_值小于0.10)。在本文所述的任何方法中所用的生物標記也可選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10中的那些生物標記，其在前列腺癌中減少(與對照相比)或其在緩解中(in remission)減少(與對照或前列腺癌相比)達至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少 95% 或 100% (即不存在);和 / 或表 1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8 和 / 或 10 中的那些生物標記，其在前列腺癌中增加(與對照或緩解相比)或其在緩解中增加(與對照或前列腺癌相比)達至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少100%、至少110%、至少120%、至少130%、至少140%、至少150%或更聞。實施例以下說明性實施例將進一步解釋本發(fā)明，所述實施例旨在非限制性的。1.通用方法
A.前列腺癌代謝概況的鑒定
分析每個樣品以測定數(shù)百種代謝物的濃度。使用分析技術(shù)例如GC-MS (氣相色譜-質(zhì)譜)和LC-MS (液相色譜-質(zhì)譜)來分析代謝物。同時和平行地分析多個等分試樣，并且在合適的質(zhì)量控制(QC)之后，將得自各分析的信息重新組合。按照數(shù)千個特征來表征每個樣品，其最終共計為數(shù)百種化學(xué)物類。所用的技術(shù)能夠鑒定新的和在化學(xué)上未命名的化合物。統(tǒng)計分析
用T檢驗來分析數(shù)據(jù)，以鑒定以差異水平存在于可限定群體或亞群體中的分子(已知的、已命名的代謝物或未命名的代謝物)(例如與對照生物樣品相比或與前列腺癌緩解中的患者相比，前列腺癌生物樣品的生物標記)，所述分子可用于鑒別可限定的群體(例如前列腺癌和對照、低侵略性前列腺癌和高侵略性前列腺癌)。也可鑒定可限定群體或亞群體中的其它分子(已知的、已命名的代謝物或未命名的代謝物)。也使用隨機森林分析來分析數(shù)據(jù)。隨機森林給出在新數(shù)據(jù)組中的個體是如何好地分類到現(xiàn)存組中的估計。隨機森林分析基于實驗單元和化合物的連續(xù)抽樣，創(chuàng)建一組分類樹。然后基于來自所有分類樹的多數(shù)票(majority votes)，可將每個觀察結(jié)果分類。在統(tǒng)計學(xué)上，基于變量組合(在這種情況下變量是代謝物或化合物)，分類樹將觀察結(jié)果分到各組。用于創(chuàng)建樹的算 法中有許多變化。樹算法搜索在兩組之間提供最大分裂(split)的代謝物(化合物)。這產(chǎn)生節(jié)點。然后在每個節(jié)點，使用提供最佳分裂的代謝物，諸如此類。如果不能對節(jié)點加以改進，則它終止在該節(jié)點并且在該節(jié)點的任何觀察結(jié)果被分類為多數(shù)組(majority group)。隨機森林基于大量的(例如數(shù)千棵)樹而進行分類?；衔镒蛹陀^察結(jié)果子集用于創(chuàng)建每棵樹。用于創(chuàng)建樹的觀察結(jié)果稱為袋內(nèi)(in-bag)樣品，而其余樣品稱為袋外(out-of-bag)樣品。由袋內(nèi)樣品創(chuàng)建分類樹，并且由該樹預(yù)測袋外樣品。為了得到觀察結(jié)果的最終分類，基于其為袋外樣品的時間計算每組“得票”。例如，假設(shè)觀察結(jié)果I被2，000棵樹分類為“對照”，但被3，000棵樹分類為“疾病”。采用“多數(shù)獲勝(majority wins)”作為標準，將該樣品分類為“疾病”。將隨機森林的結(jié)果概述在混淆矩陣(confusion matrix)中。各行對應(yīng)于真實分組，各列對應(yīng)于來自隨機森林的分類。因此，對角元素表明正確分類。對于2組而言，因隨機可能性將會發(fā)生50%誤差，對于3組而言，因隨機可能性將會隨機發(fā)生66.67%誤差等?！