與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記、獲得方法及用圖
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記、獲得方法及用途。
【背景技術(shù)】
[0002] 關(guān)聯(lián)分析是基于自然變異群體、利用連鎖不平衡規(guī)律來研究遺傳變異與目標(biāo)性狀 相關(guān)關(guān)系的研究方法（Mackay et al.，2007)。與傳統(tǒng)的QTL相比，關(guān)聯(lián)分析不需要構(gòu)建作 圖群體、廣度大、精度高、能檢測到同一位點(diǎn)多個(gè)等位基因 （Meuwissen et al.，2000 ;Khush et al.，2001)。2001年，Thornsberry等（2001)首次成功地將關(guān)聯(lián)分析應(yīng)用于植物，發(fā)現(xiàn) dwarfS基因不但與赤霉素新陳代謝有關(guān)，而且可以影響玉米株高。這個(gè)結(jié)果說明基于LD的 關(guān)聯(lián)分析可以用來進(jìn)行基因功能的驗(yàn)證，也可以進(jìn)行基因挖掘，用于研究植物的數(shù)量遺傳 性狀有一定的可行性。
[0003] 纖維細(xì)度是衡量苧麻纖維質(zhì)量好壞的重要指標(biāo)，纖維越細(xì)，紡織出來的成品耐磨 和抗壓性越好。如何培育出細(xì)度大，可適合生產(chǎn)生活使用的苧麻新品種是目前苧麻育種迫 切需要解決的問題。改良新品種的方法之一就是從分子水平上改變苧麻老品種的遺傳結(jié) 構(gòu)，使之產(chǎn)生對生產(chǎn)有利的遺傳變異。但是目前，有關(guān)于苧麻纖維細(xì)度發(fā)育相關(guān)基因的研究 仍然很少，佘瑋等（2007)構(gòu)建了 2個(gè)高質(zhì)量的苧麻莖皮cDNA文庫，獲得了 8個(gè)纖維發(fā)育相 關(guān)基因序列、得到了 275條有效ESTs。秦占軍（2008)對國家種質(zhì)長沙苧麻圃的213份材料 進(jìn)行分析，篩選出了 FB27和CFE-I兩個(gè)纖維細(xì)度候選基因。這些基因的發(fā)掘和克隆為苧麻 品種的遺傳改良和種質(zhì)創(chuàng)新奠定了基礎(chǔ)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明的一個(gè)目的是解決至少上述問題和/或缺陷，并提供至少后面將說明的優(yōu) 點(diǎn)。
[0005] 本發(fā)明還有一個(gè)目的是提供一種與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記SSR標(biāo)記 b64〇
[0006] 本發(fā)明再有一個(gè)目的是提供一種與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記SSR標(biāo)記 b38〇
[0007] 本發(fā)明再有一個(gè)目的是提供與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記的獲得方法。
[0008] 本發(fā)明又一目的是提供與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記及所述分子標(biāo)記用 于苧麻品種選育及苧麻纖維細(xì)度提高中的用途。
[0009] 為此，本發(fā)明提供的技術(shù)方案為：
[0010] 一種與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記為SSR標(biāo)記b64。
[0011] -種與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記為SSR標(biāo)記b38。
[0012] -種與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記的獲得方法，包括如下步驟：
[0013] 步驟一、利用93對SSR標(biāo)記引物，對多份苧麻種質(zhì)進(jìn)行檢測以得到該多份苧麻種 質(zhì)的93個(gè)SSR標(biāo)記的基因型；
[0014] 步驟二、利用Tassel軟件的連鎖不平衡分析程序，分析步驟一中得到的該多份苧 麻種質(zhì)的SSR標(biāo)記的基因型，計(jì)算出連鎖不平衡配對檢測的K矩陣圖；
[0015] 步驟三、利用Structure軟件和該多份芒麻種質(zhì)的93個(gè)SSR標(biāo)記的基因型對所述 多份苧麻種質(zhì)進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)分析生成Q值矩陣；
[0016] 步驟四、利用Tassel軟件的MLM程序，以步驟二中得到的K矩陣圖和步驟三中得 到的Q值矩陣作為協(xié)方差，在顯著性水平P < 〇. 05下，將分子標(biāo)記數(shù)據(jù)和所述多份苧麻種 質(zhì)纖維細(xì)度的數(shù)量性狀數(shù)據(jù)進(jìn)行Q值矩陣、K矩陣圖和MLM程序混合線性模型的邏輯回歸 率檢驗(yàn)，輸出各SSR位點(diǎn)的顯著性水平P及其對表型變異的解釋率R 2數(shù)據(jù)；
[0017] 步驟五、首先利用GenALEx軟件分析該多份芒麻種質(zhì)的93個(gè)SSR標(biāo)記的基因型輸 出PCA矩陣，再利用Tassel軟件的MLM程序，以該P(yáng)CA矩陣和步驟二中得到的K矩陣圖作 為協(xié)方差，在顯著性水平P < 〇. 05下，將分子標(biāo)記數(shù)據(jù)和所述多份苧麻種質(zhì)的纖維細(xì)度的 數(shù)量性狀數(shù)據(jù)進(jìn)行PCA矩陣、K矩陣圖和MLM程序混合線性模型的邏輯回歸率檢驗(yàn)，也輸出 各SSR位點(diǎn)的顯著性水平P及其對表型變異的解釋率R 2數(shù)據(jù)；以及，
[0018] 步驟六、選取步驟四和步驟五中顯著性水平P < 0. 05和表型變異解釋率0. 45 < R2 < 0. 82的SSR位點(diǎn)，以得到與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記。
