用于胰腺癌診斷及治療響應(yīng)的生物標(biāo)記物的制作方法
【專利摘要】用于胰腺癌特別是胰腺導(dǎo)管腺癌(DACP)的生物標(biāo)記物、方法和早期診斷試劑盒，以及用于預(yù)測或生物標(biāo)記物，方法和試劑盒或裝置，以預(yù)測或預(yù)后胰腺導(dǎo)管腺癌患者個(gè)體對(duì)具有核苷類似物(優(yōu)選吉西他濱)和生長因子受體(優(yōu)選厄洛替尼)的組合治療的反應(yīng)。
【專利說明】
用于膜腺癌診斷及治療響應(yīng)的生物標(biāo)巧物
技術(shù)領(lǐng)域
[0001]本發(fā)明屬于分子生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。具體地說，本發(fā)明設(shè)及用于為膜腺導(dǎo)管腺癌 的早期診斷獲得有用數(shù)據(jù)的方法。早期診斷是通過分析生物標(biāo)記物FGF10，CX化11，0SM， GPNMB和SCF進(jìn)行的。本發(fā)明還設(shè)及用于獲得對(duì)預(yù)測或預(yù)后膜腺導(dǎo)管腺癌患者對(duì)核巧類似物 (吉西他濱)和生長因子受體(厄洛替尼)聯(lián)合治療的反應(yīng)的有用數(shù)據(jù)的方法。預(yù)后是通過分 析血清生物標(biāo)記物CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1-化和PD-ECGF來執(zhí)行的。
【背景技術(shù)】
[醒]膜腺導(dǎo)管腺癌
[0003] 膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)，雖然只占所有癌癥的2.68%，卻是所有類型的癌癥中死亡 率最高的一種。運(yùn)種癌癥的去年(2012年)新發(fā)病例達(dá)44000人，其中37400人死亡(85%)。男 性和女性的患病風(fēng)險(xiǎn)大致相似(Siegel et al. ,2012.C.A.Cancer J.Clin.62,10-29)。
[0004] 治療反應(yīng)低下的原因包括診斷延遲，因?yàn)樵诖蠖鄶?shù)情況下，當(dāng)檢測到癌癥時(shí)，已經(jīng) 發(fā)生了癌癥轉(zhuǎn)移和抗化學(xué)療法的內(nèi)在機(jī)制化idalgo，2010 .N.化gl .J.Med. 362，1605-1617; Sakar et al. 2007.Toxicol .Appl.陸armacol. 224,326-336)。鑒于早期診斷對(duì)患者存活的 影響（（Agarwal et al.,2008.Pancreas 36,15-20)，需要更好的診斷工具才能檢測和評(píng)價(jià) 該疾病。血清是獲得用于研究惡性腫瘤的樣本的最佳選擇，因其可W采取非侵入性方法來 獲取。在膜腺癌的情況下，其特別有用，因?yàn)楂@得祀器官是非常困難的。鑒于運(yùn)些原因，基于 血清的腫瘤生物標(biāo)記物最容易用于篩查測試。迄今為止，基于血清的唯一 DACP生物標(biāo)記物 是碳水化合物抗原19-9(CA)，其靈敏度范圍為從70至98%，取決于腫瘤大小(化an et al.， 2012. J. Proteomics)。但是，如果腫瘤的大小小于2厘米，則無法檢測到該生物標(biāo)記，且其在 10 %的患者缺乏表達(dá)。運(yùn)也發(fā)生在其他疾病中。因此，近期開始，美國腫瘤學(xué)會(huì)(American Society of Oncology)不推薦 CA 19-9 用于 DACP 篩查試驗(yàn)（Duffy et al., 2010. Ann. Oncl. 21,441-447)。炎癥性疾病和腫瘤發(fā)生之間有密切的關(guān)系（Mantovani et 曰1.,2008.化1:腳6 454,436-444;661'1]1日]1〇6131.,2008.切1:〇1^]16 43,374-379)。膜腺癌的 特征在于致密結(jié)締組織增生反應(yīng)，其代表著防止化療劑在疾病的主要部位有效釋放的主要 障礙。此外，復(fù)雜的腫瘤微環(huán)境滋養(yǎng)膜腺癌的侵襲和轉(zhuǎn)移（Shields et al. ,2012.Biochem J.44 1,54 1-542；Nesse et a 1 . ,20 1 1 . Gut . 60 , 86 1-868；Luo et al., 2012.Biochim.Bio地ys Acta. 1826,170-178)。由癌細(xì)胞或由腫瘤微環(huán)境內(nèi)的細(xì)胞釋放的 細(xì)胞因子是該反應(yīng)的締造者?；谏鲜銮闆r，我們認(rèn)為，細(xì)胞因子水平的調(diào)制可W反映導(dǎo)致 疾病或化療發(fā)展的進(jìn)程。基于抗體的陣列是一種發(fā)現(xiàn)癌癥生物標(biāo)記物的有用工具。運(yùn)種方 法具有為癌癥生物標(biāo)記物的早期檢測提供快速、充分的認(rèn)識(shí)的突出能力，為癌癥治療提供 了新的方法（Breman et al.,2010.化t.Rev.(Mincer 10,605-617)。因此，鑒別和驗(yàn)證單獨(dú) 或成組的生物標(biāo)記物W快速檢測DACP(診斷生物標(biāo)記物），將有助于提高患者存活。
[0005] 另一方面，對(duì)于該疾病患者的預(yù)后是令人沮喪的。由于化療在該疾病中低療效，W 及腫瘤在診斷時(shí)的轉(zhuǎn)移情況，不到5%的患者在診斷后能存活5年。運(yùn)種疾病的發(fā)展是通過 知之甚少的復(fù)雜過程，設(shè)及突變和多個(gè)細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)途徑病癥的結(jié)合。所有運(yùn)一切都說明 了運(yùn)種情況在不同的患者之間觀察到的異質(zhì)性和結(jié)果差異。近年來，沒有出現(xiàn)任何改進(jìn)來 增加 DACP患者的存活化idalgo,2010.Pancreatic cancer.N.化gl.J.Med.362,1605-1617; Costello et al.,2012.Nat.Rev.Gastroenterol Hepatol.9,435-444.)。
[00(?] 生物標(biāo)記物
[0007]生物標(biāo)記物(生物標(biāo)記），根據(jù)美國國立衛(wèi)生研究院(NIH)生物標(biāo)記物，是可W作為 正常的生物過程、病理狀況或治療過程后的藥理學(xué)反應(yīng)的指標(biāo)進(jìn)行客觀測量和評(píng)估的特征 (Fong et al.,2012.(Mincer J.18,530-538.)。
[000引 Ξ種類型的DACP生物標(biāo)記物是有用的：有助于檢測疾病（診斷性生物標(biāo)記物）；用 于預(yù)測治療反應(yīng)(預(yù)測性生物標(biāo)記物)和用于預(yù)測疾病可能病程，包括存活和復(fù)發(fā)模式(預(yù) 后性生物標(biāo)記物）。預(yù)后性生物標(biāo)記物可W指導(dǎo)治療方案，幫助確定可受益于更積極的干預(yù) 的患者，新化療方案，也有利于為醫(yī)生和患者建立新的期望。在最近幾年中，已使用免疫組 織化學(xué)、免疫印跡法、CRP、mRNA，、蛋白質(zhì)組學(xué)和DNA甲基化方法對(duì)DACP預(yù)后性生物標(biāo)記物進(jìn) 行了多項(xiàng)研究（Jamieson et al.,2011.Clin Cancer Res 17,3316-333;Ga;rcea et al., 2005.Eur.J.Cancer 41,2213-2236;Luo et al.,2013.Hum.化thol.44,69-76;Mann et al. ,2012.PL0S One 7,e51119；Dallol et al. ,2012. Cancer lipidemiol. Biomarkers. Prev. 21,2069-2075)。
[0009] 本研究的重點(diǎn)在于可能在DACP患者（甚至是在其接受治療之前)預(yù)后中用作生物 標(biāo)記物的炎癥介質(zhì)。已在癌癥患者的炎性細(xì)胞因子水平中發(fā)現(xiàn)素亂，甚至是在病程的初級(jí) 階段。免疫反應(yīng)在癌變過程中起著顯著作用，且循環(huán)系統(tǒng)炎性標(biāo)記物可W是用于癌癥的診 斷和預(yù)后的有用生物標(biāo)記物（Schetter et al.,2010.Carcinogenesis 31,37-49;Ge;rmano et al. ,2008.切tokine 43,374-379)。細(xì)胞因子是信號(hào)傳導(dǎo)分子，且充當(dāng)著免疫反應(yīng)或炎 癥的關(guān)鍵介質(zhì)。該起始假說是基于微環(huán)境和促結(jié)締組織增生性反應(yīng)在DACP的發(fā)生和發(fā)展中 的重要作用，由此腫瘤內(nèi)和周圍微環(huán)境中的細(xì)胞因子表達(dá)模式可能是潛在的DACP預(yù)后性生 物標(biāo)記物。
[0010] 本研究的目的是調(diào)查血清細(xì)胞因子對(duì)DACP患者的腫瘤的反應(yīng)的預(yù)后能力。為了確 定最顯著充分的生物標(biāo)記物組合，采用了條件算法，其基于概率分析，并調(diào)整適于Cox回歸 模型。得到了用于運(yùn)一特定人群的存活的方程式。

【發(fā)明內(nèi)容】

[00"] 早期診斷的生物標(biāo)記物
[0012] 本發(fā)明的第一個(gè)方面設(shè)及使用FGF-10，CX化11，051，6?醒8和5〔。的基因（和/或蛋 白質(zhì)）用于膜腺癌的早期診斷的用途。該用途可W是同時(shí)使用所述基因（和/或蛋白質(zhì))或使 用任一基因（和/或蛋白質(zhì)），或可W選擇其任意組合。
[0013] 在本發(fā)明運(yùn)一方面的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，所述膜腺的癌癥是膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)
[0014] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及用于獲得用于膜腺癌早期診斷的有用數(shù)據(jù)的方法，下文 中稱為本發(fā)明的第一個(gè)方法，包括：
[0015] a)獲得來自個(gè)體的分離的樣品。
[0016] b)測量選自下列基因的表達(dá)產(chǎn)物:FGF10,巧化11，0SM，GPNMB和SCF。
[0017] 可W同時(shí)測量所有基因的表達(dá)產(chǎn)物或測量任一基因（和/或蛋白質(zhì)），或可W選擇 其任意組合。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的方法還包括：
[0018] C)比較在步驟(b)中獲得的所述量與參考量。
[0019] 在本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施例中，上述方法的所述步驟(b)和/或(C)可W完全或部分自 動(dòng)化。
[0020] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種診斷方法，其包括根據(jù)權(quán)利要求3-5中任一項(xiàng)所述 的步驟(a) -(C)，且還包括：當(dāng)所述步驟(a)的個(gè)體顯示出的基因 FGF-10，CX化11，0SM，GPNMB 和SCF表達(dá)產(chǎn)物量高于所述參考量時(shí)，將所述對(duì)象劃分為膜腺癌患者個(gè)體組。
[0021 ]在本發(fā)明運(yùn)一方面的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，所述膜腺癌是膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)。
[0022] 在本發(fā)明的方法的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，從步驟(a)的個(gè)體中分離的生物方法是血 液樣品。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，F(xiàn)GF-10，CX化11，0SM，GP醒B和SCF基因中的任一個(gè)的表 達(dá)量是通過免疫測定法來進(jìn)行檢測的。
[0023] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述免疫測定是酶聯(lián)免疫吸附測定化LISA)。
[0024] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種用于治療膜腺癌患者個(gè)體的抗體(或可選地，使用 抗體制備用于治療可W本發(fā)明方法進(jìn)行鑒別的膜腺癌的藥物的用途），其中所述抗體選自 抗FGF-10、抗CX化11、抗0SM、抗GP醒和抗SCF抗體或其任意組合。優(yōu)選地，使用上述所有抗體 的組合。在本發(fā)明的運(yùn)一方面的另一優(yōu)選實(shí)施例中，所述膜腺的癌癥是膜腺導(dǎo)管腺癌 (DACP)。本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種包含選自基因 FGF-10，CX化11，05]?，6口醒8和5〔。中的 至少一個(gè)的調(diào)節(jié)劑的藥物組合物，用于治療可W由本發(fā)明的方法來鑒別的膜腺癌(且更優(yōu) 選地，膜腺導(dǎo)管腺癌（DACP))患者個(gè)體（或者可選地，一種包含選自基因 FGF-10，CXCL11， 0SM，GPNMB和SCF中的至少一個(gè)的調(diào)節(jié)劑的藥物組合物在制備用于膜腺癌治療的藥物中的 用途）。