按狻?00B)誤差率給出使用隨機森林模型可如何準確預(yù)測新觀察結(jié)果的估計(例如樣品是否來自患病受試者或?qū)φ帐茉囌?。也有興趣地看到在最終分類中哪些變量更“重要”?！爸匾詧D”顯示按其重要性排列的最高級別的化合物。重要性的排列有不同標準，但總體思想是與去掉較不重要的變量相比，去掉重要變量將導(dǎo)致準確性的更大降低。最重要的已鑒定生物標記見表3A、3B、5A、5B、7A 和 7B。C.生物標記的鑒定對在分析(例如GC-MS、LC-MS、MS-MS)中鑒定的多個峰，包括經(jīng)鑒定具有統(tǒng)計顯著性的那些，進行基于質(zhì)譜的化學(xué)鑒定過程。實施例1
生物標記通過以下步驟而發(fā)現(xiàn):(I)分析來自不同人受試者組的組織樣品，以測定所述樣品中的代謝物水平，然后(2)對其結(jié)果進行統(tǒng)計學(xué)分析，以測定在這兩組中差異性存在的那些代謝物。.用于分析的組織樣品是:61份對照組織，其為來自不含癌細胞的前列腺組織切片的無癌組織(即來自癌性前列腺并經(jīng)測定不含癌性細胞)；46份前列腺組織樣品，來自器官局限性(T_0C)前列腺癌癥腫瘤(即較低侵略性前列腺癌)；和25份前列腺組織樣品，來自非器官局限性(T_N0C)前列腺癌癥腫瘤(即高侵略性前列腺癌)。測定代謝物水平之后，用單變量T檢驗(即Welch’ s T檢驗)對數(shù)據(jù)進行分析。T檢驗用于判定兩個群體(即前列腺癌(T)相對于對照(C)，高侵略性的(T_N0C)前列腺癌相對于較低侵略性的(T_0C)前列腺癌)，和高侵略性前列腺癌的鄰近組織(N_N0C)相對于較低侵略性前列腺癌對照的鄰近組織(N_0C))之間代謝物平均水平的差異。生物標記:
正如下表IA和IB所列舉的，發(fā)現(xiàn)生物標記在來自以下的組織樣品之間差異性存在:1.)前列腺癌癥腫瘤和經(jīng)測定無癌性細胞的對照前列腺組織(即來自從患者切除的癌性前列腺的不含癌性細胞的前列腺組織切片)，2.)侵略性前列腺腫瘤(即為非-器官局限性NOC的腫瘤)和較低侵略性的前列腺腫瘤(即為器官局限性O(shè)C的腫瘤)，和3.)介于NOC和OC癌癥之間，使用鄰近NOC癌癥腫瘤或OC癌癥腫瘤的非癌組織。研究包括從患有非-器官局限性(NOC)前列腺腫瘤的25個受試者和患有(OC)器官局限性前列腺癌癥腫瘤的46個受試者中采集的組織。

對于每種所列舉的生物標記，表IA和表IB包括在生物標記相關(guān)的數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析中測定的P-值和q-值以及癌癥樣品的平均水平與對照平均水平相比的比率(表IA和1B，第3-5列)，在生物標記相關(guān)的數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析中測定的P-值和q_值以及鄰近高侵略性前列腺癌(N_N0C)的非癌組織的平均水平與鄰近較低侵略性前列腺癌(N_0C)的非癌組織的平均水平相比的比率(表IA和1B，第6-8列)，以及在生物標記相關(guān)的數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析中測定的P-值和q_值以及高侵略性前列腺癌(T_N0C)平均水平的癌癥腫瘤平均水平與較低侵略性前列腺癌(T_0C)平均水平的癌癥腫瘤相比的比率(表IA和1B，第9-11列)。表格中所用的術(shù)語“同量異位素(Isobar) ”表示在分析中所用的分析平臺上無法彼此區(qū)分的化合物(即在同量異位素中的化合物幾乎同時洗脫并具有類似(有時完全相同)的量子離子(quant ion),因此無法區(qū)分)。表IA和1B.前列腺癌的生物標記。圖例:C，鄰近癌組織的過盤非癌組織；T，腫瘤癌組織；N_N0C，鄰近非-器官局ME癌癥腫瘤的並^癌性組織；N_0C，鄰近器官局限性癌癥腫瘤的非-癌性組織；T_N0C,非-器官局限性的腫瘤組織；T 0C,器官局限性的腫瘤組織
表1Α.
