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一種適用于提取香蕉不同組織的基因組dna的方法_2

文檔序號:8917660閱讀:來源:國知局
10_15min 搖勾一次;
[0045] ②加入450 μ L乙酸鈉冰浴15min,在設定的離心參數(shù)為13000 Xg的條件下離心 8min ;
[0046] ③取上清至一新離心管,加入_20°C預冷的異丙醇,上下顛倒混勻后在設定的離心 參數(shù)為13500 Xg的條件下離心10min,棄上清液;
[0047] ④取沉淀用75%的乙醇洗滌2次,室溫揮發(fā)乙醇,用TE buffer或無菌水溶解DNA, 再用適量的RNase A消化(37°C水浴l_2h),取出后于-20°C保存?zhèn)溆谩?br>[0048] (2) CTAB 常規(guī)法
[0049] 步驟如下:
[0050] ①加入 ImL 65 °C 預熱的 CTAB 提取緩沖液(IOOmmol · T1Tris-HCl pH 8. 0、 20mmol · T1EDTA pH 8. 0、L 4mol · L-1NaCl、3% CTAB、2% PVP、4% β -巰基乙醇),充分混 勻后65°C水浴lh,每隔10-15min搖勻一次;
[0051] ②取出離心管,室溫下冷卻,加入0.6mL苯酚:氯仿:異戊醇(體積比25:24:1), 充分混勻后靜置片刻,設定的離心參數(shù)為12000 Xg的條件下離心10min ;
[0052] ③取上清液至新離心管,加入0. 6mL的氯仿:異戊醇(體積比24:1),混勻后設定 的離心參數(shù)為12000 Xg的條件下離心10min ;
[0053] ④取上清液至新離心管,加入0.1 mL的乙酸鈉和0. lmL-20°C預冷的異丙醇,充分 混勻后-20°C放置Ih以上,設定的離心參數(shù)為12000Xg的條件下離心8min ;
[0054] ⑤棄上清液,取沉淀用75%的乙醇洗滌2次,室溫揮發(fā)乙醇,用TE buffer或無菌 水溶解DNA,再用適量的RNase A消化(37°C水浴l_2h),取出后于-20°C保存?zhèn)溆谩?br>[0055] (3) CTAB 改良法 1
[0056] 操作步驟同CTAB常規(guī)法,區(qū)別在于步驟①抽提時CTAB提取緩沖液中NaCl濃度提 高至2. 50mol · I71,同時加入30 μ L蛋白酶K(濃度20mg · ml/1)。
[0057] (4) CTAB 改良法 2
[0058] 操作步驟基本同CTAB常規(guī)法,區(qū)別在于上述步驟③中加入少量無水乙醇,可以沉 淀多糖,并且利于去除蛋白質。
[0059] 上述步驟③具體改動如下:待利用CTAB提取緩沖液抽提、離心后,取上清液至新 離心管,加入0. 3mL無水乙醇和0. 4mL苯酷:氯仿:異戊醇(體積比25:24:1),充分混勾后 靜置片刻,離心取上清液;后續(xù)操作同上述CTAB常規(guī)法步驟④和⑤。
[0060] (5) CTAB 改良法 3
[0061] ①加入CTAB提取緩沖液于65°C水浴Ih后,加入0. 5mL氯仿:異戊醇(體積比 24:1)抽提去除蛋白質,設定的離心參數(shù)為13500 Xg的條件下離心10min,取上清液;
[0062] ②加入0. 6mL_20°C預冷的異丙醇用于沉淀核酸,充分混勻后設定的離心參數(shù)為 13500 Xg的條件下離心10min,棄上清液;
[0063] ③沉淀用0· 8mL Imol · L-1NaCl溶解DNA,加入0· 8mL苯酚:氯仿(體積比1:1), 充分混勻后在設定的離心參數(shù)為13000 Xg的條件下離心10min,取上清液;
[0064] ④再加入0. 8mL氯仿:異戊醇(體積比24:1),充分混勻后在設定的離心參數(shù)為 13000 Xg的條件下離心8min,取上清液;
[0065] ⑤加入0. 8mL預冷的無水乙醇混勻再次去除雜質,在設定的離心參數(shù)為13500 Xg 的條件下離心10min,棄上清液;
[0066] ⑥沉淀用70%的乙醇洗滌1次,室溫揮發(fā)乙醇,后續(xù)操作同上述CTAB常規(guī)法步驟 ⑤。
[0067] (6) SDS 法
[0068] 步驟如下:
[0069] ①加入 ImL 提取緩沖液(IOOmmol .T1Tris-HCl pH 8. 0、50mmol .L-1EDTA pH 8. 0、 0· 5mol · L-1NaCld^ β巰基乙醇),混勻后加入0· 5mL 10% SDS,充分混勻后65°C水浴 60min,期間每隔10_15min搖勾一次;