[0025] 本發(fā)明的另一方面設(shè)及一種試劑盒或裝置，下文中稱為"本發(fā)明的第一種試劑 盒"，其包括需要測量的基因的表達(dá)產(chǎn)物從它們的FGF-10，CX化11，0SM，GPNMB和選定量的元 素 SCF或其任意組合。
[0026] 在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的第一種試劑盒包含選自抗FGF-10,抗CX化11，抗 0SM，抗GP醒和抗SCF抗體的抗體或其任意組合。優(yōu)選地，本發(fā)明的試劑盒同時(shí)包括W下每種 類型中的至少一種抗體:抗FGF-10，抗CX化11，抗0SM，抗GP醒和抗SCF抗體。
[0027] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的第一種試劑盒包括二級(jí)抗體或陽性和/或陰 性對(duì)照。該試劑盒還可W包括，但不限于，緩沖劑、蛋白質(zhì)提取液、用于防止污染的試劑、蛋 白降解抑制劑等。
[0028] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種固體支持物或蛋白質(zhì)忍片，其包含抗FGF-10,抗 CX化11，抗0SM，抗GPM1和抗SCF抗體中的至少一種或其任意組合，W用于執(zhí)行本發(fā)明的任一 方法。本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種固體支持物或DNA忍片，其包括從FGF-10，CX化11，0SM， GPNMB和SCF基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設(shè)計(jì)的寡核巧酸或單通道 微陣列。優(yōu)選地，其包括能夠檢測FGF-10，EG-VEGF，IL-29，NRGl-βΙ和PD-ECGF的全部基因的 mRNA的寡核巧酸。
[0029] 治療反應(yīng)的生物標(biāo)記物
[0030] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及使用CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m和PD-ECGF的基因 (和/或蛋白質(zhì)）用于預(yù)測或預(yù)后個(gè)體的對(duì)核巧類似物加表皮生長因子受體抑制劑的聯(lián)合療 法的反應(yīng)的用途，其中所述個(gè)體患有膜腺癌。
[0031] 在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，治療所用的核巧類似物是吉西他濱。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí) 施例中，治療所用的表皮生長因子受體抑制劑是厄洛替尼。
[0032] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述癌癥是膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)。
[0033] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及用于獲得對(duì)預(yù)測或預(yù)后對(duì)個(gè)體的膜臟癌治療的反應(yīng)有 用的數(shù)據(jù)的方法，W下稱為本發(fā)明的第Ξ種方法，包括：
[0034] a)獲得來自個(gè)體的分離的樣品。
[0035] b)測量選自下列基因的表達(dá)產(chǎn)物:CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1 -β 1和PD-ECGF。在另 一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的第Ξ方法還包括：
[0036] C)使用W下公式，W步驟b)的細(xì)胞因子值得到預(yù)后指數(shù)(ΡΙ)值：
[0037] 肺ac = 4.351 X B7-1/CD80+0.003 X EG-VEGF/PK1+0.081 X 比-29+0.020
[0038] XNGRl-batsl/HRGl-batal+0.264XPD-ECGF
[0039] 其中，PI〉17的個(gè)體具有疾病的預(yù)后不良。在運(yùn)方面的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，PI〉17的 個(gè)體的存活期小于五個(gè)月。
[0040] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，PI含17的個(gè)體表現(xiàn)出更好的疾病預(yù)后。在該方面的另 一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，PI含17的個(gè)體的存活期超過五個(gè)月的時(shí)間。
[0041] 在本發(fā)明的第Ξ種方法的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，所述核巧類似物是吉西他濱。在另 一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述表皮生長因子受體抑制劑是厄洛替尼。
[0042] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述癌癥是膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)。
[0043] 在本發(fā)明的運(yùn)一方面的另一優(yōu)選實(shí)施例中，生物樣品(a)是血液樣品，且更優(yōu)選為 血清。
[0044] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，通過免疫測定法來檢測CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-f31 和PD-ECGF中任一基因的表達(dá)量。
[0045] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述免疫測定是酶聯(lián)免疫吸附測定化LISA)。
[0046] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種用于治療可用本發(fā)明的方法來鑒別的膜腺癌癥的 患者個(gè)體的抗體，其中所述抗體選自抗CD80，抗EG-VEGF，抗IL-29，抗NRGl-m和抗PD-ECGF 抗體，或其任意組合。
[0047] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種包含選自CD80、EG-VEGF、比-29、NRGl-ei和PD-ECGF 中的至少一種的調(diào)節(jié)劑的藥物組合物，用于治療可用本發(fā)明的方法來鑒別的膜腺癌的患者 個(gè)體(或者可選地，使用包含選自CD80、EG-VEGF、比-29、NRGl-ei和PD-ECGF中的至少一種的 調(diào)節(jié)劑的藥物組合物用于治療膜腺癌的用途）。
[0048] 本發(fā)明的另一方面設(shè)及一種試劑盒或裝置，W下稱為本發(fā)明的第二種試劑盒，其 包括用于測量選自CD80，EG-VEGF，化-29，NRG1-β巧日PD-ECGF基因或其任意組合的表達(dá)量的 必要元件。
[0049] 更優(yōu)選地，本發(fā)明的第二種試劑盒包含被選自W下的抗體:抗CD80，抗EG-VEGF，抗 IL-29，抗NRGl-m和抗PD-ECGF抗體，或其任意組合。優(yōu)選地，本發(fā)明的第二種試劑盒同時(shí)包 括W下每種類型中的至少一種抗體:抗CD80，抗EG-VEGF，抗IL29，抗NRGl-βΙ和抗PD-ECGF抗 體。
[0050]本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種固體支持物或蛋白質(zhì)忍片，其包含抗CD80、抗EG- VEGF、抗IL29、抗NRGl-β巧日抗PD-ECGF抗體中的至少一種或其任意組合，W用于執(zhí)行本發(fā)明 的任一方法。
[0化1] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種固體支持物或DNA忍片，其包括從CD80、EG-VEGF、 比-29、NRGl-m和PD-ECGF基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設(shè)計(jì)的寡核 巧酸或單通道微陣列。
[0052] 本發(fā)明的方法的實(shí)施
[0053] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)或者可傳輸信號(hào)，其包括可令 計(jì)算機(jī)執(zhí)行本發(fā)明的方法的步驟的軟件指令。
【具體實(shí)施方式】
[0054] 在說明書和權(quán)利要求書中的詞語"包括"及其變體，并不旨在排除其它技術(shù)特征、 添加劑，組分或步驟。對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言，可W部分通過閱讀說明書，部分經(jīng)過本發(fā) 明的實(shí)施，來理解本發(fā)明的其他目的、有點(diǎn)和特征。
[00巧]概念定義
[0056] "分離的生物樣品"包括，通過由本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何方法獲得細(xì)胞、組織 和/或身體的生物流體，等等。
[0057] 本說明書中所稱的術(shù)語"個(gè)體"設(shè)及動(dòng)物，優(yōu)選為哺乳動(dòng)物，更優(yōu)選為人類。術(shù)語 "個(gè)體"不旨在具有限制性，在任何方面中，其可W是任何年齡，性別和身體狀況的個(gè)體。
[0058] 基因的表達(dá)水平將得到特定基因表達(dá)圖譜。術(shù)語"表達(dá)水平"，也稱"基因產(chǎn)物量" 或"表達(dá)產(chǎn)物量"，設(shè)及基因的表達(dá)得到的生化材料(RNA或蛋白質(zhì)）。有時(shí)，測量基因產(chǎn)物的 量來推斷基因的活躍程度。"基因表達(dá)圖譜"定義為在分離的生物樣品中，測量生物標(biāo)記物 的感興趣的基因（即由基因 FGF-10，CX化 11，0SM，GPNMB，SCF，CD80，EG-VEGF，化-29，NRG1 -化 和PD-ECGF)產(chǎn)生的mRNA和/或蛋白獲得的基因圖譜。優(yōu)選地，可W通過本領(lǐng)域中已知的實(shí)驗(yàn) 方案來從分離的生物樣品中提取總RNA含量，W測定轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的mRNA水平，W得到基因表達(dá) 圖譜。
[0059] FGF-10，CX化 11，0SM，GPNMB，SCF，CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1 -β 巧 PPD-ECGF 的表達(dá) 產(chǎn)物的量的檢測，可W通過本領(lǐng)域已知的任何方法進(jìn)行。本發(fā)明的發(fā)明人已經(jīng)展示了，針對(duì) 所述細(xì)胞因子的抗體量或濃度的半定量或定量檢測，能夠?qū)加心は賹?dǎo)管腺癌的個(gè)體進(jìn)行 早期診斷。
[0060] 所述基因的表達(dá)產(chǎn)物的的量或濃度，優(yōu)選為半定量或定量測定，其可直接或間接 測定。直接測量設(shè)及W直接來自所述基因的轉(zhuǎn)錄物或蛋白質(zhì)的信號(hào)為基礎(chǔ)的基因的量或表 達(dá)產(chǎn)物濃度的測量，且其直接與基因產(chǎn)生的RNA分子或蛋白質(zhì)數(shù)量相關(guān)。該信號(hào)-也可W稱 為強(qiáng)度信號(hào)-可W通過例如測量所述產(chǎn)物的化學(xué)或物理性質(zhì)的強(qiáng)度值而得到。間接測量包 括從次要組分或生物測量系統(tǒng)(例如，對(duì)細(xì)胞應(yīng)答、配體、"標(biāo)記"或酶反應(yīng)產(chǎn)物的測量)獲得 的測量值。
[0061] 本說明書中所稱的術(shù)語"量"，設(shè)及但不限于，基因的表達(dá)產(chǎn)物的絕對(duì)或相對(duì)量或 抗體的量，W及任何與其相關(guān)的值或參數(shù)或自此衍生的值或參數(shù)。所述值或參數(shù)包括通過 直接測量從表達(dá)產(chǎn)物的任何物理或化學(xué)性質(zhì)的強(qiáng)度得到的信號(hào)值。此外，所述值或參數(shù)包 括所有間接測量得到的值或參數(shù)，例如，本申請(qǐng)的其他部分所描述的任意測量系統(tǒng)。
[0062] 本說明書中所稱的術(shù)語"比較"，設(shè)及但不限于，需分析的基因表達(dá)產(chǎn)物或生物樣 品（也稱為測試生物樣品）的量，與一個(gè)或多個(gè)期望的參考樣本的基因表達(dá)產(chǎn)物的量進(jìn)行比 較。所述參考樣本可W，例如，同時(shí)或相繼地地，與測試生物樣品一起進(jìn)行分析。
[0063] 本說明書中所稱的術(shù)語"標(biāo)記化合物"設(shè)及可產(chǎn)生顯色、巧光、放射和/或化學(xué)發(fā)光 信號(hào)的化合物，其允許對(duì)抗 FGF-10，CX化11，0SM，GPNMB，SCF，CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m 和PD-ECGF的抗體的量進(jìn)行檢測和定量。所述標(biāo)記化合物選自放射性同位素、酶、巧光團(tuán)或 任何易于標(biāo)記另一分子或檢測和/或直接測量的任意分子。此標(biāo)記化合物可W直接或通過 其他化合物結(jié)合到抗體上。直接結(jié)合的標(biāo)記化合物的一些實(shí)例是，但不限于:酶，如堿性憐 酸酶或過氧化物酶;放射性同位素，如32P或35S;巧光染料，如巧光素或金屬顆粒，分別用于 由比色法、自動(dòng)射線照相法、巧光法或金相法的直接檢測。