權(quán)利要求
1.在患有前列腺癌的受試者中鑒別低級前列腺癌與高級前列腺癌的方法，所述方法包括: 分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中低級前列腺癌和/或高級前列腺癌的一種或多種生物標記的水平，其中所述一種或多種生物標記選自表ΙΑ、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8 和 / 或 10，和 比較所述樣品中的所述一種或多種生物標記的水平與相對于高級前列腺癌而區(qū)分的低級前列腺癌-陽性參考水平和/或相對于低級前列腺癌而區(qū)分的高級前列腺癌-陽性參考水平，以確定所述受試者是否患有低級或高級前列腺癌。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述一種或多種生物標記選自表1A、1B、5A、5B、7A、7B和/或10。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述生物樣品是前列腺組織，所述一種或多種生物標記選自表 1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8 和 / 或 10。
4.權(quán)利要求3的方法,其中所述一種或多種生物標記選自表10。
5.權(quán)利要求4的方法,其中所述一種或多種生物標記選自腐胺、乳酸鹽、5，6-二氫尿嘧啶、10-十九碳烯酸鹽、NAD+、精胺、N-乙酰腐胺、琥珀酰肉毒堿、3-(4-羥基苯基)乳酸鹽、2-棕櫚酰甘油磷酸乙醇胺、亞精胺、2-磷酸甘油、甘氨酰纈氨酸和/或磷酸乙醇胺。
6.權(quán)利要求5的方法，其中所述生物標記代謝物選自腐胺、乳酸鹽、5，6_二氫尿嘧啶、10-十九碳烯酸鹽、NA D+、精胺和/或N-乙酰腐胺。
7.權(quán)利要求5的方法，其中所述生物標記選自腐胺、2-磷酸甘油和/或甘氨酰纈氨酸。
8.權(quán)利要求5的方法，其中所述生物標記選自磷酸乙醇胺、腐胺和/或亞精胺。
9.權(quán)利要求5的方法，其中所述生物標記選自琥珀酰肉毒堿、3-(4-羥基苯基)乳酸鹽、2-棕櫚酰甘油磷酸乙醇胺、乳酸鹽和/或亞精胺。
10.權(quán)利要求5的方法，其中所述生物標記選自腐胺、乳酸鹽、5，6-二氫尿嘧啶、10-十九碳烯酸鹽、NAD+、精胺、N-乙酰腐胺、琥拍酰肉毒堿、3-(4-輕基苯基)乳酸鹽、2-棕櫚酰甘油磷酸乙醇胺、亞精胺、2-磷酸甘油、甘氨酰纈氨酸和/或磷酸乙醇胺。
11.診斷受試者是否患有前列腺癌的方法，所述方法包括: 分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中一種或多種前列腺癌生物標記的水平，其中所述一種或多種生物標記選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10，和 比較所述樣品中的所述一種或多種生物標記的水平與所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平，以診斷所述受試者是否患有前列腺癌。
12.權(quán)利要求11的方法，其中所述一種或多種生物標記選自P值小于0.05的表IA和/或表IB中的那些生物標記，和/或q值小于0.10的表IA和/或表IB中的那些生物標記。
13.權(quán)利要求11的方法，其中所述一種或多種生物標記選自表1A、1B、3A、3B和8。
14.權(quán)利要求11的方法，其中所述方法包括分析所述生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的兩種或更多種生物標記的水平。
15.權(quán)利要求11的方法，其中所述方法包括分析所述生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的三種或更多種生物標記的水平。
16.權(quán)利要求11的方法，其中所述方法包括分析所述生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的四種或更多種生物標記的水平。
17.權(quán)利要求11的方法，其中所述方法包括分析所述生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的五種或更多種生物標記的水平。
18.權(quán)利要求11的方法，其中所述方法包括分析所述生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的十種或更多種生物標記的水平。
19.權(quán)利要求11的方法，其中所述方法包括分析所述生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的十五種或更多種生物標記的水平。
20.權(quán)利要求11的方法，其中所述生物樣品是前列腺組織，所述一種或多種生物標記選自表 1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8 和 / 或 10。
21.權(quán)利要求11的方法，其中所述生物樣品是前列腺組織，所述一種或多種生物標記選自表 1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B 和 / 或 10。
22.權(quán)利要求11的方法，其中所述生物樣品是尿，所述一種或多種生物標記選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8 和 / 或 10。
23.權(quán)利要求22的方法，其中所述一種或多種生物標記選自表8。
24.權(quán)利要求23的方法，其中所述生物樣品是DRE尿樣品。
25.權(quán)利要求11的方法，其中使用一種或多種選自質(zhì)譜、ELISA和抗體連接的技術(shù)來分析所述樣品。