[0070] ②加入ImL 5mol · Γ1乙酸鈉,混勻后冰浴30min,在設定的離心參數(shù)為12000Xg 的條件下離心10min ;后續(xù)操作同上述CTAB常規(guī)法步驟③、④和⑤。
[0071 ] (7) SDS結合蛋白酶裂解法
[0072] 步驟如下:加入ImL 50 °C預熱的提取緩沖液(IOmmol · T1Tris-HCl pH 8. 0、 IOOmmol · T1EDTA pH 8. 0、0· 5% SDS、75mg · Γ1 蛋白酶 K),充分混勻后 50°C水浴 2h,每隔 10-15min搖勻一次;后續(xù)操作同上述CTAB常規(guī)法步驟②、③、④和⑤。
[0073] (8)改良尿素法
[0074] 步驟如下:
[0075] ①加入 ImL 提取緩沖液(7mol · I71 尿素、0· 3mol · L-1NaCl、0. 034mol · I71 十二燒 基肌氨酸鈉、50mmol .L-1Tris-HCl pH 8.0、20mmol .L-1EDTA pH 8·0、2% β 疏基乙醇),充 分混勻后65°C水浴45min,期間每隔10-15min搖勻一次;②在設定的離心參數(shù)為13000Xg 的條件下離心l〇min,取上清加入100 μ L IOmol · I71乙酸胺,混勾后再加入2倍體積的無 水乙醇,混勻后在設定的離心參數(shù)為13000Xg的條件下離心10min ;
[0076] 后續(xù)操作同上述CTAB常規(guī)法步驟②、③、④和⑤。
[0077] 香蕉基因組DNA的質量檢驗
[0078] (1)①由上述各種方法提取的香蕉基因組DNA的凝膠電泳檢測
[0079] 取按上述各種方法提取的香蕉基因組DNA樣品3 μ L于1. 0%瓊脂糖凝膠(含EB - 溴化乙錠)中分別進行電泳,在凝膠成像系統(tǒng)下觀察、拍照。
[0080] 在圖1(圖1-1、圖1-2、圖1-3以及圖1-4)中,1 :以香蕉果肉的基因組DNA為樣品 的泳道;2 :以香蕉果皮的基因組DNA為樣品的泳道;3 :以香蕉根的基因組DNA為樣品的泳 道;4 :以香蕉假莖的基因組DNA為樣品的泳道;5 :以香蕉葉的基因組DNA為樣品的泳道;M : Maker (10000) ;A: CTAB 常規(guī)法;B: CTAB 改良法 I ;C: CTAB 改良法 3 ;D: CTAB 改良法 2 ;E: SDS 法;F:SDS結合蛋白酶裂解法;G:改良尿素法;Η:氯化芐法。如圖1中所示,A(CTAB常規(guī) 法)與B(CTAB改良法1)下凝膠電泳圖類似,香蕉果肉與果皮樣品中未出現(xiàn)基因組DNA的 條帶,根中條帶不清晰,僅假莖與葉中出現(xiàn)較清晰的條帶;C(CTAB改良法3)與D (CTAB改良 法2)下凝膠電泳圖類似,香蕉果皮樣品中未出現(xiàn)基因組DNA的條帶,香蕉其它組織中出現(xiàn) 較清晰的基因組DNA的條帶;E(SDS法)與F(SDS結合蛋白酶裂解法)下凝膠電泳圖類似, 香蕉果肉與果皮樣品中未出現(xiàn)基因組DNA的條帶,而且香蕉其它組織中出現(xiàn)基因組DNA的 條帶不清晰;G(改良尿素法)與H(氯化芐法)下凝膠電泳圖類似,H(氯化芐法)提取的香 蕉的果肉、果皮、根、假莖以及葉中均有清晰的主條帶,而且條帶整齊明亮,幾乎沒有降解, 但是G(改良尿素法)下,香蕉果皮樣品中未出現(xiàn)基因組DNA的條帶。如上所述,僅H(氯化 芐法)能提取香蕉各組織中的基因組DNA,而且主條帶清晰明亮可見,即,該方法提取的DNA 完整性較好、質量較高。
[0081] ②按加入不同濃度氯化芐的氯化芐法提取的香蕉基因組DNA的凝膠電泳檢測
[0082] 取按不同體積氯化芐的氯化芐法提取的香蕉基因組DNA樣品3 μ L于1. 0%瓊脂糖 凝膠(含EB-溴化乙錠)中分別進行電泳,在凝膠成像系統(tǒng)下觀察、拍照。
[0083] 在圖2中,1 :以香蕉果肉的基因組DNA為樣品的泳道;2 :以香蕉果皮的基因組DNA 為樣品的泳道;3 :以香蕉根的基因組DNA為樣品的泳道;4 :以香蕉假莖的基因組DNA為樣 品的泳道;5 :以香蕉葉的基因組DNA為樣品的泳道;M :Maker(10000) ;C1 :400 μ L氯化芐的 氯化芐法;C2 :200 μ L氯化芐的氯化芐法;C3 :60
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