[0064] 本說明書中所稱的術(shù)語"免疫測定法"設(shè)及任何基于抗體抗原結(jié)合反應(yīng)的分析技 術(shù)?，F(xiàn)有技術(shù)中已知的免疫測定法的例子是，例如，但不限于:免疫印跡，酶聯(lián)免疫吸附測定 化LISA)，直系免疫測定化IA)，放射免疫測定(RIA)，免疫巧光，X-染色體圖或蛋白質(zhì)忍片。
[0065] 術(shù)語"多核巧酸"和"核酸"在本申請(qǐng)中可交換地使用，指的是任何長度的核巧酸聚 合物形式，可W是核糖核巧酸(RNA)和脫氧核糖核巧酸(DNA)。
[0066] 術(shù)語"氨基酸序列"，1太"，"寡膚"，"多膚"和"蛋白質(zhì)"在本申請(qǐng)中可交換地使用， 并設(shè)及任何長度的氨基酸的聚合物形式，其可W是編碼或非編碼形式，經(jīng)過化學(xué)或生物化 學(xué)修飾。
[0067] 早期診斷生物標(biāo)記物
[0068] 本發(fā)明的發(fā)明人已經(jīng)分析了健康個(gè)體、未經(jīng)治療的的DACP個(gè)體和患有DACP且經(jīng)過 吉西他濱和厄洛替尼治療的個(gè)體中的細(xì)胞因子家族成員。據(jù)發(fā)現(xiàn)，許多標(biāo)記物能夠用于 DACP個(gè)體的早期診斷。因此，本發(fā)明提供了用于獲得用于DACP個(gè)體的早期診斷的有用數(shù)據(jù) 的方法。因此，本發(fā)明的第一個(gè)方面設(shè)及使用FGF10，CX化11，0SM，GPNMB和SCF的基因（和/或 蛋白質(zhì)）用于膜腺癌的早期診斷的用途。該用途可W是所述基因（和/或蛋白質(zhì)）同時(shí)使用或 使用其中任一，或可W選擇其任意組合。
[0069] 在本發(fā)明運(yùn)一方面的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，所述膜腺的癌癥是膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)
[0070] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及用于獲得用于早期診斷的膜腺癌的有用數(shù)據(jù)的方法，下 文中稱為本發(fā)明的第一個(gè)方法，，包括：
[0071 ] a)獲得來自個(gè)體的分離樣品。
[0072] b)測量選自下列基因的表達(dá)產(chǎn)物:FGF10，巧化11，0SM，GPNMB和SCF。
[0073] 可W同時(shí)測量所有基因的表達(dá)產(chǎn)物或測量任一基因（和/或蛋白質(zhì)），或可W選擇 其任意組合。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的方法還包括：
[0074] C)比較在步驟(b)中獲得的所述量與參考量。
[0075] 在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，上述方法的所述步驟(b)和/或(C)可W完全或部 分自動(dòng)化，例如，將傳感器機(jī)器人設(shè)備用于步驟(b)中的量檢測或所述步驟(C)中計(jì)算機(jī)化 比較。
[0076] 本發(fā)明的該方面的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例設(shè)及一種膜腺癌診斷方法，其包括本發(fā)明的第 一種方法的步驟(a) -(C)，且還包括：當(dāng)所述步驟(a)的個(gè)體顯示出的基因 FGF-10，CX化11， OSM，GP醒B和SCF表達(dá)產(chǎn)物量高于所述參考量時(shí)，將所述對(duì)象劃分為膜腺癌患者個(gè)體組?？?能是。6。-10，〔乂化11，051，6?醒8和5〔。中任一基因或所有基因的表達(dá)產(chǎn)物量高于所述參考 量。
[0077] 在本發(fā)明的方法的一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，步驟(a)的從個(gè)體分離的生物樣品是血 液樣品，且更優(yōu)選為血清。
[0078] 本發(fā)明的方法的部分(C)所述的比較可W手動(dòng)執(zhí)行或計(jì)算機(jī)輔助執(zhí)行。
[0079] 適當(dāng)參考量可W通過本發(fā)明方法從參考樣本分析得到，例如，與試驗(yàn)生物樣品一 起同時(shí)或相繼進(jìn)行測定。因此，例如，但不限于，參考樣品可W是陰性對(duì)照，即通過本發(fā)明的 方法從未患病個(gè)體的樣品中檢測到的量。
[0080] 下面將描述作為評(píng)估對(duì)象的細(xì)胞因子的特征：
[0081 ] FGF-10基因，即成纖維細(xì)胞生長因子l(KKGF-2:角質(zhì)細(xì)胞生長因子2)位于染色體5 (5P13-P12)。據(jù)記載，運(yùn)一因素在器官發(fā)生初級(jí)階段中是形態(tài)發(fā)生啟動(dòng)子，W及膜腺上皮干 細(xì)胞增殖的調(diào)節(jié)子(Bhushan et al. ,2001.Development 128,5109-5117) JGF10/FGFR2- ΠΙΒ信號(hào)通路和膜腺癌細(xì)胞的遷移和侵襲之間的聯(lián)系最近被發(fā)現(xiàn)，其是通過誘導(dǎo)I型膜基 質(zhì)金屬蛋白酶并轉(zhuǎn)化作為間質(zhì)上皮轉(zhuǎn)化的重要調(diào)節(jié)子的生長因子TGF-i31(Nomura et al.， 2008.Br.J.(Mincer 99,305-313)。
[0082] 在本發(fā)明中，F(xiàn)GF-10還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID NO: 8，的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0083] a)編碼包含SEQ ID N0:8,的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0084] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0085] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0086] d)包含與SEQ ID NO:8具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有FGF-10蛋白的活性和 結(jié)構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 1。
[0087] 基因 CX化11，即趨化因子(c-x-c基序)配體11(CXC基序趨化因子丫干擾 素誘導(dǎo)蛋白9;干擾素誘導(dǎo)的Τ細(xì)胞趨化α化學(xué)引誘物;小誘導(dǎo)細(xì)胞因子Β11;小誘導(dǎo)細(xì)胞因子 子族Β(切S-X-切S)成員11;小誘導(dǎo)細(xì)胞因子亞科Β(切s-X-Cys)成員9Β;小誘導(dǎo)細(xì)胞因子 611，化74，1-了4(：，？1-9，1?9,5〔￥811，5〔￥898,8-1?1)位于4號(hào)染色體(4921.2)?！瞾V化11是與受 體CXCR3相互特異作用的趨化因子。其刺激MAPK激酶途徑的憐酸化，導(dǎo)致增殖并預(yù)防調(diào)亡 (Miekus et al.,2010.Folia Histochem.切tobiol.48,104-111)。此外，其在若干癌癥腫 瘤發(fā)生中的作用亦有記載化0 et al. ,2010.Am.J.Pathol.176,2435-2446;化ruya et al. ,2011 .Gynecol .Oncol. 122,648-655)。我們?cè)诖耸状螆?bào)告將CX化11作為DACP患者的一 個(gè)可能生物標(biāo)記物，但其最近也被作為前列腺腺癌的血清生物標(biāo)記物提出化lee et al.， 2012. Clin. Toxicol.58，599-609)。
[0088] 在本發(fā)明中，CX化11還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID NO: 9，的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0089] a)編碼包含SEQ ID N0:9,的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0090] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0091] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0092] d)包含與SEQ ID NO:9具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有CX化11蛋白的活性和 結(jié)構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO:2。
[0093] 基因 OMS，即抑癌蛋白M(CXC基序趨化因子丫干擾素誘導(dǎo)蛋白9;干擾素誘 導(dǎo)Τ細(xì)胞α化學(xué)引誘物;小誘導(dǎo)細(xì)胞因子Β11;小誘導(dǎo)細(xì)胞因子亞科Β(切S-X-切S)件11;小誘 導(dǎo)細(xì)胞因子亞科Β(半脫氨酸-X-半脫氨酸)成員9Β;小誘導(dǎo)細(xì)胞因子Β11，化74，I-TAC，PI-9， 1口9,5〔￥811，5〔￥898,8-31)包含在4號(hào)染色體(4921.2)中。抑癌蛋白1屬于白介素6同一家 族，并刺激參與傷口修復(fù)的若干功能。雖然最初描述為白血病細(xì)胞生長抑制劑(Zarling et al.，1986. Proc.化t. Acad. Sci . USA. 83，9739-43)，最近據(jù)發(fā)現(xiàn)，其可具有雙重作用，還可作 為促進(jìn)細(xì)胞增殖，遷移和侵襲的啟動(dòng)子(Fossey et al. 2011，BMC Cancer 11,125 ;Li et al.,2011.Int.J.Mol.Med.28,101-108;Winder et al.,2011.J.化thol.225,448-462; Tiffen et al. ,2008.Mol.Endocrinol.22,2677-2688)。一旦OMS與其受體結(jié)合，即可促進(jìn) Janus激酶家族通路(JAKVSTAT的相互憐酸化和激活。STAT3的一些轉(zhuǎn)錄目標(biāo)是DACP生物學(xué) 的重要促進(jìn)因素 （Corcoran et al.,2011.(Mincer Res.71,5020-5029)。
[0094] 在本發(fā)明中，OMS還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID NO: 10的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[00M] a)編碼包含SEQ ID NO: 10的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0096] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0097] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[009引 d)包含與SEQ ID NO: 10具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有0MS蛋白的活性和結(jié) 構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO:3。