26.判定受試者是否易于發(fā)展前列腺癌的方法，所述方法包括: 分析來自受試者的生物樣品，以測定所述樣品中一種或多種前列腺癌生物標記的水平，其中所述一種或多種生物標記選自表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10 ;和 比較所述樣品中的所述一種或多種生物標記的水平與所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平，以判定所述受試者是否易于發(fā)展前列腺癌。
27.在受試者中監(jiān)測前列腺癌的進展/消退的方法，所述方法包括: 分析來自受試者的第一生物樣品，以測定所述樣品中一種或多種前列腺癌生物標記的水平，其中所述一種或多種生物標記選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10并且第一樣品在第一時間點得自所述受試者； 分析來自受試者的第二生物樣品，以測定所述一種或多種生物標記的水平，其中第二樣品在第二時間點得自所述受試者；和 比較第一樣品中一種或多種生物標記的水平與第二樣品中一種或多種生物標記的水平，從而在所述受試者中監(jiān)測前列腺癌的進展/消退。
28.權(quán)利要求22的方法，其中所述方法還包括將第一樣品中一種或多種生物標記的水平、第二樣品中一種或多種生物標記的水平、和/或第一和第二樣品中一種或多種生物標記的水平的比較結(jié)果，與所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性和/或前列腺癌-陰性參考水平進行比較。
29.評價組合物用于治療前列腺癌的功效的方法，所述方法包括: 分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)組合物治療的受試者的生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記的水平；和 比較所述樣品中的所述一種或多種生物標記的水平與(a)先前采自所述受試者的生物樣品中的所述一種或多種生物標記的水平，其中所述先前采集的生物樣品是經(jīng)所述組合物治療之前得自所述受試者的，(b)所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陽性參考水平，和/或(C)所述一種或多種生物標記的前列腺癌-陰性參考水平。
30.評價組合物在治療前列腺癌中的功效的方法，所述方法包括: 分析來自受試者的第一生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記的水平，第一樣品在第一時間點得自所述受試者； 將所述組合物給予所述受試者； 分析來自所述受試者的第二生物樣品，以測定所述一種或多種生物標記的水平，第二樣品是在給予所述組合物之后在第二時間點得自所述受試者的； 比較第一樣品中一種或多種生物標記的水平與第二樣品中的所述一種或多種生物標記的水平，以評價所述組合物用于治療前列腺癌的功效。
31.評價兩種或更多種組合物用于治療前列腺癌的相對功效的方法，所述方法包括: 分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)第一組合物治療的第一受試者的第一生物樣品，以測定選自表認、川、34、38、54、58、74、78、8和/或10的一種或多種生物標記的水平; 分析來自患有前列腺癌并在當(dāng)前或先前經(jīng)第二組合物治療的第二受試者的第二生物樣品，以測定所述一種或多種生物標記的水平；和 比較第一樣品中一種或多種生物標記的水平與第二樣品中的所述一種或多種生物標記的水平，以評價第一和第二組合物用于治療前列腺癌的相對功效。
32.針對調(diào)節(jié)一種或多種前列腺癌生物標記的活性而對組合物進行篩選的方法，所述方法包括: 使一種或多種細胞接觸組合物； 分析至少一部分的所述一種或多種細胞或與所述細胞相關(guān)的生物樣品，以測定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記的水平；和 比較所述一種或多種生物標記的水平與所述生物標記的預(yù)定標準水平，以判定所述組合物是否調(diào)節(jié)所述一種或多種生物標記的水平。
33.權(quán)利要求32的方法，其中所述生物標記的預(yù)定標準水平是在所述組合物不存在時在一種或多種細胞中的所述一種或多種生物標記的水平。
34.權(quán)利要求32的方法，其中所述生物標記的預(yù)定標準水平是未接觸所述組合物的一種或多種對照細胞中的所述一種或多種生物標記的水平。
35.權(quán)利要求32的方法，其中所述方法在體內(nèi)進行。
36.權(quán)利要求32的方法，其中所述方法在體外進行。
37.鑒定前列腺癌的潛在藥物靶標的方法，所述方法包括: 鑒定選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種前列腺癌生物標記相關(guān)的一種或多種生化途徑；和 鑒定影響一種或多種經(jīng)鑒定生化途徑中的至少一種的蛋白，所述蛋白是前列腺癌的潛在藥物靶標。
38.治療患有前列腺癌的受試者的方法,所述方法包括給予所述受試者有效量的選自表1A、1B、3A、3B、5A、5B、7A、7B、8和/或10的一種或多種生物標記，所述生物標記在前列腺癌中降低。
全文摘要
提供了前列腺癌相關(guān)的生物標記(和生物標記組)，以及使用所述生物標記(及其組)的方法，包括前列腺癌的早期預(yù)測、疾病分級、靶標鑒定/證實和藥物功效的監(jiān)測。
文檔編號G01N33/48GK103229052SQ201180046869
公開日2013年7月31日 申請日期2011年7月27日 優(yōu)先權(quán)日2010年7月28日
發(fā)明者J·R·舒斯特, M·W·米切爾, J·E·麥克登, B·內(nèi)里 申請人:梅塔博隆公司