[0019] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記的獲得方法中，所述步 驟三中，利用Structure軟件進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)分析時(shí)，設(shè)定亞群數(shù)目k = 2或k = 6,使用 Clummpp軟件合并亞群數(shù)目k = 2或k = 6時(shí)的各自3個(gè)運(yùn)行的結(jié)果生成兩個(gè)Q值矩陣；
[0020] 所述步驟四中，利用Tassel軟件的MLM程序分別采用該兩個(gè)Q值矩陣作為協(xié)方差 進(jìn)行兩次PCA矩陣、K矩陣圖和MLM程序混合線性模型的邏輯回歸率檢驗(yàn)，輸出兩組各SSR 位點(diǎn)的顯著性水平P及其對表型變異的解釋率R2數(shù)據(jù)。
[0021] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記的獲得方法中，所述步驟 一中，所述93對SSR標(biāo)記引物的核苷酸序列依次分別為SEQ ID NO :1~186所示。
[0022] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記的獲得方法中，所述步驟 五中，所述多份苧麻種質(zhì)的纖維細(xì)度的數(shù)量性狀數(shù)據(jù)為各個(gè)苧麻品種的單纖維支數(shù)數(shù)據(jù)。
[0023] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記的獲得方法中，所述步驟 二中，計(jì)算連鎖不平衡配對檢測的K矩陣圖前，首先過濾掉該多份苧麻種質(zhì)的SSR標(biāo)記的基 因型中基因頻率小于5%的基因型。
[0024] 優(yōu)選的是，所述的與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記的獲得方法中，所述多份 苧麻種質(zhì)為104份苧麻種質(zhì)。
[0025] 與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記及所述分子標(biāo)記用于苧麻品種選育及苧麻 纖維細(xì)度提高中的用途，所述分子標(biāo)記為SSR標(biāo)記b64或b38。
[0026] 本發(fā)明至少包括以下有益效果：
[0027] 本發(fā)明利用93對多態(tài)性SSR引物對104份苧麻核心種質(zhì)進(jìn)行全基因組多態(tài)性位 點(diǎn)掃描，在其麻纖維細(xì)度得到精細(xì)測量的基礎(chǔ)上，對苧麻的群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，同時(shí)利用關(guān) 聯(lián)分析的方法，獲得了與纖維細(xì)度顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)，為今后篩選優(yōu)良種質(zhì)、基因定位和克隆 以及分子標(biāo)記輔助育種打下基礎(chǔ)。本發(fā)明的主效數(shù)量性狀位點(diǎn)SSR標(biāo)記RAM0298苧麻纖維 發(fā)育相關(guān)基因?qū)τ诂F(xiàn)階段我國苧麻的育種和生產(chǎn)具有重要意義。同時(shí)，本發(fā)明也為分子標(biāo) 記育種提供了有益的借鑒。
[0028] 本發(fā)明的與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記SSR標(biāo)記b64或b38對于現(xiàn)階段我 國苧麻的育種和生產(chǎn)具有重要意義。同時(shí)，本發(fā)明也為分子標(biāo)記育種提供了有益的借鑒。
[0029] 本發(fā)明的其它優(yōu)點(diǎn)、目標(biāo)和特征將部分通過下面的說明體現(xiàn)，部分還將通過對本 發(fā)明的研究和實(shí)踐而為本領(lǐng)域的技術(shù)人員所理解。
【附圖說明】
[0030] 圖1為本發(fā)明93對SSR引物的變性聚丙烯酰氨凝膠垂直電泳條帶圖的部分結(jié)果。
[0031] 圖2本發(fā)明中全基因組連鎖不平衡直觀圖的部分結(jié)果。
[0032] 圖3為本發(fā)明群體結(jié)構(gòu)分析中對數(shù)似然值隨亞群個(gè)數(shù)的變化的結(jié)果圖。
[0033] 圖4為本發(fā)明群體結(jié)構(gòu)分析中ΔΚ值隨亞群個(gè)數(shù)變化的結(jié)果圖。
【具體實(shí)施方式】
[0034] 下面結(jié)合附圖對本發(fā)明做進(jìn)一步的詳細(xì)說明，以令本領(lǐng)域技術(shù)人員參照說明書文 字能夠據(jù)以實(shí)施。
[0035] 本發(fā)明利用2012年104份核心種質(zhì)三季麻混合樣的纖維細(xì)度數(shù)據(jù)，結(jié)合采用93 對SSR引物對核心種質(zhì)分析所得的親緣關(guān)系和群體結(jié)構(gòu)的分析結(jié)果，將纖維細(xì)度相關(guān)性狀 數(shù)據(jù)與分子多態(tài)性標(biāo)記進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，尋找與纖維細(xì)度發(fā)育相關(guān)基因產(chǎn)生緊密連鎖的分子 標(biāo)記，用來為苧麻分子標(biāo)記輔助選擇、設(shè)計(jì)育種、相關(guān)基因分離等后續(xù)研究以及實(shí)現(xiàn)苧麻纖 維細(xì)度遺傳改良提供依據(jù)。
[0036] 本發(fā)明提供一種與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記為SSR標(biāo)記 b64〇
[0037] 本發(fā)明提供一種與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記為SSR標(biāo)記 b38〇
[0038] 本發(fā)明提供一種與苧麻纖維細(xì)度緊密連鎖的分子標(biāo)記的獲得方法，包括如下步 驟：
[0039] 步驟一、利用93對SSR標(biāo)記引物，對多份苧麻種質(zhì)進(jìn)行檢測以得到該多份苧麻種 質(zhì)的93個(gè)SSR標(biāo)記的基因型；
[0040] 步驟二、利用Tassel軟件的連鎖不平衡分析程序，分析步驟一中得到的該多份苧 麻種質(zhì)的SSR標(biāo)記的基因型，計(jì)算出連鎖不平衡配對