[0099] 基因 GPNMB，即糖蛋白（跨膜)nmb(UNQ1725/PR09925，HGFIN，NMB，糖蛋白NMB;糖蛋 白NMB樣蛋白質(zhì);骨活素;跨膜糖蛋白HGFIN;跨膜糖蛋白，NMB NQ1725/PR09925，HGFIN，NMB) 包含在7號(hào)染色體(7pl5)中。糖蛋白GPNMB，也稱為骨活素(0A)，DC-HIL或HGFIN，是I型跨膜 蛋白，其一開始被描述為W不可檢測的低水平存在于惡性細(xì)胞中（Weterman et al.， 1995.Int.J.化ncer 60,73-81)。但是，最近的研究已經(jīng)記載了6?醒8/骨活素在一些癌癥如 黑色素瘤（Tomihari et al.,2010.Cancer Res 70,5778-5787;Tse et al., 2006.Clin.Cancer Res.12,1373-1382)、葡萄膜黑色素瘤（Williams et al.， 2010.Melanoma res.20,184-190)、神經(jīng)膠質(zhì)瘤化uan et al.,2006.Clin.(Mincer Res. 12, 1970-1982)、肝細(xì)胞癌（Onaga et al.，2003. J. Hepatol. 39，779-785)和乳腺癌中，可作為 轉(zhuǎn)移和侵襲的啟動(dòng)子(Rose et al. ,2010.PLos One 5,12093)，其中其還被記載為可充當(dāng) 預(yù)后復(fù)發(fā)指標(biāo)（Rose et al.,2010.Clin.Cancer Res.16,2147-2156)。最近，還報(bào)告了 GPNMB在肌萎縮性側(cè)索硬化患者的骨髓中作為運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元變性誘導(dǎo)物的誘導(dǎo)作用(Tanaka et al.，2012.5(^.1^口.2,573)。在本發(fā)明中，6口醒8還定義為核巧酸或多核巧酸序列，形成 包含于SEQ ID NO: 11或SEQ ID NO: 12的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0100] a)編碼包含SEQ ID NO: 11或SEQ ID NO: 12的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0101] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0102] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0103] d)包含與沈Q ID NO: 11 或沈Q ID NO: 12具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的 一致性的氨基酸序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有 6口醒8蛋白的活性和結(jié)構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列569 10^):4或569 10顯:5。基因 SCF，旨化IT配體化ITLG，F(xiàn)PH2，化-1，Kitl，MGF，SCF，SF，S肥P7，c-Kit配體;家族性進(jìn)行性色 素沉著2;kit配體;肥大細(xì)胞生長因子;青灰因子;干細(xì)胞因子)包含在12號(hào)染色體（12q22)。 SCF是酪氨酸激酶受體C-試劑盒化IT)的主配體。其結(jié)合支持細(xì)胞表達(dá)KIT中的增殖、分化和 存活，無論是在正常細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞中，包括膜腺癌細(xì)胞（Y a S U d a e t a 1 .， 2006. Mol.Cancer 5,46)(通過激活（PI3K)/Akt通路）；MAPK和STAT(Yasuda et al.， 2007. Dig.Dis.Sci. 52,2292-2300) dW前的分析已經(jīng)記載了結(jié)腸直腸癌血清和DACP中的高 水平干細(xì)胞因子（SCF)(Mroczko et al. ,2005. Clin. Toxicol 丄曰6. Med. 43,146-150; Mroczko et al.,2004. Cl in .Toxico1. Lab . Med .42,256-260；Mroczko et al., 2005.Int.J. Colorectal Dis.22,33-38)。
[0104] 在本發(fā)明中，SCF還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID NO: 13或SEQ ID NO: 14的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[01化]a)編碼包含SEQ ID NO: 13或SEQ ID NO: 14的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0106] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0107] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[010引 d)包含與沈Q ID NO: 13或沈Q ID NO: 14具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的 一致性的氨基酸序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有SCF 蛋白的活性和結(jié)構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7。
[0109] 由于DACP展現(xiàn)出多種基因和表觀疾病，并牽設(shè)數(shù)種信號(hào)通路，CA 19-9和數(shù)種生物 標(biāo)記物的組合可能代表了一種建立新的診斷標(biāo)記物的新方法。本發(fā)明發(fā)明人選擇了 FGF- 10，〔乂化11，05]?，6?醒8和8〔。用于所述疾病的早期診斷。
[0110] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，基因 FGF-10，CX化11，(^，6口醒8和8〔。中的任一種的表 達(dá)量的檢測通過免疫測定進(jìn)行。
[0111] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，免疫測定是酶聯(lián)免疫吸附測定化LISA)。所述化ISA是 基于W下假設(shè):免疫試劑(抗原或抗體)可W固定在固體支持物中，然后令該系統(tǒng)與含有可 W與標(biāo)記化合物結(jié)合的互補(bǔ)試劑的流體相接觸。有不同類型的化ISA:直接化ISA，間接 ELISA，或夾屯屯LISA:
[0112] 本發(fā)明的另一個(gè)方面，設(shè)及一種用于治療患有可通過本發(fā)明的方法來識(shí)別的膜腺 癌癥的個(gè)體的抗體(或可選地，一種抗體用于制備膜腺癌治療的藥物中的用途），其中所述 抗體選自抗FGF-10、抗CX化11、抗0SM、抗GP醒和抗SCF抗體，或其任意組合。優(yōu)選地，使用上 述所有抗體的組合。
[0113] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種藥物組合物，其包含選自FGF-10，CXCL11，0SM; GPNMB和SCF基因中的至少一個(gè)的調(diào)節(jié)劑，W治療患有可通過本發(fā)明的方法來識(shí)別的膜腺癌 癥的個(gè)體(或可選地，使用包含選自FGF-10，CXCL11，0SM; GP醒B和SCF基因中的至少一個(gè)的 調(diào)節(jié)劑的藥物組合物用于制備膜腺癌的治療藥物的用途）。優(yōu)選地，所述組合物同時(shí)包含調(diào) 節(jié)FGF-10，CX化11，0SM; GPNMB和SCF中所有基因的一種或多種試劑。更優(yōu)選地，該藥物組合 物還包含另一種活性成分。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述調(diào)節(jié)劑選自抗FGF-10,抗 CX化11，抗OSM，抗GP醒和抗SCF抗體，或其任意組合。
[0114] 本發(fā)明的另一方面設(shè)及一種試劑盒或裝置，下文中稱為本發(fā)明的第一種試劑盒， 其包括測量FGF-10，CX化11，0SM;GPNMB和SCF的基因表達(dá)產(chǎn)物量的必要元件或其任意組合。
[0115] 在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的第一種試劑盒包含選自W下列表的抗體：抗 FGF-10，抗CX化11，抗0SM，抗GP醒和抗SCF抗體，或其任意組合。優(yōu)選地，本發(fā)明的試劑盒同 時(shí)包括W下每種類型中的至少一種抗體:抗FGF-10，抗CX化11，抗0SM，抗GP醒和抗SCF抗體。
[0116] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的第一種試劑盒包括二級(jí)抗體或陽性和/或陰 性對(duì)照。該試劑盒還可W包括，但不限于，緩沖劑、蛋白質(zhì)提取液、用于防止污染的試劑、蛋 白降解抑制劑等。
[0117] 另一方面，所述試劑盒可W包括所有設(shè)置和優(yōu)化所必需的容器。優(yōu)選地，該試劑盒 還包含用于執(zhí)行本發(fā)明的方法的說明。
[0118] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種固體支持物或蛋白質(zhì)忍片，其包含抗FGF-10,抗 CX化11，抗0SM，抗GPM1和抗SCF抗體中的至少一種或其任意組合，用于執(zhí)行本發(fā)明的任一方 法。本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種固體支持物或DNA忍片，其包括從FGF-10，CX化11，0SM， GPNMB和SCF基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設(shè)計(jì)的寡核巧酸或單通道 微陣列。優(yōu)選地，其包括能夠檢測FGF-10，EG-VEGF，比-29，NRGl-βΙ和PD-ECGF中所有基因的 mRNA的寡核巧酸。
[0119] 因此，例如，使用光刻法W個(gè)核巧酸進(jìn)行鏈延長，從而在忍片表面構(gòu)建所述寡核巧 酸序列。
[0120] 因此，寡核巧酸通過核巧酸選擇性活化法于3'端錯(cuò)定，W光透過光掩模的選擇性 入射，通過光不穩(wěn)定試劑進(jìn)行保護(hù)。光掩?？蒞是物理的或虛擬的。
[0121] 因此，寡核巧酸探針可W是從10至100個(gè)核巧酸，更優(yōu)選地，20至70個(gè)核巧酸，更優(yōu) 選24至30個(gè)核巧酸。為了測量基因表達(dá)，每個(gè)基因優(yōu)選使用約40個(gè)寡核巧酸。
[0122] 固體支持物(例如，玻璃)上的原位合成，可W通過噴墨技術(shù)進(jìn)行，運(yùn)需要較長的探 針。支架可W是過濾器或NC或尼龍膜(帶電荷），涂布氨基硅烷、聚賴氨酸、醒或環(huán)氧樹脂的 顯微鏡用娃片或玻片。探針是每個(gè)忍片樣品。標(biāo)祀是待分析樣品。信使RNA、總RNA、CRP片段 等。
[01U] 治療反應(yīng)的生物標(biāo)記物
[0124] 另一方面，本發(fā)明的發(fā)明人分析了經(jīng)吉西他濱+厄洛替尼組合治療的DACP患者個(gè) 體的血清中的細(xì)胞因子家族的507種蛋白質(zhì)。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了可用于DACP個(gè)體預(yù)后的一些標(biāo)記。 因此，本發(fā)明提供了一種用于獲得經(jīng)吉西他濱+厄洛替尼組合治療的DACP患者個(gè)體的反應(yīng) 預(yù)后的有用數(shù)據(jù)的方法，甚至是在其接受所述治療之前。
[0125] 因此，本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及使用基因 CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m和PD- ECGF用于預(yù)測或預(yù)后個(gè)體對(duì)核巧類似物和表皮生長的反應(yīng)因子受體抑制劑治療的反應(yīng)的 用途，其中所述個(gè)體患有膜腺癌。
[0126] 在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述核巧類似物是吉西他濱。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中， 所述表皮生長因子受體抑制劑是厄洛替尼。
[0127] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述癌癥是膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)。
[0128] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及用于獲得對(duì)預(yù)測或預(yù)后對(duì)個(gè)體的膜臟癌治療的反應(yīng)有 用的數(shù)據(jù)的方法，W下稱為本發(fā)明的第Ξ種方法，包括：
[0129] a)獲得來自個(gè)體的分離的樣品。
[0130] b)測量選自下列基因的表達(dá)產(chǎn)物:CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1 -β 1和PD-ECGF。在另 一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的第Ξ方法還包括：
[0131] C)使用W下公式，W步驟b)的細(xì)胞因子值得到預(yù)后指數(shù)(ΡΙ)值：
[0132] IPpdac = 4.351 X B7-1/CD80+0.003 XEG-VEGF/PK1+0.081 X IL-29+0.020
[0133] XNGRl-betal/HRGl-batal+0.264XPD-ECGF
[0134] 其中，PI〉17的個(gè)體具有疾病的預(yù)后不良。在運(yùn)方面的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，PI〉17的 個(gè)體的存活期小于五個(gè)月。
[0135] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，PI含17的個(gè)體表現(xiàn)出更好的疾病預(yù)后。在該方面的另 一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，PI含17的個(gè)體的存活期超過五個(gè)月的時(shí)間。
[0136] 在本發(fā)明的第Ξ種方法的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施例中，所述核巧類似物是吉西他濱。在另 一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述表皮生長因子受體抑制劑是厄洛替尼。
