本發(fā)明涉及分子標(biāo)記，更具體地，涉及一種用于評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的方法

背景技術(shù)：

1、目前廣東省肉鴿的養(yǎng)殖品種約十多種，其中天翔1號(hào)鴿是養(yǎng)殖企業(yè)和科研院聯(lián)合培育的一種新鴿種。它全身純白，其父母代公鴿背寬胸深，胸肌飽滿(mǎn)，母鴿體態(tài)豐滿(mǎn)結(jié)實(shí)，具備耐粗飼、肉質(zhì)優(yōu)良、適應(yīng)性好等優(yōu)點(diǎn)，是廣東省的肉鴿優(yōu)良品種之一。

2、與普通家禽相比，鴿子是少有的一夫一妻制的禽類(lèi)，擁有獨(dú)特的繁殖特性和產(chǎn)蛋行為。自然條件下，鴿子有近兩個(gè)月的繁殖周期，包括交配、產(chǎn)蛋、孵化和育雛。青年鴿6～7月齡開(kāi)始配對(duì)，交配成功10天左右可產(chǎn)蛋。鴿子連續(xù)產(chǎn)蛋開(kāi)始，經(jīng)過(guò)孵化育雛到下次再開(kāi)始產(chǎn)蛋所經(jīng)歷的時(shí)間稱(chēng)為產(chǎn)蛋周期。一個(gè)產(chǎn)蛋周期通常只能連續(xù)產(chǎn)兩枚蛋，第一枚蛋產(chǎn)出后24～48h再產(chǎn)第二枚蛋，構(gòu)成一窩。在現(xiàn)今養(yǎng)殖場(chǎng)的生產(chǎn)模式下，種鴿的繁殖過(guò)程有一個(gè)重要的參考指標(biāo)，就是產(chǎn)蛋間隔，而產(chǎn)蛋間隔又分一個(gè)產(chǎn)蛋周期中所產(chǎn)2個(gè)蛋的間隔時(shí)間和相鄰兩窩第一枚蛋的間隔時(shí)間，后者的間隔時(shí)間代表母鴿的產(chǎn)蛋周期。隨著商業(yè)鴿場(chǎng)生產(chǎn)模式的不斷調(diào)整，親鴿可省去天然孵化和育雛時(shí)間而專(zhuān)門(mén)產(chǎn)蛋，產(chǎn)蛋周期縮短至10～15天。但是鴿每次產(chǎn)蛋仍需要間隔十幾天的時(shí)間，產(chǎn)蛋效率依然較低，制約了鴿子產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。

3、隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，通過(guò)分子標(biāo)記進(jìn)行早期選擇，對(duì)養(yǎng)殖業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益具有積極作用。dna標(biāo)記法是最常被用于遺傳學(xué)研究的分子標(biāo)記方法，單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotide?polymorphism，snp)就是其中一種類(lèi)型，指在基因組水平上由于單個(gè)核苷酸堿基發(fā)生突變而引起的dna序列的多態(tài)性。

4、foxo3又名叉頭盒轉(zhuǎn)錄因子3a(foxo3a)，是叉頭基因轉(zhuǎn)錄因子家族(forkheadtranscription?factor，foxo)重要成員之一，是調(diào)節(jié)細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期、氧化應(yīng)激等其他的細(xì)胞功能的重要轉(zhuǎn)錄因子。關(guān)于foxo3基因多態(tài)性的研究主要集中在人類(lèi)上，在哺乳動(dòng)物和禽類(lèi)上的研究相對(duì)較少，對(duì)于鴿子更是沒(méi)有其會(huì)影響鴿子產(chǎn)蛋間隔的報(bào)道。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的是為了克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種用于評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的方法。

2、本發(fā)明的第一個(gè)目的是提供一種用于評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的方法。

3、本發(fā)明的第二個(gè)目的是提供一種檢測(cè)鴿子的snp位點(diǎn)或單倍型組合的產(chǎn)品在制備評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的試劑盒或建立評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的方法中的應(yīng)用。

4、本發(fā)明的第三個(gè)目的是提供一種評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的試劑盒。

5、本發(fā)明的第四個(gè)目的是提供任一所述的方法、任一所述的產(chǎn)品、任一所述的試劑盒在鴿子分子育種中的應(yīng)用。

6、為了實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明是通過(guò)以下技術(shù)方案予以實(shí)現(xiàn)的：

7、本發(fā)明要求保護(hù)一種用于評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的方法，檢測(cè)以下snp位點(diǎn)或單倍型組合的中的一個(gè)或幾個(gè)的基因型：

8、所述snp位點(diǎn)為g.3149417g>a，位于的nw_004973554.1的第3149417個(gè)堿基，aa基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，aa基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于ga基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

9、所述snp位點(diǎn)為g.3149444c>t，位于的nw_004973554.1的第3149444個(gè)堿基，tt基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于cc基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

10、所述snp位點(diǎn)為g.3149486a>g，位于的nw_004973554.1的第3149486個(gè)堿基，gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于aa基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

11、所述snp位點(diǎn)為g.3150038t>c，位于的nw_004973554.1的第3150038個(gè)堿基，tt基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于tc基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，cc基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于tc基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

12、所述snp位點(diǎn)為g.3151252g>t，位于的nw_004973554.1的第3151252個(gè)堿基，tt基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

13、所述snp位點(diǎn)為g.3152087a>g，位于的nw_004973554.1的第3152087個(gè)堿基，gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于aa基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于ag基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

14、所述單倍型組合含有三個(gè)snp位點(diǎn)：g.3149417g＞a、g.3149444c＞t和g.3149486a＞g，依次位于的nw_004973554.1的第3149417個(gè)堿基、第3149444個(gè)堿基和第3149444個(gè)堿基，