[0137] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述癌癥是膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)。
[0138] 在本發(fā)明的運(yùn)一方面的另一優(yōu)選實(shí)施例中，生物樣品(a)是血液樣品。
[0139] 所述步驟(b)和/或(C)可W是完全或部分自動(dòng)的，例如，將傳感器機(jī)器人設(shè)備用于 步驟(b)中的量檢測或所述步驟(C)中計(jì)算機(jī)化比較。
[0140] 優(yōu)選地，步驟(a)中的個(gè)體的分離生物樣品是血液樣品(血清）。
[0141] 本發(fā)明的方法的部分(C)所述的比較可W手動(dòng)執(zhí)行或計(jì)算機(jī)輔助執(zhí)行。
[0142] 適當(dāng)參考量可W通過本發(fā)明方法從參考樣本分析得到，例如，與試驗(yàn)生物樣品一 起同時(shí)或相繼進(jìn)行測定。
[0143] 下面將描述作為評(píng)估對(duì)象的細(xì)胞因子的特征：
[0144] 那些評(píng)價(jià)的對(duì)象描述如下的細(xì)胞因子的特征：
[0145] CD80(也稱為B7-1):B7系統(tǒng)是最重要的次級(jí)信號(hào)傳導(dǎo)機(jī)制之一，對(duì)于維持免疫能 力和自體免疫抑制之間的微妙平衡至關(guān)重要。B7-UCD80)和B7-2(CD86)是抗原呈遞細(xì)胞中 的配體，均負(fù)責(zé)C-刺激信號(hào)傳導(dǎo)，因其調(diào)節(jié)T細(xì)胞的生長、成熟和耐受性(Seliger et al.， 2012.(Mincer Immunol. Immunother.61,1327-1341)。了細(xì)胞與其受體結(jié)合后被激活，提高存 活（Chen et al .，1994. J.Exp.Med. 179，523-532)。另一方面，其還可W遞送抑制性受體的 共抑制信號(hào)并阻斷T細(xì)胞的反應(yīng)。共刺激不足可能有助于腫瘤的進(jìn)行性生長。B7-1和B7-H1 的組合已經(jīng)被假定為DACP的一個(gè)預(yù)后因素。雖然B7-1的作用似乎是抗腫瘤，但在新的全局 視圖中，認(rèn)為B7家族成員的異常或不平衡表達(dá)可能有助于逃避免疫控制(Wang et al.， 2012.PLoS One 7，e45491;Wang et al.,2010.World J.Su巧.34,1059-1065)。
[0146] 在本發(fā)明中，CD80還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:24的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0147] a)編碼包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0148] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0149] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0150] d)包含與SEQ ID NO: 24具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有CD80蛋白的活性和結(jié) 構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 15。
[0151] EG-VEGF(也稱為PKl):運(yùn)種分子原理上描述為一種W組織特異性形式調(diào)節(jié)調(diào)節(jié)細(xì) 胞增殖和血管內(nèi)皮分化的特異性分裂素的一個(gè)例子。雖然該蛋白未顯示出任何與VEDF家族 的結(jié)構(gòu)同源性，其共有與增殖和遷移相關(guān)的不同調(diào)節(jié)功能化eCouter et al. ,2001.Na化re 412 ,877-884)。另據(jù)記載，EG-VEGF 與卵巢癌（Balu e t a 1 ., 2012.Rom.J.Morphol.Embryol.53,479-483)，結(jié)腸直腸癌（Nagano et al., 2007J.Surg.Oncol.96,605-610)，前列腺（Pasquali et al.,2006.Endocrinology 147, 4245-4251)，肝細(xì)胞化i et al. ,2006.J.Exp.Clin.Cancer Res.25,403-409)，膜腺（Jiang et al.,2009.Pancreatology 9, 165-172)和神經(jīng)母細(xì)胞瘤（Ngan et al., 2007. Clin.Cancer Res. 13,868-875)相關(guān)。其也是胎盤血管生成的一個(gè)因素(Brouillet, S.,2012.Trends lindocrinol.Metab.23,501-508)。
[0152] 在本發(fā)明中，EG-VEGF還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:25的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0153] a)編碼包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0154] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0155] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0156] d)包含與SEQ ID NO: 25具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有EG-VEGF蛋白的活性 和結(jié)構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 16。
[0157] IL-29:亦稱為IFN-λΙ，屬于IFN家族III型。據(jù)記載，其可誘導(dǎo)生物活性，類似于同 一家族的I型。雖然兩者都可W在許多類型的細(xì)胞中誘導(dǎo)抗增殖反應(yīng)，IFN-λ似乎更為受限。 由IFN-λ所產(chǎn)生的信號(hào)傳導(dǎo)觸發(fā)5了41'1，5了4了2,5了4了3和5了41'5路徑(分裂素(嫩?1〇活化的巧中 主要的激酶蛋白質(zhì)級(jí)聯(lián)）的激活，并通過憐脂酷肌醇-3-激酶使得蛋白激酶B(Akt)憐酸化 (PI3K；Kotenko et al.,2011.Curr.Opin. Immunol.23,583-590；Maher et al., 2008. Cancer Biol.Ther.7,1109-1115;Donnelly et al.,2010.J.Inte;rfe;ron Cytokine Res. 30,555-564)。但是，IFN-λ觸發(fā)所述旁路的能力，可能特定存在于改變的細(xì)胞或癌細(xì)胞 中。其他研究表明，活化MAPK可誘導(dǎo)多發(fā)性骨髓瘤的人細(xì)胞生長（Novak et al.， 2008丄e址emia 22，2240-2246)。在癌癥的大背景下，尤其是在DACP的背景下，比-29在宿主 應(yīng)答和免疫監(jiān)控中的具體作用尚無定論。
[0158] 在本發(fā)明中，化-29還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:26的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0159] a)編碼包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0160] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0161] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0162] d)包含與SEQ ID NO: 26具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有IL-29蛋白的活性和 結(jié)構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 17。
[0163] NRGl-βΙ:即神經(jīng)調(diào)節(jié)蛋白-1或調(diào)蛋白-1，是用于與受體化bB，ErbB3的和化bB4家 族成員結(jié)合的胞外蛋白的配體。與其受體相互作用后，會(huì)刺激若干生物事件，包括某些上皮 癌的誘導(dǎo)和進(jìn)展。蛋白質(zhì)NRGl/HRGl也在神經(jīng)系統(tǒng)，屯、臟和乳腺中起到重要作用，并且設(shè)及 某些疾病的發(fā)展，包括精神分裂癥和乳腺癌(Fallsetal.，2003.E邱.Cell.Res.284，14- 30;Hayes et al.,2008.J.Mammaiy Gland.Biol.Neoplasia 13,205-214)〇NRG1/HRG1 對(duì)血 管生成因子VEGF的調(diào)節(jié)已有記載(Yen et al. ,2000.Oncogene 19,3460-3469)。其增殖作 用很可能是通過多種通路的聯(lián)合作用來實(shí)現(xiàn)的，包括在DACP細(xì)胞已有具體記載的PI3K， MAPK和P38MAPK通路（Stove et al. ,2004.Clin.Exp.Met自S化sis 21,665-684)。存活率較 低的DACP患者具有HRG-β的mRNA高表達(dá)。ErbB3在膜腺腫瘤發(fā)生中起著重要作用，因其促進(jìn) 腫瘤細(xì)胞在體內(nèi)和體外的增殖。近來，已經(jīng)看到癌癥相關(guān)的成纖維細(xì)胞是如何發(fā)展配體 NRG1/HRG1，其通過化bB3/AKT調(diào)控的信號(hào)傳導(dǎo)激活DACP細(xì)胞，提高致癌作用。運(yùn)可能與厄洛 替尼化GFR抑制劑）在與吉西他濱結(jié)合用于治療DACP患者時(shí)效果不充分有關(guān)化iles et al. ,2011.Br.J.(Mincer 105,523-533)。
[0164] 在本發(fā)明中，NRGl/HRGl還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:27的蛋白編碼序列，且可W包括W下幾種變體：：
[0165] a)編碼包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0166] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0167] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[016引 d)包含與SEQ ID NO: 27具有至少80% ,90% ,95% ,98%或99%的一致性的氨基酸 序列的多膚的編碼核酸分子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有NRG1/HRG1蛋白的活 性和結(jié)構(gòu)特征。所述核酸分子包含序列SEQ ID NO: 18。
[0169] PD-ECGF:又稱胸巧憐酸化酶。其在食道癌、胃癌、肺癌、膜腺癌和結(jié)腸癌中的活性 和表達(dá)顯著高于非惡性鄰近組織，且可能在運(yùn)些實(shí)體瘤的增殖中發(fā)揮重要作用。PD-ECGF在 腫瘤細(xì)胞和相關(guān)腫瘤基質(zhì)細(xì)胞中均有表達(dá)。在膀脫癌、結(jié)腸直腸癌、胃癌、腎癌和膜腺癌的 回歸分析中，PD-ECGF已被標(biāo)記為不良結(jié)果的預(yù)后因子。
[0170] 在本發(fā)明中，PD-ECGF還定義為一種核巧酸或多核巧酸序列，其形成包含于SEQ ID N0:28、SEQ ID N0:29、沈Q ID N0:30、SEQ ID N0:31、沈Q ID N0:32的蛋白編碼序列，且可 W包括W下幾種變體：：
[0171] a)編碼包含沈Q ID N0:28、沈Q ID N0:29、SEQ ID N0:30、SEQ ID N0:31、沈Q ID N0:32的氨基酸序列的多膚的核酸分子，
[0172] b)其互補(bǔ)雜交鏈具有a)的多核巧酸序列的核酸分子，
[0173] C)序列由于基因密碼簡并性而不同于a)和/或b)的核酸分子，
[0174] d)包含與SEQ ID N0:28、SEQ ID N0:29、SEQ ID N0:30、SEQ ID N0:31、SEQ ID NO: 32具有至少80%，90%，95%，98%或99%的一致性的氨基酸序列的多膚的編碼核酸分 子，且其中由所述核酸編碼的所述多膚具有PD-ECGF蛋白的活性和結(jié)構(gòu)特征。所述核酸分子 包含序列沈Q ID NO: 19、沈Q ID NO:20、沈Q ID NO:21、沈Q ID NO:22、沈Q ID NO:23。
[01巧]在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，對(duì)基因 CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m和PD-ECGF中的 任一個(gè)的表達(dá)量的檢測是通過免疫測定進(jìn)行的。
[0176]在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述免疫測定是酶聯(lián)免疫吸附測定化LISA)。所述 ELISA是基于W下假設(shè):免疫試劑(抗原或抗體)可W固定在固體支持物中，然后令該系統(tǒng)與 含有可W與標(biāo)記化合物結(jié)合的互補(bǔ)試劑的流體相接觸。有不同類型的化ISA:直接化ISA，間 接化ISA,或夾屯屯LISA:
[0177] 本發(fā)明的另一個(gè)方面，設(shè)及一種用于治療患有可通過本發(fā)明的方法來識(shí)別的膜腺 癌癥的個(gè)體的抗體，其中所述抗體選自抗CD80、抗EG-VEGF、抗化-29、抗NRG1 -β 1和抗PD- ECG巧亢體，或其任意組合。優(yōu)選地，使用上述所有抗體的組合。
[0178] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種藥物組合物，其包含選自CD80，EG-VEGF，化-29， NRGl-βΙ和PD-ECGF基因中的至少一個(gè)的調(diào)節(jié)劑，W治療患有可通過本發(fā)明的方法來識(shí)別的 膜腺癌癥的個(gè)體(或可選地，使用包含選自CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-f3巧日PD-ECGF基因中 的至少一個(gè)的調(diào)節(jié)劑的藥物組合物用于制備膜腺癌的治療藥物的用途）。優(yōu)選地，所述組合 物同時(shí)包含調(diào)節(jié)CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-m和PD-ECGF中所有基因的一種或多種試劑。 更優(yōu)選地，該藥物組合物還包含另一種活性成分。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，所述調(diào)節(jié)劑選 自抗CD80，抗EG-VEGF，抗比-29，抗NRG1-化和抗PD-ECGF抗體，或其任意組合。
[0179] 本發(fā)明的另一方面設(shè)及一種試劑盒或裝置，下文中稱為本發(fā)明的第二種試劑盒， 其包括測量CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-f31和PD-ECGF的基因表達(dá)產(chǎn)物量的必要元件或其任 意組合。
[0180] 更優(yōu)選地，本發(fā)明的第二種試劑盒包含包含選自W下列表的抗體:抗CD80,抗EG- VEGF，抗IL-29，抗NRG1 -β 1和抗PD-ECGF，或其任意組合。優(yōu)選地，本發(fā)明的第二種試劑盒同 時(shí)包括W下每種類型中的至少一種抗體:抗CD80，抗EG-VEGF，抗IL29，抗NRGl-βΙ和抗PD- ECGF抗體。
[0181] 在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的第二種試劑盒包括二級(jí)抗體或陽性和/或陰 性對(duì)照。該試劑盒還可W包括，但不限于，緩沖劑、蛋白質(zhì)提取液、用于防止污染的試劑、蛋 白降解抑制劑等。
[0182] 另一方面，所述試劑盒可W包括所有設(shè)置和優(yōu)化所必需的容器。優(yōu)選地，該試劑盒 還包含用于執(zhí)行本發(fā)明的方法的說明。
[0183] 在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，本發(fā)明的第二種試劑盒包含預(yù)后指數(shù)值和個(gè)體分類的分 配，由此:如果所述個(gè)體表現(xiàn)出的ΡΙ〉17,則其具有該疾病的不良預(yù)后，而如果個(gè)體顯示ΡΙ< 17,則其具有該疾病的較好預(yù)后。優(yōu)選地，具有PI ^ 17的個(gè)體的存活時(shí)間超過5個(gè)月。在另一 個(gè)優(yōu)選的實(shí)施例中，PI〉17的個(gè)體的存活時(shí)間短于5個(gè)月。
[0184] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種固體支持物或蛋白質(zhì)忍片，其包含抗CD80,抗EG- VEGF，抗IL-29,抗NRGl-m和抗PD-ECGF抗體中的至少一種或其任意組合，用于執(zhí)行本發(fā)明 的任一方法。
[01化]本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種固體支持物或DNA忍片，其包括從CD80，EG-VEGF， 比-29，NRGl-m和PD-ECGF基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設(shè)計(jì)的寡核 巧酸或單通道微陣列。優(yōu)選地，其包括能夠檢測CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-m和PD-ECGF中 所有基因的mRNA的寡核巧酸。
[0186] 因此，例如，使用光刻法W個(gè)核巧酸進(jìn)行鏈延長，從而在忍片表面構(gòu)建所述寡核巧 酸序列。
[0187] 因此，寡核巧酸通過核巧酸選擇性活化法于3'端錯(cuò)定，W光透過光掩模的選擇性 入射，通過光不穩(wěn)定試劑進(jìn)行保護(hù)。光掩?？蒞是物理的或虛擬的。
[0188] 因此，寡核巧酸探針可W是從10至100個(gè)核巧酸，更優(yōu)選地，20至70個(gè)核巧酸，更優(yōu) 選24至30個(gè)核巧酸。為了測量基因表達(dá)，每個(gè)基因優(yōu)選使用約40個(gè)寡核巧酸。
[0189] 固體支持物(例如，玻璃)上的原位合成，可W通過噴墨技術(shù)進(jìn)行，運(yùn)需要較長的探 針。支架可W是過濾器或NC或尼龍膜(帶電荷），涂布氨基硅烷、聚賴氨酸、醒或環(huán)氧樹脂的 顯微鏡用娃片或玻片。探針是每個(gè)忍片樣品。標(biāo)祀是待分析樣品。信使RNA、總RNA、CRP片段 等。
[0190] 本發(fā)明的方法實(shí)施
[0191] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其包含可令計(jì)算機(jī)執(zhí)行根據(jù) 本發(fā)明的任意方法的步驟的軟件指令。
[0192] 本發(fā)明的另一個(gè)方面設(shè)及一種可傳輸信號(hào)，其包括可令計(jì)算機(jī)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的 任意方法的步驟的軟件指令。
【附圖說明】
[0193] 圖1(A)所示為整個(gè)研究人群的針對(duì)特定疾病的Kaplan-Meier存活曲線。Kaplan- Meier存活曲線定義為指定時(shí)間段內(nèi)的存活概率。每個(gè)時(shí)間段是兩個(gè)非同時(shí)終點(diǎn)事件之間 的時(shí)間。存活數(shù)據(jù)并未刪減，因?yàn)闆]有丟失任何個(gè)體的存活時(shí)間信息。（B-H)所述圖表示每 個(gè)單獨(dú)的生物標(biāo)記的Kaplan-Meier存活曲線，標(biāo)記為顯著預(yù)后標(biāo)記物：（B)臨床反應(yīng)；（C)年 齡；（D)BDNF;化）HVEM/TNFRSF14; ;(F)化-24;(G)化-29;(H)瘦素受體；（I)LRP-6和（J) R0B04。為了進(jìn)行二分，使用了最顯著的存活切點(diǎn)值。圖中展示了每個(gè)變量的對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)P 值。
[0194] 圖2.Cox回歸模型。根據(jù)(A):單變量模型或(B):多變量模型在DACP患者中觀察(如 正方形、Ξ角形和菱形點(diǎn)所示)和計(jì)劃(如實(shí)線所示）的預(yù)后曲線。Cox回歸的目的在于，檢測 所研究的給定事件(死亡）的風(fēng)險(xiǎn)和一個(gè)或多個(gè)被檢測的自變量之間的任何關(guān)系。（B)所示 為對(duì)應(yīng)于W3、4和5個(gè)細(xì)胞因子產(chǎn)生的模型的Ξ條曲線。正如預(yù)期，將預(yù)后曲線調(diào)整到對(duì)數(shù) 分布。用確定系數(shù)R2來表示擬合優(yōu)度模型。作為系數(shù)，所述模型提供了有用的預(yù)測，最準(zhǔn)確 的多變量模型為使用5個(gè)細(xì)胞因子的模型，達(dá)到92.6%。因此，我們的PI模型接近93%存活 變異度。
[01巧]圖3.PI Kaplan-Meier存活曲線。（A)所示為從涵蓋2個(gè)細(xì)胞因子的單變量模型分 析得到的PI存活曲線圖。選擇1.5作為切點(diǎn)值來劃分短存活時(shí)間短(巧個(gè)月）和長存活時(shí)間 (巧個(gè)月）的患者群體。（B)所示為從涵蓋5個(gè)細(xì)胞因子的度變量模型分析得到的PI存活曲線 圖。選擇17作為切點(diǎn)值來劃分短存活時(shí)間短(巧個(gè)月）和長存活時(shí)間。5個(gè)月）的患者群體。 圖中展示了每個(gè)比較的對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)P值。
[0196]圖4五個(gè)血清細(xì)胞因子各自的R0C曲線分析證明，其在DACP患者中差異表達(dá)。R0C曲 線概括了 DACP患者預(yù)測中的細(xì)胞因子精度。曲線(ABC)下的面積是所述生物標(biāo)記物的平均 靈敏度。非預(yù)測值的生物標(biāo)記的AUC為0.5,而具有完美疾病預(yù)測能力的生物標(biāo)記物的AUC為 1 dA所示為FGF-10的AUC值、切點(diǎn)值、靈敏度和特異性;B顯示了 I-CX化11的AUC值，切點(diǎn)值，靈 敏度和特異性;C顯示了 0SM的AUC值、切點(diǎn)值、靈敏度和特異性;D顯示了 GPNMB的AUC值、切點(diǎn) 值、靈敏度和特異性;E顯示了 SCF的AUC值、臨界值、敏感性和特異性;F顯示了五個(gè)細(xì)胞因子 結(jié)合的AUC值、切點(diǎn)值、靈敏度和特異性。所選擇的切點(diǎn)值(強(qiáng)度信號(hào)值)是具有最高的靈敏 度和特異性的值。
[0197] 發(fā)明實(shí)施例
[0198] 下面提供的實(shí)施例和附圖用于舉例說明，其目的并不在于限制本發(fā)明。
[0199] 所有數(shù)據(jù)分析和統(tǒng)計(jì)學(xué)分析用軟件IBM SPSS統(tǒng)計(jì)20或統(tǒng)計(jì)語言R進(jìn)行。使用軟件R 中的工具包"Array如alityMetrics"來去除消除任何可能的非典型值，W提高分析質(zhì)量。
[0200] 早期診斷的生物標(biāo)記物 [0201 ]材料和方法
[0202] 39名病例參加了運(yùn)項(xiàng)研究。設(shè)立了 Ξ個(gè)不同的群體：
[0203] 1) 12例健康患者，作為對(duì)照組。
[0204] 2) 14例未接受過治療的DACP患者(稱為預(yù)處理）。
[0205] 3)13例接收過2周吉西他濱+厄洛替尼的聯(lián)合治療的患者(稱為后處理）。
[0206] 所有患者在2008年至2011年間在Vi;rgen de las Nieves醫(yī)院(格拉納達(dá)，西班牙） 確診為DACP。所有患者信息，包括性別、年齡、病情程度和癥狀均被記錄下來?；颊叩钠骄?齡為66歲（41 -79歲），男女比例為50:50?；颊叩哪は傧侔┡R床分類為:狀態(tài)虹（28 % )和狀態(tài) IV(72%;表 1)。
[0207]
[020引表1.研究人群(n = 14)的臨床病理特性。信息收集自參與研究的所有DACP患者。
[0209] 樣品來源
[0210] 從相關(guān)倫理委員會(huì)同意批準(zhǔn)并經(jīng)患者簽署同意后，采集血樣。在2009至2011年間， 利用Virgen de las Nieves醫(yī)院(格拉納達(dá)，西班牙)腫瘤科的標(biāo)準(zhǔn)程序共收集39例血清樣 本。在研究開始時(shí)和治療(吉西他濱+厄洛替尼）2周后，從診斷患有DACP的患者W及健康個(gè) 體采集血液樣品。血液Wl500rpm在4°C下離屯、分離10分鐘后，得到血清。樣品的等分試樣儲(chǔ) 存在-80°C下。
[0211] 細(xì)胞因子抗體測定
[0212] 根據(jù)推薦的方法，用基于生物素標(biāo)記的抗體陣列（人抗體L系列507陣列 (RayBiotech，No;rc;ross，GA，USA)，測定可溶于DACP患者血清的蛋白質(zhì)。簡言之，將樣品生物 素化。將抗體固定在玻璃載片的指定位點(diǎn)上。培養(yǎng)生物樣品陣列，令細(xì)胞因子結(jié)合到其相關(guān) 抗體。使用標(biāo)記鏈霉抗HRP及比色法查看信號(hào)。最終的強(qiáng)度測量為原始強(qiáng)度，除去背景。每個(gè) 個(gè)體結(jié)果相對(duì)于陽性對(duì)照進(jìn)行歸一化。
[0213] 統(tǒng)計(jì)分析
[0214] 由于所有組中的細(xì)胞因子均為顯示正態(tài)分布，使用曼-惠特尼檢驗(yàn)來表示組間的 差異(p<0.05)。此外，計(jì)算了倍數(shù)變化(FC)。測試了細(xì)胞因子的倍數(shù)變化值，W指示相對(duì)表 達(dá)值。組間的強(qiáng)度信號(hào)FC含1.5或FC > 1.5均認(rèn)為不相關(guān)。計(jì)算了每個(gè)標(biāo)記物的受體可操作 特征(R0C)的曲線下面積(AUC)，W評(píng)估其表示真陽性值率(靈敏度)與假陽性值率（1-特異 性）的診斷顯著性。此外，為此組合生成了標(biāo)記組合指數(shù)，并繪制了 R0C曲線。選擇了切點(diǎn)值 來提高靈敏度和特異性。另外，使用箱形圖來表示后處理和預(yù)處理之間相比及預(yù)處理與對(duì) 照之間相比，對(duì)顯著變化的常見細(xì)胞因子表達(dá)的調(diào)控。
[0別引結(jié)果
[0216] DACP患者和健康組(對(duì)照組)的血清診斷生物標(biāo)記物分析