15、三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為aa、tt和gg的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為ga、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，

16、三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為aa、tt和gg的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為gg、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，

17、三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為gg、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為ga、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，

18、三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為ga、ct和ag的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為ga、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

19、所述單倍型組合含有五個(gè)snp位點(diǎn)：g.3151252g＞t、g.3151281g＞t、g.3152087a＞g、g.3152096g＞t和g.3152151g＞a，依次位于的nw_004973554.1的第3151252個(gè)堿基、第3151281個(gè)堿基、第3152087個(gè)堿基、第3152096個(gè)堿基和第3152151個(gè)堿基，

20、五個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為tt、tt、gg、gg和gg的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于五個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為gg、gg、aa、gg和gg的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔。

21、優(yōu)選地，使用引物對(duì)鴿子的dna進(jìn)行擴(kuò)增，檢測(cè)所述snp位點(diǎn)或單倍型組合的中的一個(gè)或幾個(gè)的基因型。

22、更優(yōu)選地，所述引物的核苷酸序列如seq?id?no：3～6和9～12所示。

23、具體地，核苷酸序列如seq?id?no：3～4所示的引物用于g.3149417g>a、g.3149444c>t或g.3149486a>g的檢測(cè)，核苷酸序列如seq?id?no：5～6所示的引物用于g.3150038t>c的檢測(cè)，核苷酸序列如seq?id?no：9～10所示的引物用于g.3151252g>t或g.3151281g>t的檢測(cè)，核苷酸序列如seq?id?no：11～12所示的引物用于g.3152087a>g、g.3152096g>t或g.3152151g>a的檢測(cè)。

24、本發(fā)明還要求一種檢測(cè)鴿子的snp位點(diǎn)或單倍型組合的產(chǎn)品在制備評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的試劑盒或建立評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的方法中的應(yīng)用，其特征在于所述產(chǎn)品檢測(cè)以下snp位點(diǎn)或單倍型組合的中的一個(gè)或幾個(gè)的基因型：

25、所述snp位點(diǎn)為g.3149417g>a，位于的nw_004973554.1的第3149417個(gè)堿基，aa基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，aa基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于ga基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

26、所述snp位點(diǎn)為g.3149444c>t，位于的nw_004973554.1的第3149444個(gè)堿基，tt基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于cc基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

27、所述snp位點(diǎn)為g.3149486a>g，位于的nw_004973554.1的第3149486個(gè)堿基，gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于aa基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

28、所述snp位點(diǎn)為g.3150038t>c，位于的nw_004973554.1的第3150038個(gè)堿基，tt基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于tc基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，cc基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于tc基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

29、所述snp位點(diǎn)為g.3151252g>t，位于的nw_004973554.1的第3151252個(gè)堿基，tt基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

30、所述snp位點(diǎn)為g.3152087a>g，位于的nw_004973554.1的第3152087個(gè)堿基，gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于aa基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，gg基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于ag基因型個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

31、所述單倍型組合含有三個(gè)snp位點(diǎn)：g.3149417g＞a、g.3149444c＞t和g.3149486a＞g，依次位于的nw_004973554.1的第3149417個(gè)堿基、第3149444個(gè)堿基和第3149444個(gè)堿基，

32、三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為aa、tt和gg的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為ga、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，

33、三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為aa、tt和gg的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為gg、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，

34、三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為gg、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為ga、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔，

35、三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為ga、ct和ag的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔極顯著低于三個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為ga、cc和aa的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔；

36、所述單倍型組合含有五個(gè)snp位點(diǎn)：g.3151252g＞t、g.3151281g＞t、g.3152087a＞g、g.3152096g＞t和g.3152151g＞a，依次位于的nw_004973554.1的第3151252個(gè)堿基、第3151281個(gè)堿基、第3152087個(gè)堿基、第3152096個(gè)堿基和第3152151個(gè)堿基，

37、五個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為tt、tt、gg、gg和gg的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔顯著低于五個(gè)snp位點(diǎn)的基因型依次為gg、gg、aa、gg和gg的個(gè)體的產(chǎn)蛋間隔。

38、優(yōu)選地，所述產(chǎn)品為引物。

39、更優(yōu)選地，所述引物的核苷酸序列如seq?id?no：3～6和9～12所示。

40、本發(fā)明還要求保護(hù)一種評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的試劑盒，所述試劑盒含有所述的產(chǎn)品。

41、優(yōu)選地，所述試劑盒含有所述的產(chǎn)品。

42、更優(yōu)選地，所述試劑盒還含有pcr擴(kuò)增試劑。

43、作為一個(gè)具體的實(shí)施例，2×easypcr?mix

44、本發(fā)明還要求保護(hù)任一所述的方法、任一所述的產(chǎn)品、任一所述的試劑盒在鴿子分子育種中的應(yīng)用。

45、與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明具有如下有益效果：

46、本發(fā)明在foxo3基因中發(fā)現(xiàn)了6個(gè)與產(chǎn)蛋間隔相關(guān)的snp位點(diǎn)，以及兩個(gè)對(duì)鴿子產(chǎn)蛋性狀均有顯著性影響的單倍型組合，并進(jìn)一步利用該snp位點(diǎn)和單倍型組合建立了評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的方法和評(píng)估鴿子產(chǎn)蛋間隔的試劑盒，利用該方法和試劑盒都應(yīng)用于鴿子產(chǎn)的分子輔助育種，對(duì)于培育產(chǎn)蛋周期短的鴿子發(fā)揮重大作用。