[0217] 為了找尋有助于DACP早期檢測的標(biāo)記物，進(jìn)行了廣泛的篩查，其中使用了 507個(gè)人 細(xì)胞因子的抗體陣列，W鑒別在健康個(gè)體和DACP患者之間差異表達(dá)的細(xì)胞因子。DACP患者 的臨床病理特征總結(jié)于表1中。如表2中所示，與健康志愿者相比，未治療的DACP患者有5個(gè) 過度表達(dá)的細(xì)胞因子(P<〇.〇5)。細(xì)胞因子FGF-10，CX化11，05]?，6?醒8和8〔?？纱?4〔口患者 改變的血清樣貌。
[021 引
[0219] 表2 5種細(xì)胞因子顯著過度表達(dá)。通過曼-惠特尼檢驗(yàn)檢測差異(P<0.05)。通過相 應(yīng)FC提供相對(duì)表達(dá)水平。組間的強(qiáng)度信號(hào)的每個(gè)FC。.5或FC> 1.5均認(rèn)為不相關(guān)。
[0220] 用于DACP早期診斷的血清標(biāo)記物的敏感性和特異性分析
[0221] 為了確定所述5種細(xì)胞因子是否可作為DACP早期檢測的標(biāo)記物，評(píng)估每個(gè)生物標(biāo) 記的單獨(dú)和組合的診斷價(jià)值（區(qū)分健康和疾病的能力）。使用的受體可操作特性(R0C)受體 的曲線下面積的方法，來分析每個(gè)生物標(biāo)記物的敏感性和特異性。該曲線是基于健康者和 在治療前后的個(gè)體的細(xì)胞因子水平。每種候選的生物標(biāo)記物獨(dú)立測定（圖4A-E)。所有可能 的新標(biāo)記物的AUC值為從0.74到0.78之間，W區(qū)分DACP患者和健康人。細(xì)胞因子FGF-10， CX化11，05]?，6?醒8和8〔。的1?0(：曲線下面積分別為0.744,0.737,0.744，分別0.776和0.772。 骨活素脫穎而出，得到了 DACP預(yù)測的最高靈敏度。然后，為了確定是否所述5種細(xì)胞因子整 體可用作DACP生物標(biāo)記物組，分析所述5個(gè)標(biāo)記的組合來得到綜合的R0C曲線。所述細(xì)胞因 子的組合組，顯著提高了所有生物標(biāo)記物分別單獨(dú)區(qū)分膜腺癌患者與健康對(duì)照組的能力， 所述的AUC值提高到0.841 (圖4F)。
[0222] 為了確定每個(gè)生物標(biāo)記的敏感性和特異性，確定了提供更高靈敏度和更高特異性 之間的最佳放棄點(diǎn)（圖4)作為所述切點(diǎn)值，其均具有75%的特異性和69-77%的靈敏度范 圍。該組的5個(gè)細(xì)胞因子證明了血清樣本中DACP檢測的最佳產(chǎn)率，其靈敏度亦為77 %，但特 異性為83%，高于單獨(dú)的細(xì)胞因子。
[0223] 治療反應(yīng)的生物標(biāo)記物
[0224] 所有患者在2008年至2011年間在Vi;rgen de las Nieves醫(yī)院(格拉納達(dá)，西班牙） 確診為DACP。所有患者信息，包括性別、年齡、病情程度和癥狀均被記錄下來?；颊叩钠骄?齡為66歲（41 -79歲），男女比例為50:50。患者的膜腺腺癌臨床分類為:狀態(tài)虹（28 % )和狀態(tài) IV(72%;表3)dDACP患者的總存活期為12.6個(gè)月，并進(jìn)行+厄洛替尼聯(lián)合治療。采集血樣一 旦被批準(zhǔn)，從捐贈(zèng)者的相關(guān)倫理委員會(huì)，并同意而獲得的。從相關(guān)倫理委員會(huì)同意批準(zhǔn)并經(jīng) 患者簽署同意后，采集血樣。在2009至2011年間，利用Virgen de las Nieves醫(yī)院(格拉納 達(dá)，西班牙)腫瘤科的標(biāo)準(zhǔn)程序共收集39例血清樣本。在研究開始時(shí)和治療(吉西他濱+厄洛 替尼）2周后，從診斷患有DACP的基線條件的患者W及健康個(gè)體采集血液樣品。血液W 150化pm在4°C下離屯、分離10分鐘后，得到血清。樣品的等分試樣儲(chǔ)存在-80°C下。
[0225]
[0226] 表3.研究人群的臨床病理特征(n = 14)。信息編自所有參與研究的DACP患者。
[0227] 細(xì)胞因子抗體測定
[022引根據(jù)推薦的方法，用基于生物素標(biāo)記的抗體陣列（人抗體L系列507陣列 (RayBi0tech，NorcroSS，GA，USA)，測定可溶于DACP患者血清的蛋白質(zhì)。將樣品生物素化。將 抗體固定在玻璃載片的特定位點(diǎn)上。培養(yǎng)生物樣品陣列，令細(xì)胞因子結(jié)合到其相關(guān)抗體。使 用標(biāo)記鏈霉抗HRP及比色法查看信號(hào)。最終點(diǎn)的強(qiáng)度計(jì)算為原始強(qiáng)度除去背景。每個(gè)個(gè)體結(jié) 果相對(duì)于陽性對(duì)照進(jìn)行歸一化。
[0229] 統(tǒng)計(jì)分析
[0230] 計(jì)算吉西他濱和厄洛替尼給藥后從開始治療到死亡的平均存活期，單位為月。總 存活(S)分析中，采用Kap 1 an-Me i er方法，使用該時(shí)間的患者存活百分比，來估計(jì)在給定時(shí) 間內(nèi)的存活概率。使用了對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn)來確定組之間的存活差異。二分后，得到各個(gè)標(biāo)記物的 Kaplan-Meier存活曲線。每個(gè)標(biāo)記物的切點(diǎn)值是在兩組之間產(chǎn)生最顯著存活的值。為了確 定最顯著地促成0S的變量，使用讓步比Cox回歸模型進(jìn)行單變量和多變量分析，W確定血清 細(xì)胞因子與癌癥相關(guān)死亡率之間的關(guān)聯(lián)。首先，每次考慮單一因素地分析了死亡和細(xì)胞因 子水平之間的關(guān)系。然后，采用逐步條件算法，基于所述概率速率，使用Cox讓步比多變量模 型。
[0231] 根據(jù)卡方檢驗(yàn)，認(rèn)為全局模型調(diào)整是顯著的(P<0.05)。此外，使用了 Wald指數(shù)來測 量每個(gè)變量在單變量和多變量全局模型的權(quán)重。在模型中輸入了 507個(gè)細(xì)胞因子水平作為 連續(xù)參數(shù)，并將結(jié)果表示為風(fēng)險(xiǎn)比或相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)比。通過該變量的分析，得到預(yù)后指數(shù)(PI)， 其考慮到來自所有顯著因素的Cox模型的回歸系數(shù)。當(dāng)p<0.05時(shí)認(rèn)為存在顯著差異。
[0232] 下式定義了用于研究DACP患者存活的Cox回歸模型：
[0233] 公式 1
[0234] 其中h(t)是在時(shí)間t的風(fēng)險(xiǎn)比，hD(t)是基準(zhǔn)風(fēng)險(xiǎn)比，且不依賴于時(shí)間的指數(shù)稱為 預(yù)后指數(shù)(PI)。針對(duì)特定病人的預(yù)后指數(shù)定義為：
[0235] 公式 2:
[0236]
[0237] 其中Pi j定義為特定患者i和細(xì)胞因子j的Cox回歸模型的計(jì)劃系數(shù);xi j確定了患 者i和細(xì)胞因子j中測得的表達(dá)水平;且N表示包含在模型中的細(xì)胞因子的數(shù)量。
[023引結(jié)果
[0239] DACP患者存活分析
[0240] DACP患者的臨床特征總結(jié)于表1中。對(duì)于整個(gè)研究人群，0S率分別為6個(gè)月時(shí) 46.15%，12個(gè)月時(shí)23.08%，和24個(gè)月時(shí)7.69%。研究組隨訪的平均持續(xù)時(shí)間為12個(gè)月（1- 40個(gè)月），在此期間，100 %的DACP患者因該疾病而死亡。使用Kap lan-Me i er法計(jì)算出存活概 率。圖1A所示為整個(gè)患者群體的存活曲線。
[0241 ]細(xì)胞因子和存活之間的單變量分析
[0242]首先，在研究中使用單變量方法W確定相關(guān)、獨(dú)立且與DACP高死亡風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的可 測量診斷因素。分析細(xì)胞因子血清水平和臨床病理參數(shù)，如年齡，性別，狀態(tài)和臨床反應(yīng)。根 據(jù)單變量分析，臨床病理參數(shù)，年齡和臨床反應(yīng)(漸進(jìn)性或非漸進(jìn)性疾病)在預(yù)后中具有低 權(quán)重（分別為P = 0.030 和p = 0.013)。對(duì)于細(xì)胞因子，BDNF(p = 0.0：34，HR 1.005,95%CI (1.000-1.009));HVEM/TNFRSF14(p = 0.039，HR 0，924，95 % Cl(0.858-0，996));比-24(p = 0.023HR 1.041,95% Cl (1.006-1.078));化-29(p = 0.021，HR 1.012,95% Cl (1.002- 1.023))；Leptin R(p = 0.018,HR 1.008,95 % Cl (1.001-1.015))；LRP-6(p = 0.022HR1.027,95% Cl (1.004-1.051))和R0B04(p = 0.045HR 1.002,95% Cl (1.000- 1.004))表達(dá)水平的單變量分析在預(yù)后中有顯著影響。每種細(xì)胞因子的單變量分析結(jié)果和 預(yù)后因素的獨(dú)立單變量分析結(jié)果，及其0-系數(shù)，風(fēng)險(xiǎn)比化R，代表了每單位細(xì)胞因子表達(dá)增 加產(chǎn)生的風(fēng)險(xiǎn)變化），95%CI(具有0.05顯著水平的置信區(qū)間的上限和下限）和P值，示于表 4。
[0243]
[0244] 表4根據(jù)單變量分析中的DACP患者的存活顯著相關(guān)的單變量分析變量的預(yù)后因 素。其中所示為:選定變量的0系數(shù)、風(fēng)險(xiǎn)比、95%CI和P值。說明變量具有正β-系數(shù)代表著高 風(fēng)險(xiǎn)，因此預(yù)后更差。與此相反，負(fù)回歸系數(shù)說明該變量的值越高患者的預(yù)后越好。風(fēng)險(xiǎn)比 是用于比較兩個(gè)不同組的患者的存活時(shí)間的描述性量度。風(fēng)險(xiǎn)比表示的是，當(dāng)變量增加一 個(gè)單位(對(duì)于細(xì)胞因子為一個(gè)表達(dá)單元，對(duì)于年齡變量和臨床反應(yīng)的疾病進(jìn)展為1年)時(shí)的 死亡風(fēng)險(xiǎn)變化。95%CI是風(fēng)險(xiǎn)比的置信區(qū)間。最上方表格中所示的Ρ值，表示說明存活的每 個(gè)單獨(dú)變量的顯著性。表格最下方示出該逐步模型，其中僅適用于了單變量分析的顯著細(xì) 胞因子。所示P值表示細(xì)胞因子在完整模型中的顯著性。
[0245] 為了確定在DACP患者中所述標(biāo)記物各自的存活差異，采用切點(diǎn)值來產(chǎn)生Kaplan- Meier存活曲線，W得到提供組之間在存活方面的最顯著差異。圖l(B-J)所示為在預(yù)后中具 有顯著差異的個(gè)別標(biāo)記的Kap lan-Me i er存活組。 隣]細(xì)胞因子和存活之間的多變量分析
[0247]雖然多變量分析中通常包含了單變量分析的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著變量，但一些在多變量分 析中不顯著的變量可能在單變量分析中變得顯著。此外，除了單變量分析中的預(yù)后相關(guān)統(tǒng) 計(jì)學(xué)顯著變量外，還包括了無影響的變量。根據(jù)多變量Cox風(fēng)險(xiǎn)比所選出的細(xì)胞因子的最佳 組合如表5所示。
[024引
[0249] 表5.基于多變量分析的預(yù)后因素;在多變量分析中與DACP患者的存活顯著相關(guān)的 細(xì)胞因子;列舉了 W下各項(xiàng):e-系數(shù)(0)、風(fēng)險(xiǎn)比化R)。選定的細(xì)胞因子的95%CI和P值。P值 的最后一列表示細(xì)胞因子在完整模型中的顯著性。
[0250] 臨床病理參數(shù)中無一表現(xiàn)出總存活期降低的顯著趨勢(p〉0.05)的減少，未在全球 模型中加 W考慮。參照細(xì)胞因子并根據(jù)多變量分析，CD80(p = 0.043，HR 77,574,95%CI (1.138-5289.4)) ;EG-VEGF(p = 0.049，HR 1.003,95 %CI( 1.000-1.005))和化-29(p = 0.026，皿1.084，95%CI (1.010-1.164))的表達(dá)水平對(duì)預(yù)后有顯著影響。在單變量分析中 觀察到IL-29對(duì)存活顯著的影響，并在多變量分析中得到證實(shí)。選定的細(xì)胞因子的β-系數(shù)、 風(fēng)險(xiǎn)比化R)、95%CI和p值示于表3。雖然NRGl-m((p = 0.129)，HR 1.020;95%CI 0.994- 1.797))未作為獨(dú)立因素在預(yù)后中表現(xiàn)出顯著影響。
[0251] DACP患者中的細(xì)胞因子的預(yù)后指標(biāo)：
[0252] 生物標(biāo)記物的適當(dāng)組合，可W為我們提供對(duì)預(yù)后的最準(zhǔn)確信息；因此，使用基于讓 步比的條件回歸方法，尋找最準(zhǔn)確的變量組。
[0253] 為了說明在單變量分析中注意到的巧巾標(biāo)記物的0S中的相互關(guān)聯(lián)效果，使用Cox讓 步比選擇與存活共同相關(guān)的變量。作為分析結(jié)果，得到了僅含有IL-24(p = 0.026，HR 1.042，95%CI，（ 1.003-1.023))和比-29(P = 0.017，HR 1,014，95%CI( 1.005-1.081))的模 型。據(jù)證明，統(tǒng)計(jì)卡方檢驗(yàn)中的全局調(diào)整擬合度是顯著的(P = 〇.0023)。為了建立預(yù)后指數(shù)， W確定DACP患者的總體存活，在下式中輸入細(xì)胞因子的β-系數(shù)，生成W下預(yù)后指數(shù)模型：
[0巧4] ΡΙ單疆=0.042 X IL-24+0.014 X IL-29
[02W]單變量ΡΙ代表從單變量分析的顯著標(biāo)記組合得出的多變量模型。對(duì)于通過多變量 分析得到的細(xì)胞因子，建立了第二統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著存活模型(Ρ = 〇.0003)，并生成W下ΡΙ模型：
[0 巧 6] ΡΙ^^=
[0巧7] 4.351X B7-1/CD80+0.003 X EG-VEGF/PK1+0.081XIL-29+0.020 X NGRl-ei/HRGl- 化+
[0 巧引 0.264XPD-ECGF
[0259] 所述多變量PI表示從使用507個(gè)細(xì)胞因子的多變量分析的所有可能組合中得出的 最佳多變量模型。
[0260] 通過回歸分析，評(píng)估PI是否能夠?yàn)樵摶颊呷后w產(chǎn)生精確的存活模型。使用R2作為 擬合優(yōu)度的指標(biāo)。對(duì)單變量PI和提出多變量PI的結(jié)果進(jìn)行計(jì)算、分類并與0S相聯(lián)系。正如預(yù) 期，兩種存活模型均證實(shí)有隨時(shí)間的對(duì)數(shù)趨勢。圖2表示所述模型中觀察到的PIW及計(jì)劃的 對(duì)數(shù)調(diào)整。根據(jù)多變量模型，5個(gè)細(xì)胞因子的全局模型具有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性，雖然也用回歸分 析評(píng)估了含有3個(gè)和4個(gè)細(xì)胞因子的模型。對(duì)于具有3、4和5個(gè)細(xì)胞因子的單變量PI模型和多 變量PI模型，其R2分別為0.664，0.727，0.906和0.926。所有模型均得到了令人滿意的結(jié)果， 但CD80，EG-VEGF，比-29，NRG1 -化和PD-ECGF的多變量模型的結(jié)果最佳。
[0261] 本研究人群中，5個(gè)細(xì)胞因子的多變量模型的預(yù)后指數(shù)范圍在0至40之間。根據(jù)他 們的預(yù)測指標(biāo)，將患者分為兩組:不良預(yù)后(PI〉17)和良好預(yù)后(PK17)。然后，比較運(yùn)兩個(gè) 預(yù)后組之間的存活曲線（圖3A)。用于區(qū)分總體存活時(shí)間的建議分組為:低(巧月）和高(巧個(gè) 月）。所述組內(nèi)的總存活期具有高統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性(P<〇.00056)。還展示了單變量分析的預(yù)后 指數(shù)，其范圍為0到5之間。根據(jù)該P(yáng)I，再次將患者氛圍2組：不良預(yù)后(PI〉1.5)和良好預(yù)后 (PK1.5)。此外，在所述2個(gè)預(yù)后組之間比較存活曲線（圖3B)，并得到了總體存活的顯著相 關(guān)性，作為低存活率(巧月）和高存活率(巧個(gè)月）。與多變量PI相比，所述組別中的總存活期 的顯著性較低，但仍然顯著(P<0.004)。
[02創(chuàng)條款
[0263] 綜上所述，W下編號(hào)的各條款中描述了本發(fā)明的各方面：
[0264] 1. -CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-mand PD-ECGF同時(shí)聯(lián)用W 用于預(yù)測或預(yù)后個(gè)體 對(duì)包括核巧類似物和表皮生長因子受體抑制劑的治療的反應(yīng)的用途，其中所述個(gè)體患有膜 腺癌。
[0265] 2.根據(jù)前一條款所述的用途，其中所述個(gè)體患有膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)。
[0266] 3.根據(jù)上述條款任一項(xiàng)所述的用途，其中所述治療包括核巧類似物吉西他濱和生 長因子受體抑制劑厄洛替尼。
[0267] 4.--種獲得有用的數(shù)據(jù)W預(yù)測或預(yù)后個(gè)體對(duì)包括核巧類似物和表皮生長因子受 體抑制劑的治療的反應(yīng)的方法，其中所述個(gè)體患有膜腺癌，所述方法包括：
[0268] a)獲得來自個(gè)體的分離生物樣品。
[0269] b)測定基因的表達(dá)產(chǎn)物的量:CD80，EG-VEGF，化-29，NRGl-ei和PD-ECGFd5.根據(jù)前 一條款所述的方法，還包括：
[0270] C)使用W下公式，W步驟b)的細(xì)胞因子值得到預(yù)后指數(shù)(PI)值：
[0271 ] IPpdac = 4.351 X B7-1/CD80+0.003 X EF-VEGF/Pkl+0.081 X IL-29+0.020 X
[0272] NGRl-ei/HRGl-ei+0.264 X PD-ECGFC)
[0273] 6.-種對(duì)個(gè)體對(duì)包括核巧類似物和表皮生長因子受體抑制劑的治療的反應(yīng)的預(yù) 測或預(yù)后方法，其中所述個(gè)體患有膜腺癌，包括根據(jù)條款4-5任一項(xiàng)所述的步驟(a)-(c)，且 還包括將PI〉17的個(gè)體劃分為具有所述疾病不良預(yù)后的個(gè)體組，優(yōu)選為存活期短于5個(gè)月的 個(gè)體組。
[0274] 7 . -種對(duì)個(gè)體對(duì)包括核巧類似物和表皮生長因子受體抑制劑的治療的反應(yīng)的預(yù) 測或預(yù)后方法，其中所述個(gè)體患有膜腺癌，包括根據(jù)條款4-5任一項(xiàng)所述的步驟(a)-(c)，且 還包括將PI含17的個(gè)體劃分為具有所述疾病較好預(yù)后的個(gè)體組，優(yōu)選為存活期超過5個(gè)月 的個(gè)體組。
[0275] 8.根據(jù)條款4-7中任一項(xiàng)所述的方法，其中該核巧類似物是吉西他濱。
[0276] 9.-根據(jù)條款4-8中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述表皮生長因子受體抑制劑是厄洛 替尼。
[0277] 10.根據(jù)條款4-9中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述個(gè)體患有膜腺導(dǎo)管腺癌(DACP)。
[0278] 11.根據(jù)條款4-10中任一項(xiàng)所述的方法，，其中所述生物樣品是血液樣品(血清）。
[0279] 12.根據(jù)條款4-11中任一項(xiàng)所述的方法，其中步驟(b)和/或上述(C)描述的方法可 完全或部分自動(dòng)化。
[0280] 13.根據(jù)條款4-12中任一項(xiàng)所述的方法，，其中所述測量是通過免疫測定法進(jìn)行 的。
[0%1] 14.根據(jù)條款4-13中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述免疫測定法是化ISA。
[0282] 15.使用抗體制備用于治療患有可根據(jù)條款4-14中任一項(xiàng)所述的方法來鑒別的膜 腺癌的個(gè)體的藥物的用途，其中所述抗體選自抗CD80、抗EG-VEGF、抗IL29、抗NRG1 -β 1和抗 PD-ECGF抗體或其任意組合。
[0283] 16. -種包含選自CD80、EG-VEGF、化-29、NRGl-m和PD-ECGF中的至少一種的調(diào)節(jié) 劑的藥物組合物，用于治療可根據(jù)條款4-14中任一項(xiàng)所述的方法來鑒別的膜腺癌的患者個(gè) 體。
[0284] 17. -種試劑盒或裝置，其包括用于測量選自CD80，EG-VEGF，比-29，NRGl-βΙ和PD- ECGF基因的表達(dá)量的必要元件。
[02化]18.根據(jù)前一條款所述的試劑盒或裝置，包括抗CD80、抗EG-VEGF、抗IL29、抗NRG1- 化和抗PD-ECGF抗體。
[0286] 19.根據(jù)條款17-18所述的試劑盒或裝置，還包括分配預(yù)后指數(shù)值和個(gè)體分類，如 條款5-6所述。
[0287] 20.-種固體載體或蛋白質(zhì)忍片，其包含抗CD80、抗EG-VEGF、抗IL29、抗NRGl-βΙ和 抗PD-ECGF抗體中的至少一種或其任意組合，W用于執(zhí)行根據(jù)條款4-14中的任一項(xiàng)所述的 方法。
[028引 21. -種固體載體或DNA忍片，其包括從CD80、EG-VEGF、比-29、NRGl-m和PD-ECGF 基因的至少一種或其任意組合的已知序列或mRNA而設(shè)計(jì)的寡核巧酸或單通道微陣列，用于 執(zhí)行根據(jù)條款4-14中任一項(xiàng)所述的方法。
[0289] 22.-種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其包含可令計(jì)算機(jī)執(zhí)行根據(jù)條款4-14中任一項(xiàng)所 述的方法的軟件指令。
[0290] 23. -種可傳輸信號(hào)，其包括可能導(dǎo)致一個(gè)計(jì)算機(jī)根據(jù)條款4-14中任一項(xiàng)來執(zhí)行 的方法的步驟的軟件指令。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 基因 FGF-10，CXCL11，OSM，GPNMB和SCF同時(shí)聯(lián)用以用于胰腺癌診斷的用途。2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其特征在于，所述胰腺癌是胰腺導(dǎo)管腺癌(DACP)。3. -種用于獲得對(duì)胰腺癌診斷有用的數(shù)據(jù)的方法，包括： a) 獲得來自個(gè)體的分離樣品； b) 測量基因 FGF 10，CXCL 11，OSM，GPNMB和SCF的表達(dá)產(chǎn)物的量。 4根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，還包括： c) 將步驟(b)中獲得的所述量與參考量進(jìn)行比較。5. 根據(jù)權(quán)利要求3或4所述的方法，其特征在于，所述步驟(b)和/或(c)可以完全或部分 地自動(dòng)化進(jìn)行。6. --種用于胰腺癌的診斷方法，其包括根據(jù)權(quán)利要求3-5中任一項(xiàng)所述的步驟(a)_ (c)，且還包括：當(dāng)所述步驟(a)的個(gè)體顯示出基因？6?-10,0乂(^11，03]\1，6?匪8和30?的表達(dá) 產(chǎn)物的量高于所述參考量時(shí)，將所述對(duì)象分配到胰腺癌患者個(gè)體組。7. 根據(jù)權(quán)利要求3-6中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述胰腺癌是胰腺導(dǎo)管腺癌 (DACP)〇8. 根據(jù)權(quán)利要求3-7中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述生物樣品是血液樣品，且 優(yōu)選為血清。9. 根據(jù)權(quán)利要求3-8中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述測量是通過免疫測定法進(jìn) 行的。10. 抗體在制備用于治療可根據(jù)權(quán)利要求3-9中任一項(xiàng)所述的方法來識(shí)別的胰腺癌患 者個(gè)體的藥物中的用途，其中所述抗體選自抗FGF-10、抗CXCL11、抗0SM、抗GP匪和抗SCF抗 體。11. 一種包含選自基因 FGF-10，CXCL 11，OSM，GPNMB和SCF中的至少一個(gè)的調(diào)節(jié)劑的藥物 組合物，用于制備可根據(jù)權(quán)利要求3-9中任一項(xiàng)所述的方法來識(shí)別的胰腺癌患者個(gè)體的藥 物。12. --種試劑盒或裝置，其包括用于測量選自FGF-10，CXCL11，OSM，GP匪B和SCF的基因 的表達(dá)量的必要元件。13. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的試劑盒或裝置，其特征在于，所述試劑盒或裝置包含抗FGF-10，抗CXCL11，抗0SM，抗 GPNM和抗 SCF抗體。14. 一種固體載體或蛋白質(zhì)芯片，其包含抗FGF-10，抗CXCL11，抗0SM，抗GPNM和抗SCF抗 體中的至少一種或其任意組合，以用于執(zhí)行根據(jù)權(quán)利要求3-9中任一項(xiàng)所述的方法。15. -種固體載體或DNA芯片，其包括從?6?-10,0乂(^11，05]\1，6?匪8和50?基因的至少一 種或其任意組合的已知序列或mRNA而設(shè)計(jì)的寡核苷酸或單通道微陣列，用于執(zhí)行根據(jù)權(quán)利 要求3-9中任一項(xiàng)所述的方法。
【文檔編號(hào)】G01N33/574GK105829893SQ201480045186
【公開日】2016年8月3日
【申請(qǐng)日】2014年6月13日
【發(fā)明人】卡羅利納·托雷斯·佩拉萊斯, 索尼亞·佩拉萊斯·羅梅羅, 胡安·雷蒙·德爾加多·佩雷斯, 安東尼奧·伊里戈延·瑪?shù)倌? 瑪麗亞·何塞·亞歷杭德羅·佩雷斯, 何塞·伊格萊西亞斯·戈麥斯, 羅杰利奧·帕洛米諾·莫拉萊斯, 奧克塔維奧·卡巴·佩雷斯, 何塞·卡洛斯·普拉杜斯·薩拉薩爾, 安東尼婭·阿拉內(nèi)加·吉梅內(nèi)斯, 安娜·利納雷斯·吉爾
【申請(qǐng)人】西班牙格拉納達(dá)大學(xué), 安達(dá)盧西亞健康服務(wù)部, 哈恩大學(xué)